首页
时事
民生
政务
教育
文化
科技
财富
体娱
健康
情感
更多
旅行
百科
职场
楼市
企业
乐活
学术
汽车
时尚
创业
美食
幽默
美体
文摘
人类对孟德尔随机化的开发不足1%!福建医科大陈志媛团队1区新作,MR+双疾病分析,选题新才是王道!
学术
2024-11-04 10:01
上海
孟德尔随机化
(
MR
)已经盛行一段时间了,第一波人都吃到红利了!
当然,现在入场也并不晚,只是我们需要用到新思路和新方法了。毕竟,数据不会说谎,让我们用事实说话。人类对孟德尔随机化的开发不足1%(笑:-D)。
MR本是确认“暴露”与“结果”之间因果关系的工具,那么,当我们把“暴露”与“结果”替换为两种疾病,也就是论述“疾病X”与“疾病Y”之间是否存在因果关系,这就是经典的“双疾病分析”了。
将MR与双疾病分析进行串联,则是目前创新性非常高的思路
。
当然,“双疾病分析”虽然香,也是很讲技巧的。比如,两种疾病该如何选择了?有什么原则了?是不是所有的两种疾病都能作分析了?所以小云今天给大家推荐的文献,就能很好的解答这个问题。按照这个思路来选择,既无违和感,又创新性强!
好的,
小云
不卖关子了,
今天这篇文献利用MR分析慢性阻塞性肺病 (COPD) 与抑郁症的因果关系。那既然精神类疾病可以研究COPD,那是否能研究其他疾病了?这样一发散,新思路不就都来了。
下面,
小云
就和小伙伴一起学习下。
将
MR与双疾病串联,是当前非常好的研究思路。除了本文提到的精神系统疾病,其实免疫性疾病、
代谢性疾病
、循环系统疾病、肿瘤等也都非常适用。小伙伴如果感兴趣,就多多点赞或者留言反馈,
小云
会给大家推荐其它相关思路。
(ps:
小云
这里现在就有几个自我感觉很精彩的双疾病+MR的创新点子,被抢发了也确实可惜,如果对这个思路感兴趣,但暂时没想到好的研究角度,或者数据获取、分析等存在技术限制,欢迎找
小云
来拿吧)。
题目:评估
慢性阻塞性肺疾病
与抑郁症之间的因果关系:一项双向孟德尔随机化研究
杂志:Journal of Affective Disorders
影响因子:IF=
4.9
发表时间:2024年2月
研究背景
慢性阻塞性肺病(COPD)表现为持续的呼吸道问题,常与抑郁共存。研究显示,COPD患者中抑郁比例为10%-57%,但两者的因果联系直接证据很少。
数据来源
研究思路
本研究采用双样本孟德尔随机化法,遵循三个原则:遗传
工具变量
(IV)与暴露高度相关(P < 5×10
-8
,F统计量>10),无暴露与结果间的混杂因素,IV仅通过暴露影响结果。通过MR-Egger回归等五种方法探讨COPD与抑郁的遗传联系。分析运用R软件和TwoSampleMR包,显著性水平P < 0.05。
主要结果
1.
工具变量选择
筛选与疾病关联紧密的SNP(P<5×10^-8,F>10)。从FinnGen、
PGC
和
UKB
等数据库中选出74个SNP作为初步工具变量,进一步协调数据后,选定的SNP将用于后续的孟德尔随机化分析。
2.
慢性阻塞性肺病对抑郁症的因果关系
IVW分析显示,COPD遗传倾向与抑郁无显著关联。Cochrane Q检验揭示数据异质性显著(P=0.000286),MR-Egger截距未发现COPD定向多效性证据(P=0.226)。(表1)(图1)。
表1 慢性阻塞性肺病与抑郁症之间关系的MR结果
图1 慢性阻塞性肺病对抑郁症的因果效应
3. 抑郁症与慢性阻塞性肺病的因果关系
反向孟德尔随机化分析显示,高遗传性抑郁倾向可能促进COPD发展。Cochrane Q检验揭示数据异质性(P=0.003),MR-Egger截距未发现显著的定向多效性(P=0.186)(表2)(图2)。
表2 抑郁症与慢性阻塞性肺病之间关系的MR结果
图2 抑郁症对慢性阻塞性肺病的因果影响
4. 补充分析检查抑郁症与慢性阻塞性肺病之间的因果关系
在补充孟德尔随机化分析中,发现了进一步的证据支持这样一种观点,即较高的抑郁症
遗传易感性
可能是导致COPD发病的一个因素。值得注意的是,Cochrane的Q检验显示这些结果中没有显著的异质性(0.720)。此外,MR-Egger截距表明在凹陷中不存在定向多效性(P = 0.629)(表3)(图3)。
表3 抑郁症与慢性阻塞性肺病之间关系的MR结果
图3 抑郁症对慢性阻塞性肺病的因果效应-补充分析
文章小结
综上,本文利用MR分析,确定COPD不会增加抑郁症的风险,也就是说,本文是一个阴性结果。当然,相比一般的分子机制实验,阴性结果在MR分析中相对常见,也是能被期刊接受的。
总之,MR+双疾病,既是兼顾临床和基础的理想思路,同时也是当前MR内卷中的一条极有价值的出路,各位医生朋友不要错过这个点哦。
小云
从文献阅读中,想到几个创新性非常高的思路,快来拿吧!需要各种文章思路复现,记得来找我吧!
