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大家好，欢迎观看《时空日报》第327期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
小鼠肠神经元通过5-羟色胺-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞的功能
Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling
Nature Communications; IF: 14.700; DOI: 10.1038/s41467-024-53545-2
内容概要：
① 研究人员利用小鼠遗传学手段，深入探索了肠道内5-羟色胺能神经元在调控免疫反应中的具体功能。他们发现，这些神经元回路在调节免疫球蛋白A（IgA）的产生方面扮演着重要角色，并且能够有效增强宿主对口服途径感染的沙门氏菌鼠伤寒的防御能力，而对全身性感染则无显著影响。进一步的研究表明，肠道5-羟色胺能神经元能够促进肠道归巢过程，以及肠道浆细胞样树突状细胞（pDC）的滞留和激活。
② 从机制层面来看，这种神经与免疫系统的相互作用是通过5-羟色胺-5-羟色胺受体7（HTR7）信号轴来实现的。该信号轴在促进肠道中pDC介导的IgD+ 前体细胞向IgA+ B细胞分化方面发挥着关键作用。此外，单细胞RNA测序数据还揭示了肠道特定神经元亚群与肠固有层树突状细胞之间存在一种新型的双向通信模式。
③ 研究人员的研究结果清晰地展示了肠道5-羟色胺能神经元与肠道免疫稳态之间的紧密相互作用，这种相互作用对于增强黏膜防御机制具有重要意义。
5-羟色胺通过HTR7信号通路促进树突状细胞（DC）功能的维持与重塑，并刺激树突状细胞依赖的IgA B细胞发育
其他研究：中枢神经系统，5-羟色胺能神经元，免疫疫稳态，免疫球蛋白A， scRNA-seq ; Zhang H, Hasegawa Y, Suzuki M, et al.; Division of Infectious Diseases, Brigham and Women's Hospital, Boston, MA, 02115, USA.
CancerSCEM 2.0：更新的单细胞表达数据资源，绘制各种人类癌症的图谱
CancerSCEM 2.0: an updated data resource of single-cell expression map across various human cancers
Nucleic Acids Res; IF: 16.600; DOI: 10.1093/nar/gkae954
内容概要：
① 近年来，单细胞RNA测序（scRNA-seq）领域取得了显著进展，为科研人员探索复杂肿瘤特征提供了丰富的数据资源。这些数据在揭示癌症生物学方面的创新见解方面发挥着至关重要的作用。其中，CancerSCEM作为一个公共资源平台，扮演着至关重要的角色。
② CancerSCEM平台致力于整合、分析和可视化与癌症相关的scRNA-seq数据。随着CancerSCEM 2.0版本的推出，其数据集数量从208个大幅增加至1466个，涵盖了多种癌症类型的肿瘤、匹配的正常组织以及外周血样本。这些样本来源于127个研究项目，涵盖了74种不同的癌症类型。新版本不仅扩展了数据集的广度和深度，还通过增加拷贝数变异评估、转录因子富集分析、伪时间轨迹构建和多种生物特征评分等功能，进一步提升了转录组分析的能力。
③ 值得一提的是，CancerSCEM 2.0还引入了一张全新的单细胞水平癌症代谢图，为科研人员提供了直观理解不同癌症类型之间代谢调控的宝贵工具。此外，该版本还拥有一个更加交互式的分析平台，包括四个模块和14项分析功能，使科研人员能够从多个维度对癌症scRNA-seq数据进行深入分析。这些改进不仅提升了CancerSCEM 2.0的可用性和实用性，也为更广泛的癌症研究和临床应用提供了新的契机。
CancerSCEM中的数据处理概览及其配备的四个功能模块
生信工具：CancerSCEM，数据资源，癌症生物学，数据集，癌症代谢图，交互式分析平台，scRNA-seq; Zeng J, Nie Z, Shang Y, et al.; National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation, Beijing 100101, China.;Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China.
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审校 | 赵芳
题图 | 彭卫
排版 | 小飞鱼
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