一直以来，在Linux系统下安装R包都是一个困难的事情，与windows和mac可以安装二进制包不同，下载完解压就可以直接使用。R包在linux系统下需要进行编译，这个过程比较麻烦。虽然ubuntu系统有r2u，fedora有copr这些项目，可以直接使用系统工具来安装R，但需要管理员权限。这次内容我们来介绍如何在Linux系统下安装二进制R包。
Posit Package Manager
Posit Package Manager简称ppm，是Posit（原rstudio）的一个项目，目的就是在R中更好的管理R包。它提供付费版和免费版。付费版可以将R包仓库下载到个人服务器内，这个对于普通用户也不需要。
免费版为Posit Public Package Manager，只需要将提供的镜像地址配置一下就可以了。
ppm提供了cran，bioconductor以及pip的镜像。除了可以下载最新的镜像，它甚至还可以设置R版本，以及镜像快照日期，比如我们选择2024年12月26日。这样所有R包都是这一天的，相互之间可以很好的兼容。
如何配置
配置ppm镜像也非常简单 ，为了一次搞定，我们选择Bioconductor镜像，因为这个默认还包括CRAN。
首先选择操作系统：Linux
然后选择Linux发行版：RHEL 8
然后选择快照时间：也可以选择默认最新版，例如这里选择2024-12-26。
这样自动就生成了镜像地址。如果选择最新版，就是将日期更改为lastest即可。
将下面地址复制粘贴到家目录下的~/.Rprofile文件中即可。我们的云服务器用户可以直接拷贝配置文件到自己目录下。
cp /etc/skel/.Rprofile ~/# Configure BioCManager to use Posit Package Manager:options(BioC_mirror = "https://p3m.dev/bioconductor/2024-12-26")options(BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "https://p3m.dev/bioconductor/2024-12-26/config.yaml")# Set the Bioconductor version to prevent defaulting to a newer version:Sys.setenv("R_BIOC_VERSION" = "3.21")# Configure a CRAN snapshot compatible with Bioconductor 3.21:options(repos = c(CRAN = "https://p3m.dev/cran/__linux__/centos8/2024-12-26"))
接下来就可以愉快的使用install.packages()函数以及BiocManager::install()函数直接安装R包了。大部分下载之后就可以直接使用了。