定制生信分析
云服务器租赁
热点推荐
孟德尔随机化
临床公共数据分析
单细胞测序
肿瘤免疫与微环境
机器学习
单基因分析
生信云服务器
代码合集
(点击查看)
培训班系列
(点击查看)
http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNjE0MDY3MQ==&mid=2650808852&idx=2&sn=2c4afce50785abcdbad6d3ac113ef829
云生信学生物信息学
专注生信10余年,原创文章数千篇; 公号资料免费领,寻求服务找小云; 长期学习加关注,生信干货更不停。
最新文章
Nat Commun到底有谁在啊,单细胞文章全过去了!中国医学科学院团队:scRNA-seq联合单细胞T细胞受体测序再创佳绩!
机器学习是真热啊!联合单细胞分析发1区7分+手拿把掐,思路易复现,不用测序就是香!IJBM果然是生信友好宝藏刊,快来薅羊毛~
生信大神用了说好的服务器?趁此机会,你也试试看吧
妥妥的新思路!恭喜中国医科大学团队“单基因纯生信”发双一区8+!孟德尔随机化+多组学+单细胞+UKB,这工作量还是发低了!
又被中药网药硬控了!山西中医药大学接住了这波富贵,联合分子对接,多靶点、多角度干湿结合拿捏1区Top!还收获了4项资助!
DNA甲基化的孟德尔随机化分析:揭示遗传、环境与疾病之间的深层关系
这把MVP跑不了了!哈尔滨医科大学张学院士团队:孟德尔随机化与单细胞强强联手,大招一出,所向披靡!
不愧是顶流!乳酸化一登场,9分+轻松到手!无需测序,盛京医院团队仅凭单细胞公共数据+空间转录组+少量实验,顺利拿下一区Top!
正式进入孟德尔+时代!川大华西医院团队:NHANES+孟德尔随机化,纯生信2图3表发Q1区Top!性价比杠杠的!
没开玩笑!就是纯生信发Nat Commun!多疾病“牵头”,单细胞+转录组+共定位“一条龙”!这模版你也可以!
高水平生信研究到底有什么共性?咱能不能搞?
Cell重磅:二代测序的极致应用!复旦大学高强团队利用泛癌蛋白基因组学分析,揭示跨癌种蛋白新靶点
国产神刊2分白手起家,连涨11年突破13+,审稿快速!中国医学科学院/北大团队这篇多组学研究,联合靶点筛选,2个多月拿下!
IF18.8!复旦团队算是把高分纯生信玩明白了!UKB、蛋白组学、影像组学、孟德尔随机化、PPI…丝丝相扣登上中国版PNAS!
孟德尔随机化就应该这样用,不仅更容易中还能发高分!
这个生信赛道分高不卷!昆明医科大学张岚团队:瘤内微生物+外照射放疗+生物标志物,3张图搞定6分SCI
这本7+Top“神刊”闭眼投!广东二院团队:创新思路出其不意,迭代机器学习助力纯生信预后模型49天接收,5天见刊!
生信爆火新范式:空间转录组+代谢重编程,直达高端局!江苏大学团队8分+思路爽爆啦!速来学习~
机会来了,获得生信大神同款必备生信服务器,不要错过
IF 58.7!国产数据库扬眉吐气!华中科技大学团队携CHARLS登顶Nature大子刊!还得是咱国产的给力!代码公开哦~
“药食同源”还有多少惊喜?老外都爱上了!中外团队联合:网药+转录组+验证,干湿结合天花板思路拿下中医药领域1区TOP“神刊”!
这套孟德尔随机化生信“组合拳”打的也太溜了!12种机器学习+转录组+WGCNA,buff叠满!快学起来!
3个月接收的单基因天花板思路!南京医科大学第二附属医院:单细胞分析+hdWGCNA+PPI,一气呵成,直击我的心巴!
分子对接还能这样做?不要小瞧了分子对接与分子动力学模拟之间的羁绊!
Adv Sci新发!当单细胞+空间转录组遇上了“铁死亡”——创新思路仅凭3+3样本登上顶刊!
这个数据库,心血管已发多篇高分,最快5天接受!北京协和医院张化冰等:ASCVD+多层次比较分析发文1区Top!快来抢发!
老师,我是某科室的,我们能做生物信息学研究吗?
“代谢组”再掀高潮!港中文于君/南医大沈洪兵院士等团队48.8分壮举!这样入手菌群,性价比真高!
