快速升级bioconda

文摘   2024-12-13 08:56   辽宁  
bioconda在使用一段时间之后就需要升级,升级到最新版更容易适配各种环境。如果采用自带的命令升级,有可能导致中断,导致升级不成功,这里教大家一种稳妥的升级方案。



首先查看当前bioconda版本,目前的版本是23.1.0。

(base) [v3] root 08:43:00 ~$ mamba --versionmamba 1.1.0conda 23.1.0

下载最新版本,当前最新版本是24.11.0。

为什么bioconda要选择使用miniforge3,在前面的推文中我们有详细的介绍。

现在最先进的安装生物软件方法

# 下载Miniforge3wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/download/24.11.0-0/Miniforge3-Linux-x86_64.sh

接下来就可以直接运行脚本进行升级,可以添加命令行选项参数-h获取帮助信息。软件仅有几个参数。这里我们直接选择mamba工具Miniforge3.

其中-b是最重要的批处理模式,也就是一步安装,无需交互式。这里面有几个参数比较重要,-u,-p,-b。

(base) [v3] root 08:51:01 ~$ sh Miniforge3-Linux-x86_64.sh -h

usage: Miniforge3-Linux-x86_64.sh [options]

Installs Miniforge3 24.11.0-0-b run install in batch mode (without manual intervention), it is expected the license terms (if any) are agreed upon-f no error if install prefix already exists-h print this help message and exit-p PREFIX install prefix, defaults to /root/miniforge3, must not contain spaces.-s skip running pre/post-link/install scripts-u update an existing installation-t run package tests after installation (may install conda-build)

-b 非交互式,而采用批量操作

-u 升级已有bioconda

-p 设置安装目录,默认安装到家目录下,生成一个miniforge3目录

主要设置这三个就可以,如果之前也是默认目录安装,-p可以不设置。


-f 是跳过目录已存在的提醒

-h 获取帮助信息

-s 跳过前/后链接/安装脚本

  • pre-link---在安装软件包之前执行。错误为 由非零 exit 指示,并导致 conda 停止并导致 安装失败。

  • post-link---安装包后执行。错误为 由非零 exist 指示,并导致安装失败。如果存在 错误,则 conda 不会写入任何包元数据。

-t 安装完运行测试


下面直接进行升级。

(base) [v3] root 08:53:26 ~$ sh Miniforge3-Linux-x86_64.sh -b -u -p /ifs1/Software/miniforge3/
(base) [v3] root 08:55:14 ~$ mamba --versionmamba 1.5.11conda 24.11.0

完成升级,当前已经是最新的24.11.0版本。

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