AI辅助生物信息分析

文摘   其他   2025-01-20 17:21   辽宁  
目前的AI工具已经越来越多,生成式的ChatGPT,AI编程Cursor,github AI工具Copilot,微软各种Copilot。不过很多无法访问,或者需要付费使用,今天我们给大家介绍一款国产的AI工具,可以使用其辅助我们做生物信息。


豆包MarsCode

这次我们要介绍的是来自于字节跳动旗下的豆包AI大模型工具,也就是抖音集团,也就是前几天被实习生“投毒”大模型的公司。
什么是MarsCode AI What is MarsCode AI
MarsCode 是豆包旗下的智能编程助手,提供以智能代码补全为代表的核心能力,支持主流编程语言及 IDE,能在编码过程中提供单行或整个函数的建议,同时支持在用户编码过程中提供代码解释、单测生成、问题修复、技术问答等辅助功能,提升编码效率与质量。

MarsCode AI可以根据我们的要求自动生成代码,还能生成代码注释,也可以作为聊天工具,通过问答式的方法生成代码和答案。
安装使用
豆包MarsCode安装也比较简单,目前有三种使用方式,分别是在vscode中,通过插件实现,另外是在JatBrains IDE中通过插件实现,还可以使用网页端。

我们通过vscode插件的方式使用,直接在vscode扩展中搜索关键字“MarsCode AI”即可安装使用。

安装完成即可通过左侧聊天窗口生成需要的代码。
如何在生物信息分析中使用

我们直接使用vscode登录服务器,然后在服务器端安装MarsCode。但需要生成代码或者生物软件脚本案例时都可以使用。

例如,我要求生成bwa align比对的脚本。它为我生成了下面代码。

#!/bin/bash
# Set the reference genome fileREF=path/to/reference_genome.fasta

# Set the input fastq fileFASTQ=path/to/input.fastq

# Set the output SAM fileOUTPUT=path/to/output.sam

# Run BWAbwa mem -t 4 $REF $FASTQ > $OUTPUT

当我要求“download human genome”的时候,给出了下面代码。

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gztar -xvzf edirect.tar.gzcd edirect./edirect/setup.shefetch -db nuccore -format fasta -id NC_000001.11 > human_genome.fasta

可以将代码直接插入到命令行使用。


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