目前的AI工具已经越来越多,生成式的ChatGPT,AI编程Cursor,github AI工具Copilot,微软各种Copilot。不过很多无法访问,或者需要付费使用,今天我们给大家介绍一款国产的AI工具,可以使用其辅助我们做生物信息。
豆包MarsCode
我们直接使用vscode登录服务器,然后在服务器端安装MarsCode。但需要生成代码或者生物软件脚本案例时都可以使用。
例如,我要求生成bwa align比对的脚本。它为我生成了下面代码。
# Set the reference genome file
REF=path/to/reference_genome.fasta
# Set the input fastq file
FASTQ=path/to/input.fastq
# Set the output SAM file
OUTPUT=path/to/output.sam
# Run BWA
bwa mem -t 4 $REF $FASTQ > $OUTPUT
当我要求“download human genome”的时候,给出了下面代码。
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz
tar -xvzf edirect.tar.gz
cd edirect
./edirect/setup.sh
efetch -db nuccore -format fasta -id NC_000001.11 > human_genome.fasta
可以将代码直接插入到命令行使用。