【建议收藏】基因学苑文章列表（2025年1月）

文摘教育培训 2025-01-13 11:48 辽宁

2025年我们公众号10年了，去年我们的公众号又新增了很多内容，目前我们的公众号关注数已经突破12万人，感谢各位的支持，是动力更是责任，我们需要提供更多优质内容，如果你能把这些内容都很好的阅读一遍，那么你会发现一个新世界。学生物信息，选基因学苑。

2024 新增内容

2025年学生信，看这套视频就够了

利用codespaces快速下载生物数据

学生物信息，做法证先锋

tldr：为命令行添加一个中文注释

再见了搜狗输入法

加倍不加价，2025生物云服务器在升级

传输数据，还得是Filezilla

边唠嗑边搜索

Github Copilot免费使用啦

小工具，大作用

快速升级bioconda

多线程打包压缩数据，提高数据传输速度

如何利用vscode远程打开图片和网页

谁才是生物信息大一统的工具？

做生物信息，没苦硬吃

自己电脑如何搭建一个免费Linux环境？

生物信息就业，高校医院公司如何选？

生物信息就业，你看我还有机会吗？

top再升级，盘一盘btop

经营一个生物云平台需要花费多少钱？

为什么高清视频这么消耗存储？

最美终端termius升级了

无所不能的vscode（二）

【文献推荐】人工智能在微生物组研究中的应用：现状与展望

Ubuntu生物信息分析平台搭建

python专业集成开发环境pycharm安装使用

Positron：下一代R和python数据分析IDE

学会生物信息，做课题组首席技术官（CTO）

生物信息任务运行状态详解

手机也是生产力工具

计算生物时代，如何选择合适的服务器？

自学生信约等于浪费时间

敲代码，怎么能不用git工具？

给pip安装python模块提提速

conda转圈圈，为何不试试pixi

CentOS停更后，该选择哪个Linux系统？

2024，报考生物信息专业怎么样？

新秀合同

又是“排忧解难”debug的一天

为何不试试使用echo命令来写脚本

bioconda常见问题，一次说清

github站点R包的安装

如何安装全部R包？

ubuntu2404第一时间下载安装体验

python模块管理

ubuntu 2404版来了虚拟机快照，测试太方便了

如何提升实验室生物信息分析能力？

国产操作系统能用吗？

腾讯是Linux最大绊脚石

开发一个自己的R包如何在rstudio中使用git工具？

python正则表达式简易指南

R语言终于也支持虚拟环境了

利用pyfastx处理fasta以及fastq文件

推荐一款超级好用的markdown工具

biopython安装与使用

本地blast如此简单

软件装不上，就用singularity

搭建一个自己的技术博客

利用github Pages搭建个人网站

所有软件都用bioconda虚拟环境安装

从滥竽充数到个人Solo

深度学习环境搭建（windows版）

2023 新增内容

Bioconductor官网终于改版了

Linux系统这样安装R

做生物信息，软件版本太重要了

vscode远程调试python以及R代码

bioconda虚拟环境解决软件安装大问题

从物理上提高工作效率——机械键盘篇

看看最新的pacbio测序数据怎么样

python专业集成开发环境pycharm安装使用

带你玩转虚拟机（二）：安装Linux操作系统

现在，这个地球上又多了一家测序仪公司

当你拿到测序数据该做什么？

bilibili，其实是个学习网站

当centos不在提供技术支持了该怎么办？

旧文更新，利用R语言分析2022《政府工作报告》

OneDrive，再也不怕论文丢失了

bam格式文件处理大全

R语言的24个高效操作

炫技技巧，win10下滑关机

懒人福利，ssh/scp无密码登录

三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）

学习生信有“钱途”吗？

三代测序来了，还用学习二代测序吗？

生物信息百宝箱

利用gff文件提取序列

生信求道

单细胞数据分析专题（5）：高级分析

单细胞数据分析专题（4）：数据统计

单细胞数据分析专题（3）：细胞定型

单细胞数据分析专题（2）：数据处理

单细胞数据分析专题（1）：数据质控

无需illumina纠错，纳米孔测序直接得到细菌基因组完成图

无法联网如何使用bioconda

300本R语言书籍，让你一次学到吐

命令行挑战，一个Linux命令行在线测试网站

“数”说生信培训

奋斗的青春最美丽：第一季生物信息VIP课程圆满结束

薅一个免费的在线Rstudio

一份非常好的ggplot2学习材料

宏基因组Binning软件metawrap使用教程

祝福我的寄生虫能“寿中正寝”

