系统发育树（Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。
以下内容分享了如何利用 MEGA 11软件完成多序列比对以及构建系统发育树。
1、Mega 11软件安装
安装包下载：在科研根号三公众号回复“ 软件131 ”下载MEGA 11 安装包。
双击【MEGA_11.0.11_win64_setup】开始安装。
选择I accept the agreement，点击Next，选择软件安装位置。
点击Next，然后勾选Create a desktop shortcut（创建桌面快捷方式），点击Next。
点击Next，点击Install。
等待一会安装结束，点击Finish。
2、下载多序列文件
序列文件的下载步骤为：进入NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/），选择Nucleotide核酸数据库，输入目的基因名称点击search。在弹出的页面中，选择物种类别，以及核酸类别。然后对弹出的页面信息进行初步甄别，看是否是我们需要检索的内容。
确定后在右侧菜单中，物种筛选人类，以此来缩小检索范围。
找到目的基因条目后，点击打开，页面一直往下翻，找到CDS，点击CDS按钮，点击右下角FASTA进入下一页面。
点击send to，选择Complete Record，选择File，下载项选择FASTA，最后点击Create File将序列文件下载到电脑本地。
也可以使用NCBI数据库中的BLAST在线工具（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）得到同源序列并下载完整的FASTA序列。
在上一个页面直接点击右边工具栏中的--Run BLAST，直接跳转到BLAST工具页面。
点击BLAST按钮，开始检索同源序列。
跳转到这个页面之后需要等一会才会出现结果页面，在线检索结果需要时间。
之后出现的这个页面就是显著对齐序列的结果页。找到自己感兴趣的序列，可以多选条目，点击Download--FASTA (completesequence)，下载序列文件。
3、多序列比对
在NCBI下载的序列，文件扩展名是【.txt】，我们需要将文件扩展名更改为【.fas】，这样才能才MEGA内打开这个文件。如果你是把序列保存到word内了，也是直接将文件的扩展名更改为【.fas】。
打开MEGA软件，菜单栏File--Open A File/Session，打开蛋白序列文件。
在弹出的对话框选择Align。
接下来对齐序列。菜单栏点击Alignment--Align by MUSCLE。
在弹出的对话框选择【OK】。
设置保持默认，然后点击【OK】。
等待一会，序列就对齐啦。得到比对好的结果，下一步就是构建进化树。
4、构建发育树
菜单栏点击 Data --Phylogenetic Analysis，MEGA会开始转换发育树构建的文件，随后关闭窗口即可。
回到 MEGA 主窗口。选择 Analysis ，选择 Phylogeny 中的某一项，即可开始建树。
4.1 Construct/Test Neighbor-Joining Tree--构建 NJ 树
Test of Phylogeny（发育测试方法）选择Bootstrap method（鲁棒性测试方法） No. of Bootstrap Replications（检验次数）修改为1000 Substitutions Type选择Amino acid Model/Method选择Jones-Taylor-Thornton (JTT) model Gaps/Missing Data Treatment（修剪方式）选择Pairwise deletion Number of Threads选择8
以下Tree Explore是发育树构建完成的结果页面。在这个窗口可对发育树进行调整或美化。如更改字体和字体的颜色、给不同分支做标记。
左侧Layout中可快速调整树的宽度和高度，点击Tree Style或菜单栏View—Tree/Branch Style可选择不同的树样式。
4.2 Construct/Test Maximum Likelihood Tree--构建ML树
5、导出进化树文件
导出为Newick格式，之后可以在iTOL，Evolview，Figtree等工具中对发育树进行更细致的调整，比如添加分类颜色，标记，和条形图、热图的组合等。
也可以通过Image菜单导出SVG或PDF格式的矢量图，一般来说SVG的清晰度更好。之后可以用Adobe illustrator软件对发育树进行底色的添加。
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