软件作者提供的说明:
软件安装与测试
conda create -n quartet --channel conda-forge --channel bioconda Python Minimap2 MUMmer4 trf CD-hit BLAST tidk R R-RIdeogram R-ggplot2 gnuplot # 安装相关依赖
git clone https://github.com/aaranyue/quarTeT.git # 克隆该工具仓库到本地(软件本体,无需安装)
cd quarTeT # 进入quarTeT目录
ls # 该文件夹中的python文件quartet_teloexplorer.py,便可用来鉴定端粒。
python quartet_teloexplorer.py -h # 查看quartet_teloexplorer模块的用法。
Usage: python3 quartet.py TeloExplorer <parameters>
-h, --help show this help message and exit
-i GENOME (*Required) Genome file to be identified, FASTA format.
-c {plant,animal,other}
Specify clade of this genome. Plant will search TTTAGGG, animal will search TTAGGG, other will use tidk explore's suggestion, default: other
-m MIN_REPEAT_TIMES The min repeat times to be reported, default: 100
-p PREFIX The prefix used on generated files, default: quarTeT
--noplot Skip all ploting.
运行程序
python3 quarTeT_pathway/quartet_teloexplorer.py -i genome_pathway/genome.fasta -c plant -p genome
# -i 需要以fasta格式的基因组文件作为输入。
# -p 可以跟想要的输出文件名,默认是quarTeT
运行结果
{prefix}.telo.info | The statistic of telomere, including monomer, repeat times on both end of each chromosome.
{prefix}.telo.png | The figure draws telomere location, alongside relative length of chromosomes and gap locations for assembly.
运行错误
tidk
,而且它没有被安装、没有添加到环境变量 $PATH 中,或者没有被授权为可执行文件。解决方法如下:conda install tidk=0.2.1 -c conda-forge -y
# 通过conda-forge渠道,安装低版本的tidk。
RIdeogram
,而导致绘图停止了。解决方法如下:conda install r-rideogram -c conda-forge -y
# 通过conda-forge渠道,安装r-rideogram。
RIdeogram
,可运行以下代码:在命令行中运行以下命令,将 conda-forge 添加到渠道列表中:
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict
conda install r-rideogram