实用干货——流式纯化助力单细胞测序数据质量提升

企业   2024-10-18 17:20   湖北  

在单细胞测序实验过程中,单细胞悬液中往往会混入死细胞、细胞碎片、背景等干扰实验流程,影响数据质量。通过流式筛选的方法,可以有效去除干扰项,有效提升数据质量。

Flow cytometry是一种在生命科学和临床诊断中广泛使用的技术,它能够对流动中的单个细胞进行高速的定性和定量分析。随着单细胞技术的成熟和应用,研究人员对于单细胞精细化研究的需求也逐渐增大,流式细胞纯化与单细胞测序的结合为研究人员在免疫学、细胞生物学、肿瘤学、血液学等领域提供了更好的探索方式。



优化方案探索与推荐


随着单细胞业务线-测序项目经验的积累,已协助2000+例细胞悬液样本流转。经诺禾实验研发人员研究发现,部分组织类型在经过流式纯化后测序质量有明显提升。对特定组织类型的细胞悬液进行流式分析,助力老师拿到质量更高的数据。

图1 部分组织过流式前后的对比


对于,优先推荐抽核实验,如进行单细胞悬液制备,推荐优先送至天津、上海实验室,实验室配备流式细胞仪,可对制备后的悬液进行质量优化。



样本送样建议如下


表1 样本寄送建议

由于临床样本或动物造模样本差异,其他样本类型发现驻地存在有核率低且无法有效提升的情况,可引导客户与天津或上海的实验专家沟通,由专家评估是否可通过流式改善实验质量。



送样建议


需要过流式的细胞悬液需要较其他样本更高的细胞量

需要过流式的样本送样量可参考:脑、脊髓不低于0.5g,心脏、肌肉不低于0.8g

以确保解离出来的起始细胞量不低于50个细胞



诺禾实测数据


诺禾对小鼠-脑、猴-心脏样本的处理,在测序前经过流式纯化,得到了质量较高的数据

图2 小鼠脑样本在流式纯化后捕获上机数据展示



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单细胞空间的介绍


诺禾致源成立至今已13年,作为创立于中国、服务全球科学家的基因科技产品和服务提供者,诺禾致源的测序实验室已遍布世界各地,海外实验室包括美国、英国、新加坡等等。诺禾致源的单细胞空间测序业务也已辐射全球数十个国家,支持全世界科学家发表高分文章283篇,影响因子共4300+,涉及研究领域和项目经验不仅包括医学研究如肿瘤异质性、干细胞分化、组织器官发育、免疫微环境等等,还有其他哺乳动物、家禽、水生动物、经济作物等众多物种的样本处理经验,成功制备样本30000多例;技术平台囊括10x Chromium、10x Visium、10x Xenium、Stereo-seq、BD Rhapsody、Nanostring DSP、MobiNova等多个平台,满足您的多组学研究需求。在未来,诺禾致源将继续秉承“专业、创新、诚信、共赢”的价值观,为您提供更优质的基因科技产品和服务。




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