高质量的蛋白质和核酸序列图绘制免费网站,0基础上手

文摘   2024-09-21 22:39   中国香港  

网址放在开头:

https://ibs.renlab.org/#/home

如果你需要一个简单高效的工具来绘制蛋白质和核酸序列的示意图,我强烈推荐 IBSIllustrator for Biological Sequences)。它是一个完全免费的网络资源,特别适合科研工作者。无论你是在处理蛋白质序列,还是核酸序列,IBS 都可以帮你轻松创建高质量的图表,完美适合论文发表或者报告展示。

ibs2.0

应该是在2020年的时候ibs就闪亮登场了,但那个时候它还长这样:

ibs1.0

新版本的 UI 更加美观简洁,界面设计更加现代化。但最重要的是,IBS 依然保留了它易上手的优点。无论你是刚刚接触绘图工具的新手,还是有丰富经验的科研人员,都能迅速上手,轻松创建专业的生物序列图。

使用 IBS 非常简单。它提供了一个直观的双模式界面,允许你选择蛋白质或核酸模式,按需添加各种图形元素,比如多边形、曲线、括号和折线等,来表示不同的功能元素或者调控分子。你可以完全自定义自己的示意图,甚至不需要具备绘图软件的经验。

最棒的地方就是在database里面就有很多现成的已发表的论文中的示意图,可以直接在其基础上进行更改。

甚至官方还出了视频来手把手教你怎么使用:


当然也有文字版的教程:

以下内容均来自于官方:https://ibs.renlab.org/#/help

本人只是翻译成了中文,方便大家阅读。旨在把这么好的网站推广给大家~毕竟其实还是有很多本科生做毕设可能会涉及到画序列图但是又不知道怎么上手~

谢谢ren教授,极大的简化了大家的工作难度。

当你选择时,会出现如下页面:

网页服务器页面包含绘图画布和基础元素按钮。

2. 通过模式选项按钮选择蛋白质或核苷酸模式。


A. 蛋白质模式

1) 添加蛋白质:点击蛋白质/核苷酸按钮以绘制蛋白质。绘制的蛋白质不仅会出现在画布上,它的名称也会显示在左侧列的组成列表中。选择蛋白质元素后,右侧会出现参数设置栏。



