一篇发表在scientific data（IF=9.8）的文章“Single-nucleus chromatin landscapes during zebrafish early embryogenesis”，使用华大智造单细胞测序平台完成snATAC-seq，通过整合snATAC-seq和scRNA-seq数据，成功揭示了整个发育时间点染色质可及性和基因表达的动态变化。
探索脊椎动物胚胎发育有助于解决与肿瘤和退行性疾病等毁灭性疾病相关的关键问题。因此，对脊椎动物胚胎发育过程中细胞谱系分化和组织形成背后的遗传和表观遗传机制的研究至关重要。
采集AB野生型杂交的斑马鱼受精后7个时间点（3.3h、5.25h、6h、10h、12h、18h、24h（hpf））的胚胎，即囊胚形成、原肠形成和分段的发育阶段进行snATAC-seq检测。snATAC-seq和scRNA-seq数据联合分析，揭示斑马鱼整个胚胎发育时间点基因表达的动态变化。
1.斑马鱼胚胎发育过程中的染色质可及性和基因表达模式的聚类注释
利用ArchR对所有发育时间点的细胞核进行整合和聚类，并对细胞类型进行特异性调控注释，确定23个簇为候选细胞类型，包括表皮系统、神经系统、肌肉系统、消化系统等。通过比较不同时间点的细胞类型比例发现，在发育过程中细胞类型逐渐增加。
图 斑马鱼胚胎发育过程中的染色质可及性和基因表达模式的聚类和注释2、结合snATAC-seq和scRNA-seq数据对发育中的斑马鱼胚胎进行分析进一步对发育中的斑马鱼胚胎的snATAC-seq和scRNA-seq转录因子富集对比分析，结果显示，这两种测序数据结果在相应的细胞类型中一致性较好。
图 结合snATAC-seq和scRNA-seq数据对发育中的斑马鱼胚胎进行分析综上所述，本文生成了斑马鱼早期胚胎发生的染色质可及性谱，证明其与相应发表的scRNA-seq数据高度一致，为深入研究斑马鱼胚胎发育过程中的表观遗传调控机制提供了宝贵的资源。Single-nucleus chromatin landscapes during zebrafish early embryogenesis. Sci Data. 2023
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