本周我们将继续开始生物信息VIP课程（第4季）第五次课程，本来本期主题内容为《基因组序列分析》，介绍得到基因组之后的分析，但我们本次新增了git，github，vscode，codespaces，AI在生物信息中的应用等内容。承接前后的内容，因此暂时不接受单次课程报名。可以继续报名全季度课程。
《基因组拼接》
本次内容我们新增了包含git，github，docker，vscode，codespaces以及AI辅助生物信息，基因组数据分析等内容。
基因组分析 | |
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往期简介：
基因学苑生物信息VIP（第4季）简介
目前我们将组织基因学苑VIP课程（第4季），现在面向全球招生。为了适合更多学员需求，本次课程我们将选择周末上课，每月一期课程，通过一年时间，将系统学习Linux，生物信息分析环境配置，基因组拼接，基因功能注释，宏基因组，RNAseq，单细胞，R语言数据分析，python数据分析，python编程，python深度学习等课程。
1、15年生物信息分析经验，10年培训经验老师全程亲自授课；
2、以实践操作为主，全程亲自上手操作；
3、赠送一年云服务器，随时登录练习；
4、含全部课程直播回放；
5、含一年微信交流群，答疑+资源分享；
6、包含课程文字讲义，案例代码一并赠送；
7、全年15次课程，包含大量工作技能；
8、周末两天上课，不耽误工作；
9、VIP学员享有优先推荐调剂以就业工作推荐；
10、一次报名，享有优惠购买云计算资源权限，可优惠购买V系列服务器。
课程价格
本课程为系列课程的第一次课程。将详细介绍生物信息近20年的发展历程，几次技术创新，生物信息的具体应用以及就业情况。然后将系统介绍Linux，包括Linux简介，服务器登录，传输文件，Linux基本操作，文件操作，系统权限，如何在Linux系统下进行Linux操作等。
课程2：生物软件安装于数据下载（已完成）
生物信息最难的地方是分析准备工作，也就是分析环境配置，本次课程我们将解决生物信息环境配置的三座大山：安装软件，下载数据库以及准备测序数据。本次课程将介绍生物信息软件，bioconda安装，虚拟环境，安装分析软件，迁移环境，docker容器，apptainer容器，生物数据库，生物数据下载，参考序列下载，从aws下载生物数据，SRA数据库下载等。
课程3：测序原理以及数据处理 （已完成）
本次课程我们将系统介绍目前市场上主流的三种测序技术，包括二代illumina测序原理，三代pacbio测序原理，以及nanopore测序原理，碱基识别等，然后介绍fastq文件处理，数据质控，数据过滤等内容。
课程4：基因组拼接以及基因组分析 （已完成）
基因组拼接是生物信息中最基础也是最重要的工作，本次内容我们将围绕基因组拼接，包括二代测序，三代测序基因组拼接，混合拼接，细菌完成图，植物基因组，动物基因组，T2T人基因组，宏基因组拼接等展开，还包括拼接结果质控，基因预测，基因功能注释，非编码RNA分析，重复序列分析等。
课程5：宏基因组数据分析
本期主题围绕宏基因组测序数据分析，包括宏基因组物种分类原理，病原微生物快速鉴定，临床样本致病菌检测，分结果可视化，不同样品之间比较，分组之间统计检验等；
课程6：基因组变异检测
本课程主要介绍介绍基因组变异检测，主要以人基因组变异检测作为演示，包括人基因组数据下载，GATK数据库下载，bwa基因组比对，sam文件格式，samtools处理sam文件，利用GATK检测SNP，利用google deepvariant检测SNP，vcf文件处理，纳米孔测序SV检测，IGV可视化数据等。
课程7：R语言入门
本课程为零基础学习R课程，适合完全零基础学员，本课程基于基础R进行进行介绍。通过本课程学习，能够熟练掌握R语言的使用。主要包括以下主题：R语言简介，R语言安装，Rstudio安装与配置，R包管理，文件读写，数据结构，数据处理，统计检验。