TLS热点一出马,简单预后模型也能拿下5分+!机器学习搭配2区生信友好刊,提分效果嗖嗖的,湘雅医院团队这招用的妙啊!
全新思路!“单细胞”角度探究“天然化合物”在非肿瘤疾病中的作用机制,江西中医药大学团队2个月发了14+!
R代码分享:三分钟学会生存曲线加持HR,为论文锦上添花!【代码分享105】
重磅!北大曹云龙团队最新Nature诞生!曹雪涛院士之子,90后博导,4年5篇Nature,科研锋芒势不可挡!
获3项国自然资助!细胞衰老—生信发文新赛道!代谢组学+网络药理学,最佳cp助力南方医科大学团队2个月征服审稿人!
亮瞎审稿人双眼!8种“研究热点”整合,发12分都嫌低!江南大学这篇新作太全面了!MR/NHANES/网药。。。标题都放不下
一分钟讲清什么是网络药理学
药食同源再度“发力”,狠狠拿捏1区Top宝藏期刊!江西中医药大学团队打破常规,代谢组学入手,网药+分子对接助力,一发一个不吱声!
重磅!“棕榈酰化”频频登陆Nature/STTT/Gut/NC等各大顶刊!生信挖掘抓紧提上日程!
“深度学习”是生信的未来!?“国家队”来打样!国家生物信息中心高远团队,神导+神刊,生信人都要来追一追!
每个做生信的人都得有一台服务器
毕业神刊投稿上大分!武汉协和医院二次分析王炸组合“单细胞+空间转录组”数据,多点开花拿捏“0经费”的你!
磷脂代谢这个选题绝对是锦上添花!这篇集“孟德尔随机化、多组学、机器学习、SHAP”多热点于一身的研究,新瓶装新新酒,真香~
想生信快速发文?不蹭“乳酸化”热度你血亏啊!川大华西团队:凭机器学习+单细胞分析(无需测序)1个多月发2区,复现走起!
Aging被踢又如何?这本1区6+Top神刊,清华大学都在投!谁投了谁知道好!
一站式解决中医药科研:1区神刊+发文思路推荐!不信,看中国医科大学团队新作:网药+分子对接+湿实验,轻松到手!
快冲!小众冷门6+纯生信友好期刊!这篇1周前发表的双疾病纯生信1个月接收!分析套路仿佛让我回到了10年前…
中医药又现创新!天然药靶筛选只知道用网药?浙大徐腾飞团队整合“虚拟筛选+化学蛋白组学+代谢组学”,2个月登上1区药学神刊!
老师,别让你的得力干将维护生信服务器了
IF:11.4!双1区顶刊中的“水刊”,巨好投!青岛农大张西峰团队:铁元素切入,多组学加持,4个月拿下!这波操作赢麻了!
MR不仅选题要创新,思路更要创新!复旦团队11+新作:孟德尔随机化结合蛋白组学+机器学习,0实验谁能不爱!
GEO挖够了?来NHANES新赛道!机器学习挑大梁,集结两大发文利器,纯生信3个月斩获Q1区,河北农大团队赢麻了!
分类
时事
民生
政务
教育
文化
科技
财富
体娱
健康
情感
旅行
百科
职场
楼市
企业
乐活
学术
汽车
时尚
创业
美食
幽默
美体
文摘
原创标签
时事
社会
财经
军事
教育
体育
科技
汽车
科学
房产
搞笑
综艺
明星
音乐
动漫
游戏
时尚
健康
旅游
美食
生活
摄影
宠物
职场
育儿
情感
小说
曲艺
文化
历史
三农
文学
娱乐
电影
视频
图片
新闻
宗教
电视剧
纪录片
广告创意
壁纸头像
心灵鸡汤
星座命理
教育培训
艺术文化
金融财经
健康医疗
美妆时尚
餐饮美食
母婴育儿
社会新闻
工业农业
时事政治
星座占卜
幽默笑话
独立短篇
连载作品
文化历史
科技互联网
发布位置
广东
北京
山东
江苏
河南
浙江
山西
福建
河北
上海
四川
陕西
湖南
安徽
湖北
内蒙古
江西
云南
广西
甘肃
辽宁
黑龙江
贵州
新疆
重庆
吉林
天津
海南
青海
宁夏
西藏
香港
澳门
台湾
美国
加拿大
澳大利亚
日本
新加坡
英国
西班牙
新西兰
韩国
泰国
法国
德国
意大利
缅甸
菲律宾
马来西亚
越南
荷兰
柬埔寨
俄罗斯
巴西
智利
卢森堡
芬兰
瑞典
比利时
瑞士
土耳其
斐济
挪威
朝鲜
尼日利亚
阿根廷
匈牙利
爱尔兰
印度
老挝
葡萄牙
乌克兰
印度尼西亚
哈萨克斯坦
塔吉克斯坦
希腊
南非
蒙古
奥地利
肯尼亚
加纳
丹麦
津巴布韦
埃及
坦桑尼亚
捷克
阿联酋
安哥拉