nanopore测序物种分类centrifuge自建库

宏基因组分析metawrap真难配置

从物理上提高工作效率

带你玩转虚拟机（一）

生物信息报错合集（三）：当yum不好使了怎么办？

R绘图好资源：30天绘图挑战代码下载

免费领取xshell7+xftp套件

1 手把手教你生信分析平台搭建专栏合集（Ubuntu系统）

手把手教你生信分析平台搭建（一）

生信分析平台搭建（二）：安装Linux系统

生信分析平台搭建（三）：系统设置

生信分析平台搭建（四）：共享文件夹

生信分析平台搭建（五）：个性化设置

生信分析平台搭建（六）：系统配置

生信分析平台搭建（七）：bioconda

生信分析平台搭建（八）：利用Synaptic安装生物软件

生信分析平台搭建（九）：Aspera

生信分析平台搭建（十）：Rstudio-server

生信分析平台搭建（十一）：制作安装盘

生信分析平台搭建（十二）：添加磁盘

生信分析平台搭建（十三）：安装GNOME桌面

生信分析平台搭建（十四）：用户管理

生信分析平台搭建（十五）：RAID

生信分析平台搭建（十六）：CentOS

生信分析平台搭建（十七）：服务器配置

生信分析平台搭建（十八）：如何选购服务器

生信分析平台搭建（十九）：安装Galaxy

生信分析平台搭建（二十）：常见问题

2 生信分析平台搭建专栏合集（CentOS系统）

薅一次腾讯云的羊毛

生信平台搭建（二）：远程登录和设置

生信平台搭建（三）：配置软件源和使用yum

生信平台搭建（四）：利用yum进行基础环境配置

生信平台搭建（五）：安装perl模块

生信平台搭建（六）：python模块安装

生信平台搭建（七）：R语言与Rstudio安装

生信平台搭建（十二）：bashrc详解

生信平台搭建（十三）：bioconda

生信平台搭建（十四）：bioconda虚拟环境

生信平台搭建（十五）：Aspera

生信平台搭建（十六）：NCBI三大工具的安装与使用

生信平台搭建（十七）：lftp下载基因组数据

生信平台搭建（十八）：docker安装与使用

生信平台搭建（十九）：搭建私有在线blast

生信平台搭建（二十）：个性化设置

3 付费文章

一文完成nanopore基因组拼接数据分析脚本

一文完成宏基因组数据分析软件安装代码

一文完成生物信息分析平台搭建（Centos版）

一文完成生物信息分析平台搭建（Ubuntu版）

fastq格式文件的24种处理方法

bam格式文件的24种处理方法

利用bioconda部署80+生物信息软件

《python入门与数据分析》课程代码

4 生物信息学习资源

生物信息神奇网站系列（一）：R绘图Gallery

生物信息神奇网站系列（二）：Python绘图Gallery

生物信息神奇网站系列（三）：Seqanswers

生物信息神奇网站系列（四）：Biostars

生物信息神奇网站系列（五）：文件格式解析

生物信息神奇网站系列（六）：Omictools

生物信息神奇网站系列（七）：Mybiosoftware

生物信息神奇网站系列（八）：SCI-HUB

生物信息神奇网站系列（九）：批量下载序列

生物信息神奇网站系列（十）：生物数据库集合

生物信息神奇网站系列（十一）：CodeSchool

生物信息神奇网站系列（十二）：机器学习数据集

生物信息神奇网站系列（十三）：数据可视化Catalogue

