bioconda使用过程中需要联网下载软件安装包，很多在线工具都这样，yum，apt，pip，R等，由于网络问题，有时候会下载不到导致安装终端，可以使用国内镜像加速下载。切换到mamba会加快这个速度。不过由于网络问题，还是容易终端，于是，我们将bioconda数据库都下载到本地使用。
安装bioconda库
bioconda是anaconda的一个分支，在使用过程中，需要用到anacodna，conda-forge以及bioconda三个库。其中conda-forge是社区维护的一个库。也是文件最多的一个。
下载地址：
anaconda：https://conda.anaconda.org/anaconda/linux-64/bioconda：https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/conda-forge：https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64/
这其中anaconda有4.3万+个文件，bioconda有6.4万多个文件。而conda-forge的文件最多，有超过55万+个文件。
首先将这些库文件都下载到本地，由于文件太多，下载非常慢，这些文件下载了半个多月。
配置本地库
channels:- http://172.16.40.4/anaconda/bioconda- http://172.16.40.4/anaconda/anaconda- http://172.16.40.4/anaconda/conda-forge
mamba install -y fastqcLooking for: ['fastqc']http://172.16.40.4/anaconda/bioconda/linux-64 No changehttp://172.16.40.4/anaconda/bioconda/noarch No changehttp://172.16.40.4/anaconda/anaconda/noarch No changehttp://172.16.40.4/anaconda/conda-forge/linux-64 No changehttp://172.16.40.4/anaconda/anaconda/linux-64 No changehttp://172.16.40.4/anaconda/conda-forge/noarch No changeconda-forge/noarch 18.2MB @ 581.5kB/s 31.3sconda-forge/linux-64 41.0MB @ 777.9kB/s 52.7sTransactionPrefix: /ifs1/User/bio456/miniforge3/envs/rnaseqUpdating specs:- fastqc
有两个文件从conda-forge库下载，其余大量都是从本地下载。下载速度超快。
Package Version Build Channel Size─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────Install:─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────+ font-ttf-dejavu-sans-mono 2.37 hab24e00_0 conda-forge Cached+ tzdata 2024b hc8b5060_0 conda-forge Cached+ libstdcxx-ng 11.2.0 h1234567_1 172.16.40.4/anaconda/anaconda 6MB+ _libgcc_mutex 0.1 main 172.16.40.4/anaconda/anaconda 3kB+ ld_impl_linux-64 2.40 h12ee557_0 172.16.40.4/anaconda/anaconda 723kB+ python_abi 3.13 0_cp313 172.16.40.4/anaconda/anaconda 5kB+ ca-certificates 2024.11.26 h06a4308_0 172.16.40.4/anaconda/anaconda 141kB+ libgomp 11.2.0 h1234567_1 172.16.40.4/anaconda/anaconda 573kB+ _openmp_mutex 5.1 1_gnu 172.16.40.4/anaconda/anaconda 21kB+ libgcc-ng 11.2.0 h1234567_1 172.16.40.4/anaconda/anaconda 9MB+ libiconv 1.16 h5eee18b_3 172.16.40.4/anaconda/anaconda 1MB+ icu 73.1 h6a678d5_0 172.16.40.4/anaconda/anaconda 29MB+ xz 5.4.6 h5eee18b_1 172.16.40.4/anaconda/anaconda 717kB+ openssl 3.0.15 h5eee18b_0 172.16.40.4/anaconda/anaconda 5MB
更新问题
后续更新只要每周检索conda-forge文件列表，与本地文件进行比较，只下载更新部分即可。使用我们的云服务器即可直接使用本地bioconda库。只需要将默认的库更换一下即可。
/usr/bin/cp -f /etc/skel/.condarc_local ~/.condarc