天然产物Norflavicansone的结构解析

学术   2024-08-16 11:12   上海  

印尼的生物探索计划专注于该国地衣植物的化学多样性,这些自然资源尚待深入挖掘,以期发现具有显著生物活性的新化合物。在对Teloschistes flavicans 提取物进行细致的化学筛选后,该物种被确定为进一步研究的优先对象。Ferron等[1]在此领域的最新进展已在学术期刊Journal of Natural Products上发表,为地衣化学的研究增添了新的篇章。

研究人员在地衣样本的叶状体中取得了显著的发现,成功分离并鉴定了六种氯代酸二糖类化合物,其中尤为引人注目的是三种新化合物的发现:norflavicansone、flavicansone和isocaloploicin。这些新化合物的发现不仅丰富了地衣化学的研究,也为生物活性物质的研究提供了新的视角。

文章作者深入探讨了这类特殊的次级代谢产物——那些缺乏质子的化合物——的结构鉴定过程。这一过程得益于计算机辅助结构解析(CASE)专家系统与密度泛函理论(DFT)计算的联合使用。本研究特别采用了先进的CASE专家系统——ACD/Structure Elucidator Suite,它为我们提供了一种高效、精确的方法来解析这些复杂的分子结构。
接下来,我们将重点介绍norflavicansone(1)的结构解析过程,其结构示意图如下所示,

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化合物1作为无定形固体被成功分离,其精确分子式为C17H14Cl2O5。这一结果是基于高分辨电喷雾电离质谱(HR-ESI-MS)技术,通过[M−H]信号在m/z 367.0145处的检测得出,与理论计算值C17H1335Cl2O5, 367.0146高度吻合。

观察到该分子具有显著的氢原子缺乏特性,氢原子与骨架原子的比率仅为0.6,这无疑增加了结构鉴定的难度。尽管如此,研究团队凭借深厚的化学知识、丰富的参考数据以及对生物合成途径的深入理解,提出了norflavicansone的可能结构。然而,为了进一步验证这一假设,通过计算方法对其进行结构确认是不可或缺的步骤。
用于化合物1结构阐明的一维和二维核磁共振(NMR)数据(COSY、HSQC和HMBC)输入如表1所示。


表1. 化合物1的光谱核磁共振(NMR)数据。弱的异核多量子相干(HMBC)峰用“w”表示。

在本研究中,表1所列出的数据被导入至Structure Elucidator软件进行分析。软件自动生成了一个分子连接图(MCD),其结果呈现在图1中。为了确保结构解析的准确性,我们特别设置了弱异核多维耦合(HMBC)相关性的化学键长度参数,将其限定在2至4个化学键的范围内,以捕捉那些可能在常规分析中被忽略的关键信息。

图1.化合物1的分子连接图

碳原子的杂化状态通过相应的颜色标记:sp²杂化用紫色表示,sp³杂化用蓝色表示。标准的HMBC相关性(2-3个化学键长度)用绿色箭头标记,长距离相关性(2-4个化学键长度)则用紫色箭头展示。"ob"和"fb"标签是由程序设置的,用于表示碳原子与杂原子相邻是必需的(ob)还是禁止的(fb)。为了与确定的分子式一致,图中左下角标出了一个氢原子、四个氧原子和两个氯原子。


在对分子连接图(MCD)进行一致性检查时,我们注意到2D核磁共振(NMR)数据中出现了一些矛盾之处,这暗示了存在非标准相关性(nonstandard correlations,NSC)。NSC通常指的是那些超出了常规3个化学键长度的相关性,这些相关性可能揭示了分子结构中的非典型特征。

鉴于此,我们启动了模糊结构生成(Fuzzy Structure Generation)程序,以探索可能的结构变体。该程序的执行结果如下:初始生成的结构数量k为69472个,经过光谱和结构过滤后,有185个结构符合条件。进一步去除重复结构后,最终有22个结构被保留。整个结构生成过程的耗时为8分50秒(tg)。
在本研究中,我们对输出文件中所有潜在的结构进行了详尽的13C核磁共振(NMR)化学位移预测。这一预测基于ACD/Structure Elucidator Suite(SE)软件所支持的三种经验化学位移计算方法:HOSE算法、神经网络算法,以及增量法。
这些计算方法的应用,使我们能够对每个结构的化学位移进行精确预测,并与实验数据进行比较。随后,我们根据实验化学位移与计算值之间的平均偏差,对所有预测的结构进行了升序排名,以评估它们的可靠性。图2展示了排名最高的四个结构。