生物信息神奇网站系列（十四）：基因组大小统计

生物信息神奇网站系列（十五）：R CheatSheets

生物信息神奇网站系列（十六）：Notebook Gallery

生物信息神奇网站系列（十七）：Bioconductor Workflows

生物信息神奇网站系列（十八）：w3school

生物信息神奇网站系列（十九）：已发表动物基因组列表

生物信息神奇网站系列（二十）：已发表植物基因组列表

5 常用生物数据文件格式处理大全

6 生物信息就该这么学

生物信息就该这么学（1）：从Linux开始

生物信息就该这么学（2）：熟悉windows很重要

生物信息就该这么学（3）：听说你不想学习测序原理？

生物信息就该这么学（4）：你只需了解四种文件格式

生物信息就该这么学（5）：其实就是比对那点事儿

生物信息就该这么学（6）：我唯一推荐的生物信息书籍

生物信息就该这么学（7）：安装软件不容易

生物信息就该这么学（8）：“不择手段”下数据

生物信息就该这么学（9）：找到适合你的Linux环境

生物信息就该这么学（10）：配置最佳工作环境

生物信息就该这么学（11）：你真的需要流程吗？

生物信息就该这么学（12）：我该使用哪款生信软件？

生物信息就该这么学（13）：尽早放弃图形化的幻想

生物信息就该这么学（14）：虚拟机是个好软件

生物信息就该这么学（15）：别整那些没用的

生物信息就该这么学（16）：不给案例数据，都是耍流氓

生物信息就该这么学（17）：能动手，尽量别(biè）吵吵

生物信息就该这么学（18）：自己动手，丰衣足食

生物信息就该这么学（19）：久病成良医

生物信息就该这么学（20）：管理好环境

生物信息就该这么学（21）：普通用户如何安装软件

生物信息就该这么学（22）：不同版本人参考序列的差别

生物信息就该这么学（23）：做一个人全基因组分析，需要多少硬盘？

生物信息就该这么学（24）：下载人全基因组序列

生物信息就该这么学（25）：请自己阅读文档

生物信息就该这么学（26）：你真的需要显卡吗？

生物信息就该这么学（27）：迁移conda环境

生物信息就该这么学（28）：永不掉线的任务

生物信息就该这么学（29）：我的bashrc 大公开

生物信息就该这么学（30）：教你好好运行任务

生物信息就该这么学（31）：nfs共享服务器配置

生物信息就该这么学（32）：基因组拼接最佳方案

生物信息就该这么学（33）：Linux命令精髓全在这儿了

生物信息就该这么学（34）：你为什么不爱用快捷键呢？

生物信息就该这么学（35）：请记住这些特殊符号

生物信息就该这么学（36）：不存在基于参考序列的基因组拼接

生物信息就该这么学（37）：序列分析并不难

生物信息就该这么学（38）：做生物信息要学习R语言吗？

生物信息就该这么学（39）：存了100G资料，生信还没入门

生物信息就该这么学（40）：你需要一台测试服务器

生物信息就该这么学（41）：bioconda常见问题汇总

7 生信扫盲补漏笔记

生信扫盲补漏系列 | Day1

生信扫盲补漏笔记 | Day2（补充版）

8 Linux学习

这个问题我回答超过1000遍
命令行的艺术

Linux is Sexy

Linux命令行如何使用图形化软件
微软WSL2来了，以后可以用windows做生信了？
Xshell6的正确打开方式
超级好用的文件传输命令rz与sz
看了Linux命令的全称，顿时豁然开朗

