咚咚咚~小伙伴们有没有想念甄博呀！12月过半，2024以接近尾声，友友们实验做的怎么样，文章有没有发出！不是甄博打击你，是甄博发现一个发文量大，审稿快，还接纯生信文章的宝藏期刊要安利给大家，要不要康康！
今天甄博就带大家看看这本年发文量近六千的Front Immunol期刊是否真的如外界所言是“水刊”。说到Frontiers系列期刊，甄博早就介绍过，详情可以看“还值得投稿吗？“Frontiers”系列期刊2023年SCI分区表现出炉！”而Front Immunol.期刊作为免疫学领域的一本重要期刊，虽然年发文量较大，但其学术质量和影响力不容忽视。期刊对国人友好（占比45%），自引率控制得当，中科院分区稳定在2区，而且审稿速度快，有想法的友友可以试试！
下面咱们就看看由温州医科大学研究团队发表在Front Immunol上的通过进行双样本MR和单细胞RNA测序分析，系统地估计遗传决定的循环炎症蛋白和GBS之间的潜在因果关系的论文。从题目上我们就可以看出这是一篇纯生信文，该文章7月投稿，8月接受，9月见刊，想想是不是都羡慕，那我们就看看这篇文章有什么过人之处！
首先该文章应用了双样本MR、单细胞数据分析和网药、分子对接，设计的比较全面，MR与其他生信分析的联合也很新颖，思路升级。其次该文选择了以GBS为研究对象，比较小众，研究循环炎症蛋白和GBS之间的因果关系，有一定的临床研究意义！看了是不是觉得“我也可以”！不是觉得，是你真的可以，我们也可以MR联合其他组学、联合机器学习、单细胞分析等热门方法，有想法的来找甄博聊聊，这里有成熟的发文思路与生信分析团队为您的科研之路保驾护航！
题目：全身炎症蛋白对格林-巴利综合征的因果作用:来自全基因组孟德尔随机化、单细胞RNA测序分析和网络药理学的见解
杂志：Frontiers in Immunology（IF=5.7）
发表日期：2024年9月
研究背景
格林-巴利综合征（GBS）主要是由对传染性病原体的异常免疫反应引发的，目前的研究证据仅限于单一炎症蛋白对GBS结局的影响。迄今为止，循环炎症蛋白和GBS之间的因果关系尚未通过MR研究建立。因此，在本研究中，通过进行双样本MR和单细胞RNA测序分析，将系统地估计遗传决定的循环炎症蛋白和GBS之间的潜在因果关系。
研究思路
从炎症蛋白数据库中获得41种全身炎症蛋白，从可公开获得的GWAS数据库中获得GBS参与者的GWAS汇总数据。将炎症蛋白作为暴露，GBS作为结果，应用以IVW方法为主的5种方法进行双样本MR分析以评估炎症蛋白和GBS之间的因果关系，评估 MR 结果的稳健性。此外，应用单细胞数据分析关键炎症基因的细胞表达，通过RCSD蛋白质数据库（PBD）获得目标蛋白的小分子配体并利用AutoDock进行分子对接。
图1：MR分析设计图
研究结果
1. MR分析炎症蛋白对 GBS 风险的因果影响
通过 IVW 法为主导，以 MR - Egger、加权模式、简单模式与加权中位数展开 MR 分析，检测 41 种炎症蛋白与 GBS 风险的因果关联（图 2）。经互补性与敏感性分析整合筛选，确定 4 种与 GBS 风险相关的候选炎症蛋白，即 IFN - γ、IL - 7、SCGF - β 与 Eotaxin（图 3、图 5）。为强化研究结果的可靠性与稳健性，进一步对 GBS 与 41 种炎症蛋白实施反向 MR 分析，结果表明遗传决定的 GBS 与全身炎症蛋白无因果联系（图 4）。
图2：五种MR分析结果
图3：IVW分析41种炎症蛋白与GBS风险的因果关系-森林图
图4：反向MR分析
图5：41种炎症蛋白与GBS风险的因果关系-MR分析散点图
2. 单细胞数据分析和分子对接
借助 SNP - nexus 网站平台，把各被查询的SNP映射至其最近基因，筛选与GBS风险相关的4种炎症蛋白的工具变量对应的基因信息。曼哈顿图呈现出关键基因，涵盖POLR1C、ACKR2、VIPR1、SLC34A1、SHANK1与 CLEC11A（图 6A）。针对这些基因与 4 种炎症靶蛋白构建PPI网络，明确枢纽基因（图 6B、D）。从 Panglao DB下载单细胞数据集予以分析，发现 POLR1C 在神经上皮组织的不同细胞群中呈富集态（图 6C）。另外，依据蛋白质数据库（PDB），筛选若干抗炎或神经保护的小分子化合物，与IL - 7开展分子对接（图 7）。
图6：PPI网络构建和单细胞分析
图7：分子对接
文章小结
在这项研究中，作者通过使用遗传变异作为工具变量，在两个样本的孟德尔随机化分析阐明了41个基因决定的循环炎症蛋白和GBS的风险之间的因果关。怎么样？这个5分+文章一点也不水吧？整体设计又简单又清晰，很适合模仿复现。作为最适合临床医生的科研方向，MR分析开头很火，后面也只会更火，还在观望MR分析的朋友不要再犹豫了，好的方向、高质量的发文思路稍纵即逝！有需要滴滴甄博，专业团队帮你精准推荐思路，个性化分析也不在话下 ~
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