名称:每个蛋白质都有一个名称,用户可以通过名称在左侧列中找到蛋白质。

位置面板:设置蛋白质的起始和结束位置,可以通过右侧的选项选择位置的显示方式,如隐藏、顶部、底部等。

坐标面板:可以通过 x 轴(水平坐标)和 y 轴(垂直坐标)设置蛋白质在绘图区的位置。你可以通过右侧的锁定按钮锁定蛋白质的坐标。

对齐面板:用户可以通过自动按钮,根据起始和结束位置对齐蛋白质的位置。此外,也可以使用左对齐和右对齐按钮。

样式面板:设置蛋白质的填充颜色、颜色渐变、纹理和高度。

边框面板:设置蛋白质边框的颜色和大小。用户可以通过选择虚线选项将边框显示为虚线。

2) 添加结构域或位点:选择蛋白质后,点击元素面板中的结构域或位点按钮,以在蛋白质上添加结构域或位点,从而进一步展示蛋白质的功能区域。

名称:每个结构域或位点都有一个名称,该名称也会出现在左侧列的组成列表中。

位置面板:此面板可以设置结构域/修饰位点在蛋白质中的相对位置,以及位置的显示样式。

样式面板:设置结构域/修饰位点的填充颜色、颜色渐变和纹理。此外,还可以设置位点的形状、宽度和高度。

文本面板:你可以在结构域/位点中添加文本并在此面板中进行格式化。

边框面板:设置结构域/位点的边框样式。

3) 切线:当蛋白质或核苷酸存在截断点时,可以通过元素面板中的按钮添加切线。

名称:每个切线都有一个名称。

位置面板:此面板可以设置切线在蛋白质中的相对位置,以及位置的显示样式。

样式面板:用户可以在此面板中设置切线的类型、高度、方向和颜色。


4) 文本:通过元素面板中的按钮添加文本。

名称:每个文本都有一个名称。

位置面板:可以通过 x 轴(水平坐标)和 y 轴(垂直坐标)设置文本在绘图区的位置。

文本面板:你可以在此面板中编辑文本。文本的字体、大小、粗体、斜体、颜色和旋转角度都可以在此面板中设置。

边框面板:设置文本的边框样式。


5) 标记:通过元素面板中的标记按钮,可以在 IBS 2.0 中添加额外的分子标记。

名称:每个标记都有一个名称。

坐标面板:可以通过 x 轴(水平坐标)和 y 轴(垂直坐标)设置标记在绘图区的位置。

样式面板:设置标记的显示样式和旋转角度。此外,用户还可以通过上方的控制按钮直接旋转标记。

文本面板:你可以在标记中添加文本并在此面板中进行格式化。

边框面板:设置标记的边框样式。

6) 线条:通过元素面板中的线条按钮,可以添加额外的线条。

名称:每条线都有一个名称。

坐标面板:可以通过起点和终点坐标设置线条在绘图区的位置。

样式面板:设置线条的显示样式。线条有五种类型:直线、折线、肘线、曲线和贝塞尔曲线。

标记面板:此面板允许用户设置线条两端的标记类型。


7) 括号:通过元素面板中的括号按钮,可以在 IBS 中添加额外的括号。

名称:每个括号都有一个名称。

坐标面板:可以通过 x 轴(水平坐标)和 y 轴(垂直坐标)设置括号在绘图区的位置。

样式面板:设置括号的显示样式。括号有两种形状:大括号和方括号。此外,用户还可以通过上方的控制按钮直接旋转括号。


B. 核苷酸模式

注意:核苷酸模式的设置细节与蛋白质模式大致相同。

1) 添加核苷酸:点击蛋白质/核苷酸按钮,在核苷酸模式下绘制核苷酸。


2) 添加结构域或位点:选择核苷酸后,点击元素面板中的结构域或位点按钮,为核苷酸添加结构域或位点以进一步展示功能区域。

3) 切线:当核苷酸存在截断点时,可以通过元素面板中的按钮添加切线。

4) 文本:通过文本按钮在元素面板中添加文本。

5) 标记:通过元素面板中的标记按钮,在 IBS 2.0 中添加额外的分子标记。

6) 线条:通过元素面板中的线条按钮,在 IBS 2.0 中添加额外的线条。

7) 括号:通过元素面板中的括号按钮,在 IBS 2.0 中添加额外的括号。


3. 保存图表及其他操作

A. 保存图表:点击保存按钮保存绘制的图表,可以选择 Json、SVG、PNG 和 JPG 格式。你也可以右键点击获取保存选项。


B. 元素的右键操作:选择一个元素,右键点击以执行一些快捷操作。

添加:添加新元素,例如蛋白质/核苷酸、标记、文本和线条。

复制:复制元素。你也可以使用 Ctrl + C 快捷键复制元素。

粘贴:将剪贴板中的元素粘贴。你也可以使用 Ctrl + V 快捷键粘贴。

删除:删除元素。也可以通过 Del 键删除元素。

全部清除:删除画布中的所有元素。

放大:放大画布。你也可以使用鼠标滚轮放大或缩小画布。

缩小:缩小画布。

置于顶层:将元素置于画布顶层。

置于底层:将元素置于画布底层。

保存:获取保存选项,可以选择 JSON、SVG、PNG 和 JPG 格式。


C. 撤销和重做:撤销和重做按钮位于画布上方的元素面板中。

D. 创建或打开新画布:点击元素面板中的新建按钮创建新画布。点击打开按钮打开 IBS 2.0 的 JSON 文件。在执行此操作之前,你需要确认是否保存当前项目。

E. 示例:我们从期刊中随机选择了一组蛋白质和核苷酸图示。蛋白质和核苷酸模式各有其示例。你可以从元素面板的示例下拉框中选择其中一个示例,并尝试修改它以作为开始使用 IBS 2.0 的图示。


F. 将图表居中:使用元素面板中的居中按钮将图表居中于画布。

G. 左侧列的组件列表:所有元素 ID 将出现在组件列表中,用户可以更改所选元素的图层顺序或删除它。


数据库可视化

在 IBS 2.0 中,还实现了数据库可视化功能。通过从 UniProt 和 NCBI RefSeq 数据库检索,给定蛋白质/转录本的结构组成可以自动绘制。生成的图表还会注释这些生物序列上的翻译后修饰位点或 RNA 修饰位点。

点击网页服务器页面右上方的可视化功能,进入数据库可视化页面。






资源平台

此外,通过文献研究,我们发现许多已发表文章中的示意图可能描述了相似的功能或机制。一个可以共享和交换可编辑序列图的平台,将极大地帮助提高设计效率。因此,我们在 **IBS 2.0** 中新增了一个资源平台,支持上传、检索和浏览现有的序列图。

为了收集尽可能多的资源,我们开发了一种深度学习算法,能够从已发表的文献中识别生物序列图。最终,共存储了 347 张图表在 IBS 2.0中。

我们根据示意图的描述将其分为不同类型,用户可以根据感兴趣的类别进行浏览。

此外,IBS 2.0资源平台还提供了一个搜索页面,用户可以通过该页面精确检索示意序列。

为了方便在 IBS 2.0中交换图表,我们还提供了一个提交功能,用户可以上传自己已发表的可编辑示意图。示意图的作者可以填写各种详细信息,以增加其被引用的机会。

最后放一张ren教授实验室的主页,感谢ren教授~!


小林的实验方法记录本
或许我的实验方法可以帮到你~
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