如何开启win10内置Linux子程序

比较一下几款常用的SSH工具

我为啥不爱回答你的问题

生物信息工作者的神器——mobaxterm

生物信息常用30个Linux命令（一）
生物信息常用30个Linux命令（二）
生物信息常用30个Linux命令（三）
这才是完美的生物信息软件安装方式

生物信息之独孤九剑——grep

生物信息之独孤九剑——sed

生物信息之独孤九剑——单行perl

Linux系统下超cool的定时任务

Linux系统特殊符号的作用

如何让任务永不掉线：tmux

服务器之间如何传输数据：rsync

9 数据分析技巧

互联网上的水太深，天天攻击我服务器

Linux，R和Python一些相似的操作

为何不试试使用echo命令来写脚本

好玩儿但没什么用的一些操作

如何切换不同的conda环境

利用Bioconda创建虚拟环境安装软件

颜值也是生产力，给命令行点颜色瞧瞧

生物信息传统技能，配置好PATH变量

Python数据分析平台Spyder简介

纳米孔测序数据分析软件大全

如何使用密钥远程连接服务器

生物信息任务运行状态详解

介绍一个自动计算各种检验指标的工具

生物信息百宝箱

又发现一个好工具：datamash

买台服务器，哪个零件最重要？

创业六年记

如何利用生物信息方法去除宿主污染？

10 生物软件系列

生物信息百Jia软件（一）——bwa

生物信息百Jia软件（二）：fastp

生物信息百Jia软件（三）：Muscle

生物信息百Jia软件（四）：wgsim

生物信息百Jia软件（五）：fastqc

生物信息百Jia软件（六）：prodigal

生物信息百Jia软件（七）：glimmer

生物信息百Jia软件（八）：blat

生物信息百Jia软件（九）：Mummer

生物信息百Jia软件（十）：seqtk

生物信息百Jia软件（十一）：svsim

生物信息百Jia软件（十二）：trimmomatic

生物信息百Jia软件（十三）：clustalw

生物信息百Jia软件（十四）：velvet

生物信息百Jia软件（十五）：rnammer

生物信息百Jia软件（十六）：tRNAscan

生物信息百Jia软件（十七）：flash

生物信息百Jia软件（十八）：spades

生物信息百Jia软件（十九）：cope

生物信息百Jia软件（二十）：lumpy

生物信息百Jia软件（21）：hisat2

生物信息百Jia软件（22）：featureCounts

生物信息百Jia软件（23）：SOAPdenovo

生物信息百Jia软件（24）：trf

生物信息百jia软件（25）：quast

生物信息百jia软件（27）：三代数据拼接falcon

生物信息百Jia软件（28）：canu
如何下载生物数据（一）：生物数据检索
如何下载生物数据（二）：利用ftp下载参考基因组
如何下载生物数据（三）：GATK数据下载
如何下载生物数据（四）：SRA数据下载

11 生物信息基础

从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第1节测序技术

从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第2节 FASTA和FASTQ
从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第3节数据质控

