hWGS赋能队列研究!三重惊喜好礼诚邀您来共享!

企业   2024-10-25 17:02   天津  

队列研究主要就是凭借特殊的群体优势,借助基因测序和生物信息分析等手段,解释疾病病因学问题。为了让您清晰了解队列研究,接下来就跟随小编一起解锁队列研究的应用方向与研究思路吧。

队列研究早期主要应用在流行病学研究中,其中,“队列(cohort)”一词指一段时间内追踪的一组人群,研究者们通过追踪具有明确特征的人群,对其进行随访以确定某些特定疾病的发病率或死亡率、所有死因或其他结果的特征[1]。队列研究作为人群研究中可信度较高的研究方法之一,具有病因学证据强、可获得人群基线资料、评估预防效果等不可比拟的优势,现已被用于精准医学研究、生殖健康及重大出生缺陷防控研究、重大慢性非传染性疾病防控研究、自然人群队列研究以及专病队列研究等多种研究[2-3]


全基因组测序(WGS)能够检测到基因中的所有变异,使得研究人员能够全面了解基因组。随着测序技术的发展,WGS已逐渐成为队列研究中不可或缺的研究手段。


01

人群队列研究思路

1.

致病机制研究

(1) 

癌症是70岁以下人群死亡的第一或第二大原因,而癌症的基因组自胚胎发育以来已经累积了数以千计的遗传突变,通过对大规模人群队列进行WGS测序,可以研究癌症的遗传病因学,这有助于揭示罕见致病变异的全貌,拓宽对癌症遗传病因学的认识,为癌症的精准预防、治疗等提供重要参考。跨不同癌症类型的全基因组测序数据分析有助于发现不同类型癌症间的共性和差异,促进对癌症的深入理解。WGS在癌症队列研究中的应用,有助于深入理解癌症的遗传基础、发展过程、治疗方案以及不同类型癌症间的共性和差异,从而推动癌症研究的发展,提高癌症的诊断、预防和治疗水平。例如,有文章应用WGS分析了英国人群整体的癌症突变特征[4],中国人群肝癌突变特征[5],中国人群原发性中枢神经系统淋巴瘤的基因组特征[6]

(2) 

遗传类疾病的发病因素较为复杂,涉及遗传和环境等多方面因素,现在许多遗传类疾病的发病机制尚不清楚。WGS可以用于研究复杂疾病相关的基因变异,通过分析大量人群的基因数据识别与疾病风险相关的基因变异,从而更好地理解疾病的发病机制。WGS已被越来越多的应用于疾病相关的队列研究当中,例如,有文章应用WGS分析了英国人群线粒体疾病的遗传基础[7],全种族人群与血脂相关的变异情况[8],北美白种人群阿尔茨海默病的变异特点[9]

疾病/癌症突变特征研究思路参考:

图1. 疾病/癌症突变特征研究思路示意图

2.

治疗效果评价研究

队列研究可以用于评估治疗方案的有效性,研究者通过比较不同药物治疗的疗效差异,为临床医生选择最佳治疗方案提供科学依据。研究者通过追踪患者的治疗过程和长期预后,还可以了解治疗效果的稳定性和持久性,以及可能出现的复发情况。在临床治疗方案的评估中,选择合适的队列入组人群,准确的治疗效果判定方法对于队列研究的准确性至关重要。WGS测序技术一方面可以从分子层面对患者特征进行判断与分类,帮助研究者精确筛选出所要研究的队列人群,另一方面可以从分子层面对患者治疗效果进行评价,补充了传统生化检测与影像学检测技术覆盖不到的范围。现已有越来越多的研究将WGS运用在治疗效果评价的队列研究当中,如研究者将WGS用于中国耐多药或广泛耐药结核病患者治疗方案的评价[10],转移结直肠癌治疗效果的评价[11],预测三阴性乳腺癌对铂治疗的反应[12]

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图2. 疾病/癌症疗效评价研究思路示意图


02

诺禾致源人全基因组测序解决方案

诺禾致源能够为客户提供人全基因组测序的全方位专业服务。涵盖疾病研究与癌症研究两大重要领域。诺禾致源以先进的技术和专业的团队,致力于在疾病方面深入挖掘基因组信息,为疾病的诊断、治疗和预防提供有力支持;同时,在癌症领域,积极开展基因组学研究,助力癌症的早期筛查、精准治疗和预后评估。

疾病

  

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参考文献

[1] Morabia A. A History of Epidemiologic Methods and Concepts. Birkhaeuser Verlag; Basel: 2004. pp. 1–405.

