NMR谱图预测准确性评测(ACD/NMR Predictors VS. ChemDraw)

学术   2024-09-19 16:05   中国香港  

在化合物的结构解析工作中,核磁共振波谱无疑是结构解析最有力的测定技术。基于化合物的结构式预测其核磁谱,通过预测谱图与实验谱图的比对分析,有助于研究人员确认结构的合理性,从而确定最终结构。目前,NMR谱图的预测方法可分为两类:一是基于量子化学计算,该方法优点是准确性高,但是计算耗时长(一般计算一个化合物的化学位移需要好几个小时甚至更长),并且计算操作相对复杂;另一种是半经验的计算方法,这类方法的操作简单,计算快速(秒级),但是不同的计算软件对应的准确性不一。

对于大部分化学研究者,比较熟知的是在ChemDraw软件上预测化合物的1HNMR或者13CNMR;另外,ACD/NMR Predictors作为一款专业的核磁预测软件,也得到很多科研人员的推荐。这两款软件的NMR预测方法都属于半经验的计算方法,那么其功能和准确性表现如何呢?下面向大家介绍一下。


ACD/NMR Predictors 功能特点


可计算1H, 13C, 15N, 19F, 31P 谱的化学位移、耦合常数以及2D NMR谱(包括HSQC, HSQC-TOCSY, HMBC, COSY等);




基于加和算法(Incremental algorithm)、HOSE(Hierarchical Organisation of Spherical Environments)算法以及人工神经网络三种算法进行化学位移计算;


内置庞大的核磁数据库对算法进行训练优化,可供用户检索使用;


可定义不同溶剂下进行1H,13C谱预测,使预测结果更符合实验值


预测前可识别化合物的同分异构体形式;

支持混合物在不同比例下的谱图模拟

支持用户利用已有的实验数据建立训练集数据库,提高预测准确度;

添加化学结构,自动归属和验证实验结果,辅助快速分析


预测准确性评测


      以下我们以5个化合物作为例子,考察一下ACD/NMR Predictors与ChemDraw的氢谱、碳谱预测准确性,本次评测使用的软件版本如下:

  • ACD/NMR Predictors 2019.1.0 

  • ChemDraw 19.0 


化合物 1 :Catechin   

ACD/NMR Predictors 与 ChemDraw 1HNMR 化学位移预测结果如下:

与实验1HNMR数据(溶剂为DMSO)比较:


       为了进一步考察ACD/NMR Predictors可定义不同溶剂条件下的预测功能,我们从文献找到化合物CATECHIN在不同的溶剂下的氢谱化学位移数据进行了比较,如下表:(ChemDraw不支持自定义溶剂,默认以DMSO溶剂进行预测)


溶剂:丙酮

实验值来源:J. Sci. Res. 1 (2), 300-305 (2009) ,DOI: 10.3329/jsr.v1i2.1635


溶剂:甲醇

实验值来源:Phytochemistry Letters 6 (2013) 113–117,DOI: 10.1016/j.phytol.2012.11.008


小结

1


在本例中,我们比较了ACD/NMR Predictors和ChemDraw两款软件对化合物Catechin的HNMR化学位移预测结果,并且比较了在不同溶剂条件下的实验数据。结果表明,ACD/NMR Predictor在三种不同溶剂条件下的预测结果都与实验数据非常吻合,标准偏差分别为0.06,0.03,001, 准确性远高于ChemDraw!



化合物2: Aflatoxin B1  


ACD/NMR Predictors 与 ChemDraw 的 1HNMR 化学位移预测结果如下:

与实验1HNMR数据(溶剂为氯仿)比较:

实验数据来源:Arch Pharm Res Vol 35, No 8, 1387-1392, 2012 

DOI :10.1007/s12272-012-0808-1


ACD/NMR Predictors 与 ChemDraw 的 13CNMR 化学位移预测结果如下:


与实验13CNMR数据(溶剂为氯仿)比较:

实验数据来源:Arch Pharm Res Vol 35, No 8, 1387-1392, 2012

DOI :10.1007/s12272-012-0808-1


小结

2



在本例中,我们比较了ACD/NMR Predictors和ChemDraw两款软件对化合物Aflatoxin B1的氢谱、碳谱化学位移预测数据。结果表明,ACD/NMR Predictors预测准确性依旧表现优越,标准偏差分别为0.02、0.43,准确性远胜ChemDraw。




化合物3:Melohemisine J 

ACD/NMR Predictors 与 ChemDraw 的 1HNMR 化学位移预测结果如下:

与实验1HNMR数据(溶剂为甲醇)比较:

实验数据来源:J. Nat. Prod. 2020, 83, 8, 2313–2319

DOI :10.1021/acs.jnatprod.9b00925


ACD/NMR Predictors 与 ChemDraw 的 13CNMR 化学位移预测结果如下:

与实验13CNMR数据(溶剂为甲醇)比较:

实验数据来源:J. Nat. Prod. 2020, 83, 8, 2313–2319

DOI :10.1021/acs.jnatprod.9b00925


小结

3



在本例中,我们以JNP最新报道的一个新化合物Melohemisine J进行测试,该化合物结构较复杂,具有一定的挑战性。结果表明,ACD/NMR Predictors的预测结果依然比较理想,1H和13C谱的化学位移标准偏差分别为0.18、1.53。值得注意的是,ChemDraw对于该化合物的碳谱化学位移预测准确性较差,最大误差值达到10,相反,ACD/NMR Predictors对应的误差值仅为0.28。



化合物4:Erythronolide B   

ACD/NMR Predictors 与 ChemDraw 的 13CNMR 化学位移预测结果如下:

与实验13CNMR数据(溶剂为DMSO)比较:

实验数据来源:J. Am. Chem. SOC. 1991, II3, 923-927


小结

4



在本例中,我们以大环内酯类化合物Erythronolide B进行13CNMR预测,结果表明,ACD/NMR Predictors的预测结果准确性高于ChemDraw。其中,ChemDraw的最大误差为6.49,而ACD/NMR Predictors对应的误差值仅为0.59。




化合物5:Rosuvastatin   

ACD/NMR Predictors 与 ChemDraw 的 13CNMR 化学位移预测结果如下:


与实验13CNMR数据(溶剂为DMSO)比较:


小结

5



本例子中,我们以药物分子Rosuvastatin进行13CNMR预测,结果同样表明,ACD/NMR Predictors的预测结果准确性高于ChemDraw。ACD/NMR Predictors最大的误差值为4,其他的误差值都较低。相反,ChemDraw的预测结果出现较多较大的误差。


第三方评测  

       在本例中,我们向大家分享一篇第三方文献的测试结果,作者针对藤黄科植物的80个成分,包括不同的结构类型(二苯甲酮类、联苯类、色满酮类、香豆素类、缩酚酸环醚类、PPAPs类等)进行测试,比较了ACD/Labs、Mnova和ChemDraw三款软件的碳谱预测结果(如下图所示),结果表明,ACD/Labs比其他两款软件的预测准确性要更高。ACD/Labs软件能提供73%误差在+-1.25ppm范围的预测结果

文献来源:Fitoterapia 131 (2018) 59–64.

DOI: 10.1016/j.fitote.2018.10.003


ACD/NMR Predictors软件操作演示



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