从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第4节构建WGS主流程

从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第5节理解并操作BAM文件

GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）
GATK4.0和全基因组数据分析实践（下）

GATK4全基因组数据分析最佳实践

生信分析必须了解的4种文件格式
生物信息重要资源站点
少废话，先完成一万行代码
讨厌的基因ID
你所不知道的各种seq技术
染色体分布图该怎么做

一个RNAseq完整数据分析脚本

bioconda常见问题汇总

12 nanopore测序技术专题

nanopore测序技术专题开篇词

nanopore测序技术专题（一）：为什么要选择nanopore测序？

nanopore测序技术专题（二）：一些典型应用

nanopore测序技术专题（三）：选择适合你的测序设备

nanopore测序技术专题（四）：纳米孔测序原理

nanopore测序技术专题（五）：建库测序

nanopore测序技术专题（六）：测序错误率太高无法使用？

nanopore测序技术专题（七）：测序结果文件介绍

nanopore测序技术专题（八）：利用guppy进行碱基识别

nanopore测序技术专题（九）：利用minion_qc绘制质控图

nanopore测序技术专题（十）：安装所需软件

nanopore测序技术专题（十一）：下载练习数据

nanopore测序技术专题（十二）：fastq文件探索

nanopore测序技术专题（十三）：病原微生物快速鉴定

nanopore测序技术专题（十四）：nanopore测序质量怎么样

nanopore测序技术专题（十五）：利用NanoPlot进行数据质控

nanopore测序技术专题（十六）：利用NanoFilt对数据进行过滤

nanopore测序技术专题（十七）：利用filtlong对数据进行过滤

nanopore测序技术专题（十八）：minimap2比对

nanopore测序技术专题（十九）：利用samtools处理sam格式文件

nanopore测序技术专题（二十）：tablet可视化比对结果

nanopore测序技术专题（二十一）：nanopore基因组拼接

nanopore测序技术专题（二十二）：利用canu拼接nanopore测序数据

nanopore测序技术专题（二十三）：miniasm拼接基因组

nanopore测序技术专题（二十四）：smartdenovo拼接基因组

nanopore测序技术专题（二十五）：wtdbg2拼接基因组

nanopore测序技术专题（二十六）：NextDenovo拼接基因组

nanopore测序技术专题（二十七）：flye拼接基因组

nanopore测序技术专题（二十八）：fasta文件格式介绍及处理

nanopore测序技术专题（二十九）：选择最佳的比对结果

nanopore测序技术专题（三十）：组装结果优化原理

nanopore测序技术专题31：利用medaka组装结果纠错

nanopore测序技术专题32：利用pilon组装结果优化

nanopore测序技术专题33：利用racon对组装结果纠错

nanopore测序技术专题34：dotPlotly比较优化前后结果

nanopore测序技术专题35：利用BRIG可视化多个拼接结果

nanopore测序技术专题36：利用nanopore拼接细菌基因组完成图

nanopore测序技术专题37：拼接拟南芥基因组

nanopore测序技术专题38：不同平台数据混合拼接

nanopore测序技术专题39：利用busco评估拼接结果

nanopore测序技术专题40：利用nanopore数据进行变异检测

nanopore测序技术专题41：利用longshot检测SNP

nanopore测序技术专题42：ngmlr比对

nanopore测序技术专题43：利用sniffles 检测SV

nanopore测序技术专题44：利用NanoSV检测SV

nanopore测序技术专题45：VCF文件格式介绍及处理

nanopore测序技术专题46：利用IGV可视化变异结果
nanopore测序技术专题47：利用tombo检测甲基化
nanopore测序技术专题48：综合分析软件nanopolish

nanopore测序技术专题49：见识下GPU的威力

nanopore测序技术专题50：metamaps

nanopore测序技术专题51：centrifuge

nanopore测序技术专题52：kraken2

nanopore测序技术专题53：mock数据集

nanopore测序技术专题54：Porechop

nanopore测序技术专题55：Pavian

nanopore测序技术专题56：NanoCount

nanopore测序技术专题57：纳米孔宏基因组拼接metaFlye

nanopore测序技术专题58：从纳米孔宏基因组中拼接细菌完成图

nanopore测序技术专题59：APA分析

nanopore测序技术专题60：busco评估基因组拼接结果

13 新冠病毒研究专题

新冠病毒RT-PCR检测演示动画

新冠病毒数据分析（1）：为什么要分析新冠病毒数据

新冠病毒数据分析（2）：病毒基因组的特点

新冠病毒数据分析（3）：病毒基因组分析难点

新冠病毒数据分析（4）：如何扩增新冠病毒全基因组序列

新冠病毒数据分析（5）：下载新冠病毒基因组数据

新冠病毒数据分析（6）：下载新冠病毒原始测序数据

新冠病毒数据分析（7）：ARTIC Network工作流

新冠病毒数据分析（8）：你也可以拼一条病毒基因组

新冠病毒数据分析（9）：nextstrain

新冠病毒数据分析（10）：新冠病毒数据分析手册

如何快速鉴定新冠病毒突变株类型？

为什么aspera下载不到SRA数据了？

拼接新冠病毒参考序列

下载全部新冠病毒基因组序列

免费领取《新冠病毒生物信息分析手册》

14 R语言系列

R内置数据集

CentOS 7系统如何安装Rstudio-server

常跟数据打交道，应该养成哪些好习惯?