课程8：R数据科学以及科学文献绘图
本课程在R语言入门的基础之上，更近一步介绍R语言数据可视化，R统计检验，R数据分析，机器学习，R包管理，R语言自定义函数，R语言编程，R包开发，quarto撰写报告，shiny动态报告等。
课程9：RNAseq数据分析
课程10：单细胞数据分析
本课程为介绍单细胞数据分析，主要内容包括单细胞捕获分选技术，10x 单细胞测序技术原理，单细胞分析环境搭建，使用CellRanger分析单细胞数据，使用LOUPE BROWSER进行可视化，Seurat分析单细胞数据，单细胞亚群鉴定，利用Monocle3分析单细胞数据，构建细胞分化轨迹，空间转录组等。
课程11：生物信息分析平台搭建与管理
本课程结合我们10年生物信息分析平台管理经验，将从零开始将你培养成实验室分析平台管理员，成为课题组CTO(首席技术官)，我们将详细介绍服务器，网络，存储，虚拟化，超融合，操作系统，基本环境搭建，生物软件安装，数据库管理，用户管理，资源监控，权限管理等方面详细介绍一个生物信息分析平台运维的日常工作。
课程12：python数据分析
本课程主要介绍利用python进行数据分析，通过本课程的学习，将学会使用python来进行数据分析，包括python环境配置，ipython使用，jupyter使用，python模块安装，python读写文件，pandas数据处理，matplotlib绘图，python统计检验，python机器学习等内容。
课程13：python生物信息编程
本课程主要介绍python生物信息编程，适合完全零基础学员学习。通过本课程的学习，能够独立编写python程序处理日常工作，提高工作效率。本课程主要包括以下主题：python简介，python环境搭建，Anaconda3安装，pycharm安装，运行python程序，python模块管理，数据结构，文件读写，循环，判断，fasta文件处理，fastq文件统计，序列提取，bam文件处理，gff文件处理，批量操作，开发自动化流程 。
课程14：python机器学习
本课程主要介绍python机器学习，包括python浅层机器学习以及深度学习等，主要包括以下主题：python机器学习环境搭建，python远程开发，scikit-learn包简介，特征工程，模型选择，模型评估，线性回归，无监督机器学习，有监督机器学习，pytorch深度学习，人工智能在生物信息中的应用等。
课程15：深度学习在生物信息中应用
本课程主要介绍python深度学习，从零开始搭建python深度学习环境，cuda环境配置，pytorch深度学习框架，各种深度学习算法，人工智能在生物信息中的应用，微生物与疾病关系预测，代谢物与疾病关系预测，关键蛋白质识别等。
报名方式
扫描下方二维码，添加微信报名
常见问题
1、如何报名？
添加上面微信->开发票付款->进微信群->开通服务器账号->参加直播课程。
2、可以开发票吗？
可以签订合同，开具发票，具体开票内容可以添加微信上面，或者搜索bio-wangtong。
3、开课后是否可以继续报名？
4、购买视频回看还是选择直播？
根据个人需要，直播课程可以实时参与互动，带着操作，学习效率更高，但每个月都要参与听课，更加辛苦，但也能减少惰性，不再拖延。
每个月一期，每期2天，通过腾讯会议在线直播，具体时间课程会在每一期单独招生计划中设定。
我们课程将提供录播部分，录播部分将于直播之后上线，可以观看直播，并参照视频内容进行上机练习。建议参与直播，有问题可以随时解决。
8、需要学习的课程不在课表中怎么办？
生物信息包含的内容非常多，分为不同的测序方法，例如二代三代；不同的研究物种，植物，动物，微生物；不同的研究方向，例如DNA，RNA，表观遗传学等等。因此只有掌握最基本的内容才能游刃有余处理各种各样的问题。通过本课程的学习，会掌握很多基本的方法，包括Linux操作，软件安装，数据下载，测序原理，序列比对，统计检验，数据可视化等等，这些基础内容掌握之后，很多内容都可以自学了。
