院士呼唤你来学习生物信息学，你难道会拒绝吗？新晋院士张泽民教授于北京大学2024年研究生毕业典礼上发言，热情发出生信领域的邀约！要知道，这位院士早在三十年前就已从分子与细胞生物学专业领域转向了生物信息学，彼时很多小伙伴都还没诞生呢~
从北大官微摘了部分内容，分享给一同在生信领域追梦的你我！
无惧失败，步履不停
以积极而平和的心态迎接挑战
以百折不回的自信渡过逆境
中国科学院院士
北大生物医学前沿创新中心主任张泽民
作为教师代表发言
图源 北京大学官微
10 年前，他是基因泰克/罗氏公司生物信息首席科学家，10 年后的今天，他是北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）中心主任，他的一生都致力于用前沿的生物信息和基因组学来解决癌症生物学中的核心问题，专注于研究肿瘤微环境的底层特征。 张泽民院士，作为肿瘤与生物信息领域的领军人物，人送“生信大佬”称号！在 2024 年发表了不少代表性的文章，今天甄博就同大家从一篇 Cell 文章开始，一起领略一下张泽民院士在 2024 年都做出了哪些杰出成绩！PS：处理大量的单细胞数据，电脑确经常不给力，咋办！来找甄博帮你加持上最新的服务器，用上才知道啥叫高效，目前全是好评！快来了解吧！
题目：泛癌单细胞解剖揭示了表型上不同的B细胞亚型
关键科学问题
1.肿瘤浸润 B 细胞（TIBs）在癌症发展中的作用及其异质性？
作者整合了单细胞 RNA 测序数据，构建了泛癌单细胞图谱，揭示了 TIBs 在总丰度和亚型组成上的异质性，发现了应激反应记忆 B 细胞和肿瘤相关非典型 B 细胞（TAABs）两个与预后相关的亚群，定义了能与 CD4 T 细胞密切沟通并具有预后潜力的 TIB 细胞。
图1. B细胞的泛癌单细胞分析
图2.不同癌症类型间B细胞的异质性
图3.人类肿瘤内生发中心反应的概述
2.TAABs 在肿瘤微环境（TME）中的分子特性及其与 CD4 T 细胞的相互作用？
TAABs 在多种过程中表现出增强的活性，包括 BCR 信号、B 细胞激活、抗原呈递等，具有克隆扩增和高增殖能力，表达多种细胞因子受体，与 CD4 T 细胞有密切的空间关系和分子相互作用，能通过 MHC - II 抗原呈递为 CD4 T 细胞激活提供信号，并可能接收来自 CD4 T 细胞的刺激信号，与 CD4 T 细胞相互合作，在抗肿瘤免疫中发挥抗原呈递细胞和浆细胞前体的作用。
图6.肿瘤相关非典型B细胞的表观遗传和转录特征
3.TAABs 对免疫治疗反应的预测作用？
作者收集了接受免疫治疗的癌症患者数据集，发现在非小细胞肺癌和黑色素瘤中，免疫治疗响应者往往比非响应者具有更高的 TAAB 特征表达，表明 TAAB 特征可能与多种免疫治疗策略的响应相关。
图7. TAAB的细胞通讯和临床相关性
思路看了不少，院士的这样一篇超有启发性的论文，自然不能错过！主要探讨了高脂饮食如何通过肠道菌群影响癌症进程。研究不仅深入，还提供了新的治疗思路。如果你正在为课题设计挠头，或者对肿瘤微环境感兴趣，这篇绝对值得一读！当然拿不准思路，找甄博也是可以的。
最后，给大家分享一个由院士开发的生信在线分析平台，想轻松上分，速来了解！甄博已经摸得透透的了，干货直接上！
在癌症研究领域，TCGA 中存放的各类癌症组学公开数据，经常使用的朋友应该不陌生了。但是对于没有编程基础的小伙伴来说，一个好用的在线分析工具能让研究事半功倍。今天，甄博要介绍的就是由张泽民团队开发的 GEPIA2 数据库，它已被两千多篇文章引用，图片出来也很美观，操作简单，小白完全可以轻松解决肿瘤方向基因表达和预后的相关研究的需求~
数据库介绍
GEPIA2 数据库存放的数据来自 TCGA 和 GTEx，两者相互补充，为研究提供了更全面的信息。
该数据库主要有两大功能：Expression Analysis 和 Custom Data Analysis。在 Expression Analysis 中，以 RNA - seq 表达量信息为主，可以进行八大类分析，包括对目的基因的表达量分析、查找特定肿瘤中的不同基因差异表达情况、表达分析 DIY、生存分析、了解目标基因的亚型以及在不同癌种中的表达情况、两个基因之间的相关性分析、查看基因的相似基因以及主成分分析（PCA 分析）等。
在对目的基因的表达量分析中，用户只需输入基因或 ID，点击 “GoPIA” 按钮，就能搜索到感兴趣的基因，并查看其在肿瘤和正常样本中的表达情况。
在生存分析中，用户可以输入目标基因和癌种，计算出基于 Cox PH 模型的风险比（HR），并以各种格式导出结果。
总之，GEPIA2 数据库是一个非常实用的工具，无论你是科研新手还是经验丰富的研究者，都能从中受益。如果你正在进行肿瘤相关的研究，不妨试试这个数据库，相信它会给你带来意想不到的收获！实在没精力去琢磨数据分析那堆事，别忘了找甄博！随时为您献上一大堆攻略和方法！感兴趣就来了解一波吧~
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注：本文为原创编译，非声张版权，侵删！
