智慧之旅不止步!凌恩生物9月客户文章汇总

文摘   2024-10-12 08:00   内蒙古  
 2024年9月,凌恩生物助力客户发表文章92篇,累计影响因子522.2分,其中包括Cell Metabolism、Nature Communications、Chemical Engineering Journal、Journal of Hazardous Materials、Water Research、Genome Biology、Environmental Research、Food Chemistry、Science of The Total Environment等期刊文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向,其中多组学研究53篇,微生物方向48篇,基因组方向18篇,转录组方向23篇,代谢组方向17篇,宏基因组方向12篇,eDNA方向5篇,云平台方向3篇。

接下来小编挑选了一些高分文章,让我们一起回顾一下吧~


第1篇


髓系 β-arrestin 2 的缺失可通过巨噬细胞的代谢重编程减轻脂肪性肝炎

英文题目:Myeloid beta-arrestin 2 depletion attenuates metabolic dysfunction-associated steatohepatitis via the metabolic reprogramming of macrophages

发表期刊:Cell Metabolism

影响因子:27.7

作者单位:安徽医科大学第一附属医院

涉及的凌恩生物服务产品:真核有参转录组+靶向代谢组


主要研究内容:



巨噬细胞介导的炎症与代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 (MASH) 的发病机制有关,β-arrestin 2是一种多功能衔接蛋白,在骨髓组织和巨噬细胞中高度表达,并参与代谢紊乱。与健康对照者相比,MASH患者的肝巨噬细胞和循环单核细胞中β-arrestin 2的表达显著增加,并且与代谢功能障碍相关的脂肪肝病的严重程度呈正相关。β-arrestin 2促进免疫反应基因 1 (IRG1) 的泛素化,从而阻止巨噬细胞中衣康酸的增加,进而导致琥珀酸脱氢酶活性增强,促进线粒体活性氧的释放和M1极化。



第2篇


解耦海绵全生物中微生物群落菌株和菌株内水平相互作用

英文题目:Decoupling of strain- and intrastrain-level interactions of microbiomes in a sponge holobiont

发表期刊:Nature Communications

影响因子:14.7

作者单位:南方科技大学

涉及的凌恩生物服务产品:宏基因组binning(二代+HiC)+宏病毒组(二代+ONT)


主要研究内容:

全生物体(holobiont)是真核宿主、细胞微生物共生体和病毒的高度组织化的集合体,其相互作用和进化涉及复杂的生物过程。目前尚不清楚哪些具体决定因素导致了活体生物之间遗传多样性的相似性或个体性。本研究结合短读段和长读段测序,以及HiC技术来解析模型海绵个体中微生物组的多样性。发现海绵宿主和病毒的细胞宿主对活体生物的菌株级组织产生了强烈的影响,而活体生物之间碱基多样性的大量重叠表明微生物细胞和病毒在海绵种群中在菌株内水平上频繁交换。并且免疫规避的“军备竞赛”可能会限制病毒与宿主在毒株内水平上的共同进化,产生全生物特异性基因组变异。


第3篇


通过氮代谢对月桂枝枯萎病的早期诊断、监测、分析和治理

英文题目:Early diagnosis, monitoring, profiling, and management of bayberry twig blight disease by nitrogen metabolism

发表期刊:Chemical Engineering Journal

影响因子:13.3

作者单位:浙江省农业科学院园艺研究所

涉及的凌恩生物服务产品:真核有参转录组+二代ITS+非靶向代谢组

主要研究内容:

拟盘多毛孢菌是冬青枝枯病的病原体,它会造成萎蔫和叶斑,导致果实小且营养质量差。由于对化学物质的严重依赖并产生不良影响,因此新的生物友好措施应运而生。本研究通过转录组学和代谢组学的联合分析,研究了镁纳米生物保护剂(MGONBS)的抗真菌作用机制。MGONB处理增加了慢生根瘤,以抵御拟盘多毛孢菌的攻击。病叶的固氮活性出现了先降低后增加的趋势。此外,与对照组相比,在MGONB组中,部分注释到防御和信号途径化合物被激活。并且MGONB中差异表达的基因与参与氨基酸代谢的KEGG途径关联,该途径与光合作用紧密相关。

第4篇


自循环脉冲交替通风堆肥技术:成熟堆肥对餐厨垃圾堆肥过程中腐殖化的生物和非生物效应

英文题目:Self-circulating pulse alternating ventilation composting technology: Biotic and abiotic effects of mature compost on humification during food waste composting

发表期刊:Chemical Engineering Journal
影响因子:13.3
作者单位:浙江大学环境与资源科学学院
涉及的凌恩生物服务产品:三代16S+非靶向代谢组

主要研究内容:

传统的堆肥技术依靠谷壳等外部添加剂来增强其含水率和渗透性,从而增加了运输和经济成本。本研究开发了自循环脉冲交替通风堆肥技术,通过使用自制的交替通风堆肥反应器,以成熟堆肥为添加剂,谷壳为对进行堆肥实验。结果表明,添加10%成熟堆肥(湿重)显着延长了高温阶段,并提升了总有机碳降解程度和定向腐植化程度。一方面,添加成熟堆肥增加了木质纤维素降解功能微生物的相对丰度,从而增强了木聚糖分解和纤维素分解的代谢水平。另一方面,它加速了腐殖酸前体的溶解和释放,增加了部分芳香族化合物的含量。

第5篇


固定沉积物中铅的新型纳米级固硫零价铁的评价:性能、微环境响应和机制

英文题目:Evaluation of a novel attapulgite loaded sulfidized nanoscale zero-valent iron for immobilization of Pb in sediment: Performance, microenvironmental response, and mechanisms

