导言
小bio汇总了过去一年Bio-protocol期刊发表的“基因编辑”相关实验方案。这些方案由全球科学家分享,方案内容详实、易于操作、容易复现,希望能为您的研究提供帮助与启发。
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动物基因编辑
● Efficient Gene-Editing in Human Pluripotent Stem Cells Through Simplified Assembly of Adeno-Associated Viral (AAV) Donor Templates
通过简化腺相关病毒(AAV)供体模板组装高效编辑人多能干细胞基因
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5097
作者:Berta Marcó de La Cruz、Sanhita Mitra、Bingqing He、Melis Çelik、Debora Kaminski、Erik Smedler、Fredrik H. Sterky
文章亮点:本文提出了一种结合AAV-DJ载体和CRISPR-Cas9核糖核蛋白的高效基因编辑策略,配合Golden Gate一步克隆技术和简化的AAV小规模纯化流程,实现了人多能干细胞中高效HDR编辑和灵活的等位基因修饰。
● CRISPR/Cas9-Based Protocol for Precise Genome Editing in Induced Pluripotent Stem Cells
基于CRISPR/Cas9的诱导多能干细胞精确基因组编辑方案
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5141
作者:Avinash Singh、Swathy Babu、Marcus Phan、Shauna H. Yuan
文章亮点:本文通过结合p53抑制剂和促存活小分子显著提高了人iPSCs中CRISPR基因编辑的存活率和效率,实现了超过90%的同源重组率,大幅缩短了编辑周期。
● Expansion and Precise CRISPR-Cas9 Gene Repair of Autologous T-Memory Stem Cells from Patients with T-Cell Immunodeficiencies
扩增及精确CRISPR-Cas9基因修复来自T细胞免疫缺陷患者的自体记忆性T干细胞
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5085
作者:Xun Li、Van Trung Chu、Christine Kocks、Klaus Rajewsky
文章亮点:本文提出了一种针对免疫缺陷患者PBMC中T记忆干细胞(TSCM)高效扩增和基因修复的策略,结合CRISPR-Cas9、rAAV6和DNA-PK抑制剂,实现了超过85%的基因修复率,具有无需细胞分选、可重复操作、适用于临床的优势。
● Multiplex Genome Editing of Human Pluripotent Stem Cells Using Cpf1
利用Cpf1实现人类多能干细胞的多重基因组编辑
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5108
作者:Haiting Ma
文章亮点:本文提出了一种基于单载体系统的Cpf1基因编辑方法,可在hPSCs中同时实现多位点精准编辑,并保持低脱靶效应,同时实现多种细胞类型的分化。
● Genetic Knock-Ins of Endogenous Fluorescent Tags in RAW 264.7 Murine Macrophages Using CRISPR/Cas9 Genome Editing
利用CRISPR/Cas9基因组编辑技术在RAW 264.7小鼠巨噬细胞中敲入内源性荧光标签
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.4960
作者:Beverly Naigles、Jan Soroczynski、Nan Hao
文章亮点:本文提供了一种利用Neon转染系统在RAW 264.7小鼠巨噬细胞中实现多位点内源性荧光蛋白敲入的CRISPR/Cas9基因编辑方法,简化了单细胞分选和克隆培养流程,并支持单细胞水平的荧光成像实验。
● CRISPR/dCas9-Tet1-Mediated DNA Methylation Editing
CRISPR/dCas9-Tet1介导的DNA甲基化编辑
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.4976
作者:Junming Qian、Shawn X. Liu
文章亮点:本文提出了一种基于dCas9-Tet1系统的精准DNA去甲基化方法,仅需更换sgRNA即可高效特异性地调控基因座DNA甲基化状态,实现对基因表达的细致调控而不改变DNA序列,适用于多种细胞培养体系并具有潜在体内外应用价值。
● Generation of Zebrafish Maternal Mutants via Oocyte-Specific Knockout System
基于卵母细胞特异性敲除系统生成斑马鱼母源突变体
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5092
作者:Chong Zhang、Wenlu Wei、Tong Lu、Yizhuang Zhang、Jiaguang Li、Jiasheng Wang、Aijun Chen、Fenfen Wen、Ming Shao
