生物科研所需网站和软件

文摘   2023-12-18 11:09   新加坡  

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文件转换器:

Convertio - 文件转换器convertio.co/zh/

在线画图:流程图,韦恩图,甘特图等

ioDraw 免费在线画流程图、思维导图、甘特图www.iodraw.com/

桑基图,瀑布图,

RAWGraphswww.rawgraphs.io/

知网学术翻译助手 网址:

dict.cnki.net/index

科研绘图不会用AI或者不想下软件可以用这个在线网页:Vision

在线做图|在线白板|在线画图_VisionOn_新一代轻量在线图形工具pub.visionon.cn/?l=visionon&c=bsem&r=visionon

(b站上也有教程)

让AI帮你看文献:

Discover, Create, and Publish your research paper | SciSpace by Typesettypeset.io/

找英文教材:

https://studymaterialz.in/studymaterialz.in/

Resources Archivesacademicful.com/category/tutorial/

E-book library. Search and download for free, instantly.vdoc.pub/

DNA/基因组/RNA类

欧洲生物信息学中心

包括数据:ENA(核酸序列数据库)、Ensembl(基因组)、ArrayExpress(基因表达数据)、UniProtKB蛋白质序列,InterPro(蛋白质家族/域/蛋白指纹等)、PDBe(大分子结构)IntAct(蛋白质相互作用)、Reactome(反应途径)、ChEBI(小分子)

EMBL-EBI homepagewww.ebi.ac.uk/

sgRNA在线设计:

CHOPCHOPchopchop.cbu.uib.no/

酿酒酵母基因组数据库:

Saccharomyces Genome Database | SGD (yeastgenome.org)www.yeastgenome.org/

DNA过滤器(可以消除数字和空格):

DNA过滤器(Filter DNA)www.detaibio.com/sms2/filter_dna.html

质粒图谱查询:

Addgene: Homepagewww.addgene.org/

开放阅读框查找:

ORFfinder Home - NCBIwww.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

蛋白质类

蛋白质数据库:

UniProtwww.uniprot.org/

信号肽预测:

SignalP - 5.0 - Services - DTU Health Techservices.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0

蛋白质结构(无序区域和跨膜螺旋堆积;接触分析;折叠识别;结构建模;以及域和功能)的预测:

PSIPRED Workbenchbioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

蛋白质建模(利用「热力学理论」构造合适的能量函数及优化方法,实现从蛋白质序列直接预测其三维结构):

I-TASSER server for protein structure and function predictionzhanggroup.org/I-TASSER/

蛋白质结构功能预测:

Pfam is now hosted by InterPropfam.xfam.org/

专利

注册立刻可以使用

专利之星检索系统cprs.patentstar.com.cn/

实验方法类

细菌蛋白表达入门:

细菌表达支持 | Thermo Fisher Scientific - CNwww.thermofisher.cn/cn/zh/home/technical-resources/technical-reference-library/protein-expression-support-center/bacterial-expression-support.html

实验方法查找英文:

Nature Protocolswww.nature.com/nprot/

The beauty of imaging | Nature Methodswww.nature.com/articles/s41592-022-01677-y


Bring structure to your research - protocols.iowww.protocols.io/

需要注册,但是我个人更喜欢这个

实验方法查找中文:

Bio-protocol - Improve Research Reproducibility1bio-protocol.org/cn/Default.aspx

Protocol 实验方法聚合平台protocol.everlab.net/

生物信息学与功能基因组学:相关教学 (需要梯子)

http://www.bioinfbook.org/www.bioinfbook.org/

软件

用于查看、编辑和制作质粒图谱。
SnapGene Viewer: 免费查看质粒。SnapGene:付费且万能,可以设计引物,模拟凝胶电泳图,模拟各种分子实验,自动设计引物并生成等等等(好消息是有破解版~)
Benchling: 绘制质粒图谱,免费。
Genome Compiler: 绘制质粒图谱,免费。
Serial Cloner: 绘制质粒图谱,免费。

EDirect:使用命令行工具对数据库进行访问。

HMMER软件:有命令行和网页版。可以对远缘相关同源蛋白进行数据库搜索分析。


小林的实验方法记录本
或许我的实验方法可以帮到你~
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