最近深入研究了codespaces，给大家介绍了很多云开发环境部署，这里我为大家提供了一个配置模板，只需要点一下即可部署环境。
Codespaces部署分析环境
由于github codespaces免费版最大只有4核16GB，32GB磁盘空间，无法做加到的分析运算，我们仅用来做练习，或者下载数据，例如可以在上面安装软件然后将其打包下载回来。
项目地址：https://github.com/wangtong/codespaces
可以直接在该页面生成，也可以fork到自己github页面下。
{"name": "Dev Container Python","image": "mcr.microsoft.com/devcontainers/base:ubuntu-22.04","customizations": {"vscode": {"settings": {"editor.tabSize": 2,"files.trimTrailingWhitespace": true,"workbench.colorTheme": "Aura Dark","workbench.iconTheme": "material-icon-theme",},"extensions": ["ms-python.python","ms-python.vscode-pylance",]}},"remoteUser": "root","postCreateCommand": "uname -a"}
这是一个yaml格式的文件
这里我们默认选择ubuntu 2204版本镜像，如果不熟悉devcontainer.json，也可以使用Dockerfile文件配置。进需要在devcontainer.json指定Dokcerfile即可。
{"name": "Ubuntu","build": { "dockerfile": "Dockerfile" },}
生成容器镜像之后，我们就可以直接在vscode中打开使用。
打开README文件，按照README中的简介进行操作。这里我们默认为vscode安装了aura主题，如果不喜欢改主题，还可以切换。
切换管理员账号
#切换rootsu -#修改命令行cp .bashrc /root/.bashrc#刷新设置source ~/.bashrc
apt安装软件
apt install -y gitapt install -y treeapt install -y htopapt install -y tmuxapt install -y bwaapt install -y samtoolsapt install -y bcftoolsapt install -y fastqcapt install -y fastpapt install -y spadesapt install -y prodigalapt install -y awscliapt install -y sra-toolkitapt install -y speedtest-cli
网络测速
安装完speedtest-cli可以直接用于网络测速
speedtest安装bioconda
#下载biocondawget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh#安装sh Miniforge3-Linux-x86_64 -b#初始化init bash#更新设置source ~/.bashrc#添加软件源conda config --add channels bioconda#安装软件mamba install -y flye
打包conda环境
mamba create -n genomemamba install -n genome -y velvetmamba install -n genome -y flyemamba install -n genome -y miniasmmamba install -n genome -y canumamba install -n genome y megahitmamba install -n genome -y spades#安装软件mamba install conda-pack#打包环境conda pack或者conda-pack都可以mamba pack -n genome -o genome.tar.gz# 解压到新环境#首先创建文件夹mkidr genometar -zxvf genome.tar.gz -C genome#激活环境mamba activate genomesource genome/bin/activate
apptainer
-y ppa:apptainer/ppaapt updateapt install -y apptainerapptainer pull docker://google/deepvariant
打包docker
国内使用不了docker，可以打包回去使用。
apt install -y podman*docker pull google/deepvariantdocker imagesdocker save -o 7d046533d9e9.tar docker.io/google/deepvariant:latestpigz 7d046533d9e9.tar
aws数据下载
aws s3 cp --no-sign-request s3://sra-pub-run-odp/sra/SRR1039510/SRR1039510 SRR1039510.sra下载数据
使用prefetch直接下载NCBI SRA数据库，速度非常快。
prefetch SRR8482586 -pprefetch SRR8494912 -pprefetch SRR8494939 -p
传输文件
使用scp，sftp或者rsync等工具传到国内服务器上。然后写入自己的用户名和服务器地址即可。下条命令中地址需要自己修改。
rsync -avP --rsh='ssh' 7d046533d9e9.tar.gz abc123@xxx.xxx.xx.xx:~/