点评一下市面上的R语言书籍

“双十一”坑人套路大揭秘——购物篮分析

R语言零基础入门第16期培训班开始报名

用了10多年R语言，我终于学会了Excel

R变量索引 - 什么时候使用 @或$

最新版R语言Cheatsheets都为你准备好了

利用R语言分析2021《政府工作报告》

一条命令更新全部R包

最终，我还是选择了bioconda版本的R

你不需要每次都重复加载一堆R包

在Linux系统下安装R软件

终于攒够了100万

15 办公软件

《提高效率，延长生命》系列征稿启事
OneNote for All
OCR神器CamScanner
经常出差，当然航旅纵横
OneDrive，真正的在云端
文档拍照扫描美颜神器Office Lens
win10全局剪贴板：多次复制，反复粘贴
午夜12点，办公室灵异事件……

16 计算机硬件

开箱一台数码设备，它可以换几十台iPhone12

更换硬盘，如此丝滑

服务器就是一台高配的电脑吗？

做生物信息，控制好你的线程数很重要

17 行业评论

吹了十几年的生物云计算，为何还在原地踏步？

我存储了100G的生信学习材料，怎么还没入门？

windows系统不能做生物信息吗？

好好先生

19 云服务器应用

云服务器应用（一）：安装rstudio-server

云服务器应用（二）：我想在网页上运行python

云服务器应用（三）：5分钟搞定在线blast

20 视频内容

如何使用R自带文件格式？

R的提示警告与错误

R基础绘图可以发文章吗？

宏基因组测序与16S测序有什么区别？

做生物信息centos还是ubuntu？

lftp下载基因组

批量下载NCBI序列

生物数据库吐槽大会

为什么做生物信息要学习Linux？

pacbio测序原理

21 杂文

《python入门与数据分析》B站上线

2021，来基因学苑Bilibili学习生物信息

20个实用的科研工具

生物数据分析云平台介绍视频

谁告诉你程序员都发量少的？

nanopore第11期培训班（线上）开始报名

生信信条

学习生物信息有且只有一种方法，那就是……

临床生物信息一站式解决方案

如何构建系统发育树

《如何下载生物数据》视频教程已上线

关于人工智能的电影 ——附观看链接

microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

常跟数据打交道，应该养成哪些好习惯?

中国癌症大数据报告深度分析

CNV-seq分析介绍

国内学术会议和国际会议的十大差别

未来，我需要这样一款基因搜索引擎

PPT做的好招谁惹谁了
五年后的基因测序行业应该是什么样子？

20 培训班

nanopore测序第12期培训班开始报名

nanopore第11期培训班（线上）开始报名

nanopore第10期培训班（线上）开始报名

nanopore第9期培训班（线上）开始报名

nanopore第8期培训班（北京）开始报名

nanopore第7期培训班（北京）开始报名

nanopore宏基因组分析培训班（第2期）开始报名了

nanopore宏基因组测序开始报名了

纳米孔测序网络培训班（第2期）开始报名

nanopore测序网络培训班开始报名了

三代nanopore测序分析培训班（上海站）开始报名

三代nanopore测序分析培训班（北京站）开始报名

R语言零基础入门第16期培训班开始报名

R语言基因表达数据分析培训班（杭州）开始报名

R语言2021年4月培训班开始报名

R语言第13期培训班（杭州站）开始报名

R语言与基因表达数据挖掘培训班（沈阳站，上海站）来了

R语言与生物信息（重庆站）开始报名了

R语言与生物信息（郑州）开始报名了

R语言与生物信息（西北农林专场）开始报名了

生物信息培训班（北京站）第五期开始报名

生物云计算专家