发表期刊:Chemical Engineering Journal

影响因子:13.3
作者单位:扬州大学

涉及的凌恩生物服务产品:二代16s扩增子



主要研究内容:

近年来,涉及电解和采矿的工业活动导致铅进入河流并在沉积物中过度富集,对水生生物构成潜在风险。在本研究通过硫化改性和ATP负载制备了负载蚯蚓的硫化nZVI(S-nZVI@ATP),并首次应用于铅污染沉积物的修复。特征分析表明,S-nZVI均匀负载在ATP表面,并成功负载了ATP的特征功能团Al/Mn-OH和Si-O。孵育实验表明,SnZVI@ATP显着降低了沉积物铅的有效性和淋溶毒性,同时促进了酸可溶性铅向残渣状态的转化,综合印证了S-nZVI@ATP在固定铅方面表现出出色的性能。并且加入S-nZVI@ATP改变了沉积物细菌群落的结构和组成,与铅固定化相关的菌增多。

第6篇


利用新分离的小球藻开发高效预处理工艺和多功能醋酸盐共代谢策略处理高浓度沼液

英文题目:Development of an efficient pretreatment process and multi-functional acetate co-metabolism strategy for the treatment of high strength biogas slurry using a newly isolated Chlorella sorokiniana

发表期刊:Chemical Engineering Journal

影响因子:13.3
作者单位:扬州大学

涉及的凌恩生物服务产品:二代16s扩增子+藻类鉴定


主要研究内容:

有效处理沼液(BS)以满足政府的排放标准是大多数畜禽企业面临的重大挑战。尽管微藻废水处理比传统技术具有许多显着的优势,但受限于多种原因,其在BS处理中的应用难以开展。针对这些问题,本研究首次分离到一株健壮的小球藻,具有较强的铵和酸性耐受性,并具有异营养能力。为了促进最佳的pH稳定性和生长促进,开发了添加0.1 g补料形式的OttL-1醋酸盐的共代谢培养策略。此外,通过新开发的高效预处理工艺,使分离的小球藻能够在预处理的真实BS中生长。醋酸盐共代谢培养策略明显促进细胞生长和污染物去除,并降低了工艺成本。

第7篇


纳米零价铁缓解土壤中抗生素耐药基因的水平转移:细胞外聚合物的重要作用

英文题目:Nanoscale zero-valent iron alleviated horizontal transfer of antibiotic resistance genes in soil: The important role of extracellular polymeric substances

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

影响因子:12.2
作者单位:广东省微生物研究所

涉及的凌恩生物服务产品:宏转录组+抗性基因绝对定量qPCR


主要研究内容:

胞外聚合物(EPS)与抗生素耐药基因(ARG)的水平基因转移(HGT)密切相关,但在土壤中常常被忽视。本研究利用纳米级零价铁(nZVI)来减弱污染土壤中的ARG。结果表明,在土壤微生物培养过程中,HGT促进土壤微生物分泌更多的EPS,并且四环素类抗生素(tet)显着增加,并且EPStet对ARG的增加具有重要影响。使用nZVI后,PS分泌减少显著降低,同时EPStet和总tet的丰度明显下降。

第8篇


聚氯乙烯微可塑胁迫下噬菌体潜在的辅助缺氧消化活性研究

英文题目:Investigating potential auxiliary anaerobic digestion activity of phage under polyvinyl chloride microplastic stress

发表期刊:Journal of Hazardous Materials

影响因子:12.2
作者单位:西安建筑科技大学

涉及的凌恩生物服务产品:宏病毒组+宏转录组


主要研究内容:

聚氯乙烯(PVC)在污泥中累积影响污泥厌氧消化效率。本研究探讨了噬菌体对PVC胁迫下污泥厌氧消化的恢复作用。研究发现,PV显著改变了噬菌体群落结构,噬菌体编码的辅助代谢基因(AMGs)与厌氧消化和细胞生长相关,可能有助于减轻PVC对污泥厌氧消化的抑制作用。在PVC暴露组中,54.2%的水解相关糖苷水解酶(GHs)和40.8%的酸化相关AMGs被活跃转录。噬菌体-宿主关系预测表明,假单胞菌是水解相关和酸化相关噬菌体的主要宿主,且PVC毒性对噬菌体-宿主相互作用影响较小。该研究强调了噬菌体在厌氧消化中的重要性,并为使用噬菌体恢复微塑料暴露污泥功能提供了新策略

第9篇


有监督的机器学习用于了解和预测城市化河流中非真核浮游生物群落的状况

英文题目:Supervised machine learning for understanding and predicting the status of bistable eukaryotic plankton community in urbanized rivers

发表期刊:Water Research

影响因子:11.4
作者单位:河海大学

涉及的凌恩生物服务产品:eDNA


主要研究内容:

城市化河流的生态状态对于其修复和管理至关重要,但生态响应的复杂性给预测模型的开发带来挑战。一项研究通过结合eDNA、替代稳定状态理论和监督机器学习(SML)模型,调查并预测了城市化河流中真核浮游生物群落的状态。研究发现,在相似的环境条件下,真核浮游生物群落存在两种不同的稳定状态:一种以多样化的浮游植物种群和较高的原生动物丰度为特征;另一种则以丰富的浮游植物和真菌为特征,并伴有藻华风险。混浊度被识别为关键驱动因素,真核浮游生物群落对浊度的响应呈现出阈值效应。降低浊度可诱导浮游生物群落向与藻华风险相关的替代状态转变。SML模型在生态状态预测中表现出。本研究证明了使用SML模型预测和解释具有替代稳定状态的城市化河流生态状态的可行。

9月部分客户文章列表

凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标,在科研测序领域深耕不辍,吸纳多名生物信息高级技术人员加盟,参与并完成多个高科技项目。现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验,打造出成熟的科研服务平台,以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。

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