Cell Hashing 是一种通过化学或分子标签对细胞或核酸进行标记的策略，允许多个样本在单次实验中进行混合处理和测序。通过引入特异性标签，可以在测序后根据标签区分样本来源，达到多样本解析的目的。
实现步骤
使用特异性抗体结合到细胞表面标志物。每个样本的抗体都连接有一个独特的DNA条形码。将不同样本的细胞标记后混合到同一个反应中，随后进行单细胞测序。测序时，条形码的序列会随细胞的转录组数据一起被检测到，帮助区分细胞来源。
2. 寡核苷酸标记（Oligonucleotide Hashing）
如果不需要抗体标记，可直接向细胞或核酸中引入合成的条形码寡核苷酸。例如，在分离细胞核后，利用兼容性试剂向不同样本添加独特的条形码。
3. 样本混合与文库构建
经过标记的样本混合在一起，后续按照单细胞测序流程进行文库构建和测序。
4. 数据解析
• 测序后，通过读取每个细胞的条形码，确定细胞来源样本。
• 对细胞表达数据进行分析，结合条形码信息实现样本分组，进行下游的细胞异质性解析。
优势
• 降低成本：多样本混合测序显著减少单样本反应试剂和测序通量浪费。
• 提高效率：同一实验中可以分析多个样本，节省实验时间。
• 灵活性高：可与多种单细胞平台兼容，如10x Genomics 和 Smart-seq。
应用场景
• 疾病研究：例如，研究不同患者肿瘤组织的异质性。
• 对照实验：在一个实验中同时包含对照组和实验组，减少批次效应。
• 时间序列分析：对样本在不同时间点的动态变化进行解析。
最经典的Cell hashing策略：
总的来说，Cell Hashing 是单细胞多样本测序的重要策略，其结合灵活的分子标签和高效的单细胞分析技术，为多样本基因组研究提供了更高效、低成本的解决方案。Cell Hashing主要包含下面几种策略：
（1）Natural genetic variation
Demultiplexing scRNA-seq data by genetic variations with reference genotypes
Demultiplexing scRNA-seq data by genetic variations without reference genotypes
（2）Nucleotide-barcode anchoring on cellular or nuclear membranes
Oligo-tagged antibodies
Lipid-tagged indices
Concanavalin A (ConA)-based sample barcoding
ClickTags
（3）Nucleotide-barcode internalization to the cytoplasm or nucleus
Liposomal transfection with short barcoding oligos
Staining nuclei with polyadenylated ssDNA oligonucleotides
（4）Vector-based barcode expression in cells
Lentiviral barcodes facilitate cell tagging, pooling, and tracking
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and short-hairpin RNA (shRNA) enable multiplexed single-cell screening
（5）Incorporating nucleotide barcodes during library construction
Barcode assembly for targeted sequencing (BART-Seq)
Single-cell combinatorial fluidic indexing (scifi)-RNA-seq
参考文献：
Stoeckius, M., Hafemeister, C., Stephenson, W. et al. Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells. Nat Methods 14, 865–868 (2017). https://doi.org/10.1038/nmeth.4380
Zhang Y, Xu S, Wen Z, Gao J, Li S, Weissman SM, Pan X. Sample-multiplexing approaches for single-cell sequencing. Cell Mol Life Sci. 2022 Aug 5;79(8):466. doi: 10.1007/s00018-022-04482-0. PMID: 35927335; PMCID: PMC11073057.
免责声明：推文基于已公开的资料信息撰写，用于传递最新热点资讯，在任何情况下，本文中的信息或所表述的意见均不构成对任何人的建议。如因版权等有疑问，请于本文刊发30日内联系本公众号删除。更多精彩内容欢迎关注和分享公众号
