化合物网站zinc—检索及下载

学术   2024-11-12 14:37   湖南  

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ZINC网址:

http://zinc20.docking.org/

ZINC是一个免费的化学物质数据库,旨在为科研人员提供方便的化合物搜索和下载服务。它由加州大学旧金山分校(UCSF)的Shoichet实验室开发和维护。ZINC数据库特别适合用于药物发现研究,因为它提供了超过1300万种3D格式的化合物数据,这些化合物既包括商业可购的,也包括虚拟的化合物。

数据库的主要功能包括:

1.化合物信息的广泛性:ZINC包含了从多个供应商和公开文献中获取的化合物信息,用户可以根据分子式、结构或其它标准来搜索特定的化合物。

2.免费和易于访问:ZINC的所有数据都可以免费访问,用户可以直接下载用于科研。

3.适用于虚拟筛选:ZINC数据库的设计支持计算机辅助药物设计,特别是虚拟筛选技术。

ZINC还支持与多个科研工具和资源的集成,例如ChemBridge、Enamine和PubChem,这些都是进行化学和生物医学研究的重要资源。此外,数据库定期更新,确保科研人员可以获得最新的化合物信息和研究数据。

ZINC的检索

1.ZINC的基本检索  

2.另外一种检索方式:smallword  相似性搜索    

进入网站:https://sw.docking.org/search.html

3.另外一种检索方式:Arthor 子结构的搜索

进入网站: https://arthor.docking.org/

ZINC网站化合物下载:    

这里首先要明确几个概念:

Lead-Like:类先导化合物:p.mwt <=350 and p.mwt >=250 and p.xlogp<=3.5 and p.rb<=7

Fragment-like:p.xlogp<=3.5 and p.mwt<=250 and p.rb<=5

Drug-like: p.mwt<=500 and p,mwt>=150 and p.xlogp<=5 and p.rb<=7 and p.psa<150 and p.n_h_donors<=5 and p.n_h_acceptors<=10

Shards: p.mwt<190 

以上对应了不同的选择范围,可以点点试试~  

1.进行上述设置,并点击download,下载文件名称为ZINC-downloader-2D-smi.wget

2.下载wgetwin-1_5_3_1-binary.zip文件,并解压,将其和上面的ZINC-downloader-2D-smi.wget放在同一个文件夹下    后台回复:24-10-2

3. 复制wgetwin-1_5_3_1-binary文件夹地址

4.设置环境变量   

5.将文件夹整理成下面这样

6.删掉文件夹地址,输入cmd,回车   

7.在cmd中输入wget.exe -i ZINC-downloader-2D-smi.wget,回车

三维结构的下载:   

其余步骤一样,注意cmd命令文件名称需要修改。

END


来源|小桔的笔记本

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