空间转录组是一种新型单细胞空间测序技术，可以在组织层面直接解析RNA表达情况。通过保留组织空间背景，深入探索基因的活动规律，识别空间可变基因，从而探索组织景观和生物过程。这项技术对于研究细胞状态和细胞谱系发生的空间位置信息尤为重要，此外，空间转录组技术有助于了解肿瘤进展和转移的分子机制，并确定治疗靶点。为帮忙大家更快了解最新科研进展，掌握科研热点，扩展科研思路，诺禾致源特此汇总了近期最新高分文献速递，不仅有发表于Cell有关衰老时空图谱，Cancer Cell 空间肿瘤学相关综述，还有发表于Cell空间转录组新技术Patho-DBiT，空间组学高分文章时代已燃！
高分文献一
Nature-二维和三维空间，肿瘤演变和微环境相互作用
文章标题：Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space
期刊：Nature
文章摘要：为了研究癌症和非癌细胞之间的空间相互作用，作者通过空间转录组学（ST）检查了来自6种癌症类型的78例患者的131个肿瘤切片队列。这与48个匹配的单核RNA测序样本和22个匹配的索引共检测（CODEX）样本相结合。为了描述肿瘤结构，作者定义了“肿瘤微区域”为由基质成分分隔的空间上不同的癌细胞簇。它们在不同癌症类型中的尺寸和密度有所不同，转移样本中观察到最大的微区域。进一步将具有共享遗传变异的微区域分组为“空间亚克隆”。35个肿瘤切片表现出亚克隆结构。具有不同拷贝数变异和突变的空间亚克隆显示出不同的致癌活性。作者发现微区域中心的代谢活性增加，微区域前沿的抗原呈递增加。作者还观察到微区域内的T细胞浸润变化以及巨噬细胞主要位于肿瘤边界。最后通过16个样本的48个连续ST切片重建了3D肿瘤结构，这为肿瘤的空间组织和异质性提供了洞见。这些发现有助于理解肿瘤通过与局部微环境在二维和三维空间中的相互作用进行空间演变，为肿瘤生物学提供了宝贵的见解。
高分文献二
Cell-Stereo-seq助力构建全球首份多器官衰老时空图谱
文章标题：Spatial transcriptomic landscape unveils immunoglobin-associated senescence as a hallmark of aging
期刊：Cell
文章摘要：为了系统地表征衰老导致的组织完整性丧失和器官功能障碍，作者制作了雄性小鼠衰老过程中9个组织的深入空间转录组学谱。文章表明衰老敏感点（SSSs）与组织结构中的高熵共定位，并且表达免疫球蛋白的细胞聚集是SSSs周围微环境的特征。免疫球蛋白G（IgG）在雄性和雌性小鼠的衰老组织中积累，在人体组织中观察到类似的现象，表明免疫球蛋白异常升高可能作为进化上保守的特征老化。此外，文章还观察到IgG可以在巨噬细胞和小胶质细胞中诱导促衰老状态，从而加剧组织衰老，并且靶向减少IgG可减轻雄性小鼠各种组织的衰老。本研究提供了衰老的高分辨率空间描述，并表明免疫球蛋白相关衰老在衰老过程中的关键作用。
高分文献三
Cancer Cell -空间转录组，肿瘤学的临床转化
文章标题：Spatial oncology: Translating contextual biology to the clinic
期刊：Cancer Cell
文章摘要：在组织环境中对细胞进行显微镜检查一直是过去两个世纪诊断性组织病理学的推动力。最近，通过单细胞分析鉴定的先进分子生物标志物的兴起增加了我们对癌症细胞异质性的理解，但尚未对临床治疗产生重大影响。将分子分析与微环境特征相结合的空间技术，为理解细胞相互作用和组织特征提供关键的原位环境来弥合这一转化差距。文章回顾了如何使用空间工具来研究肿瘤生态系统及其临床应用，详细介绍了细胞间相互作用、微环境组成和免疫逃避和治疗耐药性的组织重塑方面的发现。此外，文章还强调了多组学空间分析在表征临床相关特征，包括神经周围浸润、三级淋巴结构和肿瘤-基质界面方面的新兴作用。最后，文章探讨了临床整合策略及其对治疗和诊断方法的增强意义。
高分文献四
Cell - Patho-DBiT新技术-福尔马林固定石蜡包埋组织中空间探索RNA生物学
文章标题：Spatially exploring RNA biology in archival formalin-fixed paraffin-embedded tissues
期刊：Cell
文章摘要：在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中，空间探索RNA生物学功能，给组织病理学研究带来了具有变革性的重要意义。作者通过将原位多聚腺苷酸化和空间全转录组测序的计算创新相结合，提出了与病理学兼容的组织确定性条形码（Patho-DBiT），专为探测临床存档的FFPE样本中的不同RNA种类而定制。它允许对基因表达和RNA加工进行空间共分析，揭示区域特异性剪接亚型，以及对储存5年的临床肿瘤FFPE组织进行高灵敏度转录组图谱分析。此外，可以捕获全基因组单核苷酸RNA变体，以区分人淋巴瘤中的恶性亚克隆和非恶性细胞。Patho-DBiT还绘制microRNA调控网络和RNA剪接动力学，解码它们在空间肿瘤发生中的作用。单细胞水平的 Patho-DBiT 剖析了驱动肿瘤克隆结构和时空细胞动态进展。Patho-DBiT有望成为一个具有重要意义的平台，可以揭示FFPE组织中丰富的RNA生物学特性，帮助临床病理学进行评估。
诺禾致源服务优势
诺禾致源空间多组学服务体系
诺禾致源单细胞空间测序平台
诺禾致源成立至今已13年，作为创立于中国、服务全球科学家的基因科技产品和服务提供者，诺禾致源的测序实验室已遍布世界各地，海外实验室包括美国、英国、新加坡等等。诺禾致源的单细胞空间测序业务也已辐射全球数十个国家，支持全世界科学家发表高分文章263篇，影响因子共4100+，涉及研究领域和项目经验不仅包括医学研究如肿瘤异质性、干细胞分化、组织器官发育、免疫微环境等等，还有其他哺乳动物、家禽、水生动物、经济作物等众多物种的样本处理经验，成功制备样本16000多例；技术平台囊括10x Chromium、10x Visium、10x Xenium、Stereo-seq、BD Rhapsody、Nanostring DSP、MobiNova等多个平台，满足您的多组学研究需求。在未来，诺禾致源将继续秉承“专业、创新、诚信、共赢”的价值观，为您提供更优质的基因科技产品和服务。
