v2修改于24.05.01
总有同学或者老师把cif文件检测报告中的提示叫成“错误”,在我看来这是一种很不严谨的说法。仔细观察每个提示均类似于如下格式:“PLAT213_ALERT_2_C Atom O2... ”。其中的Alert翻译成警告或者警示比较合理,更能体现出其含义。
不信请看检测报告开头几行大写的英文字:“THIS REPORT IS FOR GUIDANCE ONLY. IF USED AS PART OF A REVIEW PROCEDURE FOR PUBLICATION, IT SHOULD NOT REPLACE THE EXPERTISE OF AN EXPERIENCED CRYSTALLOGRAPHIC REFEREE.”。这句话告诉我们检测报告仅供参考,以有经验的审稿人意见为准。
报告中给出警示后还有一段提示文字,估计大家都没仔细阅读。捡出重要部分如下:“checkCIF was carefully designed to identify outliers and unusual parameters, but every test has its limitations and alerts that are not important in a particular case may appear. Conversely, the absence of alerts does not guarantee there are no aspects of the results needing attention. It is up to the individual to critically assess their own results and, if necessary, seek expert advice.”。该段大意是说,checkCIF的功能是检测离群值和异常值,但是每个检测有本身局限或者有些警告对文章发表无伤大雅。相反,没有警告并不代表结果不需要关注。可见该检测也不是万能的,有警告不能代表结构有问题,草率根据报告给出结构有无问题的结果也是不负责的。
最后对于检测报告的结果我给出如下几个建议:
1.首先阅读报告中每个警告的提示,弄清楚其来源于数据还是本身结构,或是来自于数据和结构模型拟合程度不高。
2.对于源于结构的警告(不论ABCG)且可以精修掉的尽量处理。
3.对于AB类警告,如果化学结构本身合理,或是由于客观条件无法扯淡解决,或者对文章重点无关可以进行相应解释,注意解释需要合情合理且可自圆其说。
多数杂志投稿也是这么要求的,见下图所示。
4.最后对结构本身进行检查,尤其是热椭球和键长,确保其化学合理才能真正保证结构本身无误,而不仅仅是看一个checkcif报告。
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