图2.基于dA值进行排名的前四个结构

使用基于HOSE算法、神经网络算法和增量方法进行了13C化学位移预测。这些方法确定的13C化学位移的平均偏差分别用dA、dN和dI表示,每种方法的最大偏差值用max_d表示。每个原子的颜色标记了其实验值与计算值之间13C化学位移的差异。绿色代表差异在0到3 ppm之间,黄色代表差异在3到15 ppm之间,红色代表差异超过15 ppm。

在对图2中根据dA值排名的结构进行深入分析后,我们发现仅有排名前两位的结构可以被视为合理的候选结构。这是因为排名第三和第四的结构不仅与实验数据的偏差较大,而且在化学逻辑上也存在不合理之处。

根据我们所掌握的化学知识,当甲基基团连接在两侧均含有氧原子的芳香环上时,其13C化学位移值通常位于7至12 ppm的范围内。因此,我们注意到图中标为黄色的原子所对应的10.90和18.6 ppm的化学位移值似乎并不合理,它们的位置应当互换。

基于这一观察,我们对这两个原子的化学位移归属进行了调整。这种调整不仅在化学上更为合理,而且也显著降低了结构与实验数据之间的偏差值。通过这一关键的修正,我们得到了一个更为精确且化学上合理的最终解决方案。

图3.化合物1的CASE分析输出文件中排名最高的两个候选结构。DP4A、DP4N和DP4I是程序计算的结构有效性概率。

在对图2中排名的结构进行综合评估后,我们发现排名第一的结构与我们通过手动结构解析提出的假设高度一致。这一结构不仅具有最小的偏差值,而且其DP4概率值介于97.68%至99.99%之间,这一高概率范围强烈支持CASE系统提出的结构是正确的。

为了进一步验证这一结论,并遵循文献[2]中的推荐做法,我们在B3LYP/6-31+G(d,p)理论水平上对两个首选候选结构的几何构型进行了优化。随后,在更高的mPW1PW91/6-311+G(2d,p)理论水平上,我们对这些结构进行了13C化学位移的密度泛函理论(DFT)计算。

DFT计算得到的化学位移值与实验数据的统计参数——包括均方根偏差(RMSD)、最大偏差(max_dev)和相关系数(r)——均明显支持CASE首选结构。这些统计参数的优异表现进一步证实了CASE首选结构的准确性和可靠性。

通过这一系列的分析和计算,我们对CASE首选结构的正确性有了更高的信心,为最终的结构鉴定提供了坚实的理论基础。

因此,结合CASE和DFT的分析方法为我们提供了一种可靠的途径,成功地确定了norflavicansone这一结构上具有挑战性的化合物。这项综合性的分析不仅验证了我们最初的假设,而且通过精确的计算和统计参数的一致性,为我们提供了确凿的证据,证实了norflavicansone分子结构的正确性。


参考文献:
  1. Ferron, S.; Ismed, F.; Elyashberg, M. E.; Buevich, A. V.; Arifa, N.; Boustie, J.; Uriac, P.; Le Pogam, P.; Le Dévéhat, F. (2024). CASE-DFT Structure Elucidation of Proton-Deficient Chlorodepsidones from the Indonesian Lichen Teloschistes flavicans and Structure Revision of Flavicansone. Nat. Prod. In print.https://doi.org/10.1021/acs.jnatprod.4c00277

  2. Buevich, A. V.; Elyashberg, M. E. (2016). Synergistic combination of CASE algorithms and DFT chemical shift predictions: a powerful approach for structure elucidation, verification and revision. J. Nat. Prod., 79(12), 3105–3116. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jnatprod.6b00799

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核磁结构定性,质谱结构定性,色谱分析方法开发,理化性质预测,药物分子设计。
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