[2] Belbasis L, Bellou V. Introduction to epidemiological studies[J]. Methods Mol Biol, 2018, 1793: 1–6.

[3] Jing-li YANG, Wen-ya HUANG, Pei-yao HUANG, . Established and on-going cohort studies in China: a literature study[J]. Chinese Journal of Public Health, 2019, 35(10): 1393-1399.

[4] Degasperi A, Zou X, Amarante TD, Martinez-Martinez A, Koh GCC, Dias JML, Heskin L, Chmelova L, Rinaldi G, Wang VYW, Nanda AS, Bernstein A, Momen SE, Young J, Perez-Gil D, Memari Y, Badja C, Shooter S, Czarnecki J, Brown MA, Davies HR; Genomics England Research Consortium; Nik-Zainal S. Substitution mutational signatures in whole-genome-sequenced cancers in the UK population. Science. 2022 Apr 22;376(6591):science.abl9283.

[5] Chen L, Zhang C, Xue R, Liu M, Bai J, Bao J, Wang Y, Jiang N, Li Z, Wang W, Wang R, Zheng B, Yang A, Hu J, Liu K, Shen S, Zhang Y, Bai M, Wang Y, Zhu Y, Yang S, Gao Q, Gu J, Gao D, Wang XW, Nakagawa H, Zhang N, Wu L, Rozen SG, Bai F, Wang H. Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas. Nature. 2024 Feb 14.  

[6] Yuan X, Yu T, Zhao J, Jiang H, Hao Y, Lei W, Liang Y, Li B, Qian W. Analysis of the genomic landscape of primary central nervous system lymphoma using whole-genome sequencing in Chinese patients. Front Med. 2023 Jul 7. doi: 10.1007/s11684-023-0994-x. Epub ahead of print. PMID: 37418076.

[7] Katherine R Schon, Rita Horvath, Wei Wei, et al. Use of whole genome sequencing to determine genetic basis of suspected mitochondrial disorders: cohort study. BMJ, 2021, 375.

[8] Selvaraj MS, Li X, Li Z, et,al. Whole genome sequence analysis of blood lipid levels in >66,000 individuals. Nat Commun. 2022 Oct 11;13(1):5995.

[9] Ming C, Wang M, Wang Q, Neff R, Wang E, Shen Q, Reddy JS, Wang X, Allen M, Ertekin-Taner N, De Jager PL, Bennett DA, Haroutunian V, Schadt E, Zhang B. Whole genome sequencing-based copy number variations reveal novel pathways and targets in Alzheimer's disease. Alzheimers Dement. 2022 Oct;18(10):1846-1867.

[10] Fu L, Zhang X, Xiong J, Sun F, Weng T, Li Y, Zhang P, Li H, Yang Q, Cai Y, Liang H, Chen Q, Wang Z, Liu L, Chen X, Zhang W, Deng G. Selecting an appropriate all-oral short-course regimen for patients with multidrug-resistant or pre-extensive drug-resistant tuberculosis in China: A multicenter prospective cohort study. Int J Infect Dis.2023 Oct;135:101-108.

[11] Mendelaar PAJ, Smid M, van Riet J, Angus L, Labots M, Steeghs N, Hendriks MP, Cirkel GA, van Rooijen JM, Ten Tije AJ, Lolkema MP, Cuppen E, Sleijfer S, Martens JWM, Wilting SM. Whole genome sequencing of metastatic colorectal cancer reveals prior treatment effects and specific metastasis features. Nat Commun. 2021 Jan 25;12(1):574.

[12] ter Brugge, P., Moser, S.C., Bièche, I. et al. Homologous recombination deficiency derived from whole-genome sequencing predicts platinum response in triple-negative breast cancers. Nat Commun 14, 1958 (2023).


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