文章亮点:本文提出了一种利用Tg(zpc:zcas9)转基因鱼在卵母细胞中表达Cas9和多sgRNA的策略,仅需一代即可高效生成单基因或双基因母源性突变体,具备技术可行性高、时间成本低、适用范围广等优势。
植物基因编辑
● Versatile Cloning Strategy for Efficient Multigene Editing in Arabidopsis
拟南芥高效多基因编辑的多用途克隆策略
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5029
作者:Ziqiang P. Li、Jennifer Huard、Emmanuelle M. Bayer、Valérie Wattelet-Boyer
文章亮点:本文提出了一种结合Gateway®和Golden Gate技术的模块化克隆策略,可在植物中实现高效多基因靶向编辑,并通过卵细胞特异性启动子驱动Cas9表达,有效避免嵌合现象。
● CRISPR-Cas9 Protocol for Efficient Gene Knockout and Transgene-free Plant Generation
高效基因敲除和无转基因植物生成的CRISPR-Cas9方法
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5012
作者:Enzo A. Perk、Ana M. Laxalt、Ignacio Cerrudo
文章亮点:本文提供了针对番茄的CRISPR-Cas9基因编辑操作流程,通过设计双sgRNA靶向基因首个外显子区域,实现了在6–12个月内获得无外源编辑元件的纯合敲除番茄植株,并验证了其在抗灰霉病中的应用效果。
● Transient Expression Assay and Microscopic Observation in Kumquat Fruit
金桔果实瞬时表达测定与显微观察
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.4968
作者:Jinli Gong、Xuepeng Sun
文章亮点:本文建立了一种基于农杆菌介导的金桔果实瞬时转化和活细胞成像方法,实现了高效荧光蛋白表达和细胞结构动态观察,为研究柑橘果实基因功能及亚细胞定位提供了快速便捷的工具。
● Agrobacterium-Mediated Transient Gene Expression Optimized for the Bioenergy Crop Camelina sativa
优化农杆菌介导的生物能源作物亚麻籽荠瞬时性基因表达
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.4964
作者:Pawan Kumar、Zeeshan Z. Banday、John L. Riley、Jean T. Greenberg
文章亮点:本文优化并建立了适用于Camelina sativa DH55品种的农杆菌介导叶片瞬时基因表达方法,实现了快速高效的蛋白质亚细胞定位与共定位研究,仅需16–18天即可完成实验。
微生物基因编辑
● Efficient Genetic Transformation and Suicide Plasmid-mediated Genome Editing System for Non-model Microorganism Erwinia persicina
非模式微生物桃色欧文氏菌的高效遗传转化及自杀质粒介导的基因组编辑系统
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.4956
作者:Tingfeng Cheng、Tongling Ge、Xinyue Zhao、Zhu Liu、Lei Zhao
文章亮点:本文建立了针对植物病原菌Erwinia persicina的高效遗传改造和自杀质粒介导的基因编辑系统,为非模式微生物的基因功能研究及其作为生物防控和工业应用提供了重要工具。
● Transfection of Babesia duncani: A Genetic Toolbox of This Pathogen to Advance Babesia Biology
邓氏巴贝斯虫基因转染:推进巴贝斯虫生物学的遗传工具箱
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5016
作者:Sen Wang、Jianyu Wang、Dongfang Li、Fangwei Chen、Wanxin Luo、Junlong Zhao、Lan He
文章亮点:本文建立了一种基于同源重组和hDHFR可筛选标记的B. duncani遗传操作方法,为邓氏巴贝斯虫功能基因研究及新型治疗策略开发提供了高效工具。
● CRISPR/Cas9 Ribonucleoprotein-Mediated Mutagenesis in Sporisorium reilianum
CRISPR/Cas9 核糖核蛋白介导的玉米丝轴黑粉菌诱变
链接:https://doi.org/10.21769/BioProtoc.4978
作者:Janina Werner、Weiliang Zuo、Gunther Doehlemann
文章亮点:本文首次在Sporisorium reilianum中应用RNP介导的CRISPR/Cas9方法,实现了无抗性标记的高效基因组编辑,可用于生成多基因敲除和大片段基因缺失突变体。
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