项目文章|距离高分研究文章,你还差一项空间转录组学-医学篇

企业   2024-10-31 17:20   天津  



Advanced science

Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis

2024年9月

17.694

禾致源10x Genomics Visium  ONT三代全长

食管鳞癌是一种侵袭性强、预后差的癌症类型并且化疗耐药和转移问题依然严重影响治疗效果。目前已经有研究证明了可变剪切对耐药性的影响,并且可变剪切调节可能影响剪切本的比例或新剪切本的出现。然而,在空间角度下探索可变剪切在耐药中的作用尚未见报道。并且传统研究方案是基于短读长测序,这使得以往的研究无法量化可变剪切事件。刘芝华研究团队通过结合能够实现长读长测序的ONT测序和10x的Visium空间转录测序平台检测和量化剪切变体的空间表达。通过获取治疗靶点剪切变异体的空间分布,可以将研究分辨率从“一个基因一个表型”提高到“一个剪切本一个表型”。“一基因一表型”意味着可以分析的基因信息只有3万个,而“一剪切本一表型”将带来近30万个剪切本的信息。通过提高研究分辨率,耐药机制也将得到很好的研究。除了搭建空间转录本测序(SiT)平台,此研究也结合了单细胞数据,通过对肿瘤和转移淋巴结组织里转录本更精细的空间和细胞层面分析,找到了新的治疗突破口。






Immunity

Interleukin-34-orchestrated tumor-associated macrophage reprogramming is required for tumor immune escape driven by p53 inactivation

2024年8月

32.4

禾致源10x Genomics Visium

作为癌症中最常见的基因突变,超过一半的人类癌症中存在导致转录失活的p53突变。然而p53如何调节免疫景观以形成一个有利于免疫逃逸的生态位仍然不清楚。研究发现在p53失活的肝癌中,癌症干细胞(CSCs)建立了一个由白介素-34(IL-34)主导的生态位以促进肿瘤发生。机制上发现Il34是一个受到p53转录抑制的基因,p53的失活导致CSCs分泌IL-34。IL-34通过CD36介导的脂肪酸氧化代谢增加,驱动泡沫样肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的M2样极化。这些由IL-34主导的TAMs抑制了CD8+T细胞介导的抗肿瘤免疫,从而促进了免疫逃逸。阻断IL-34-CD36通路引发了抗肿瘤免疫,并与抗PD-1免疫疗法协同作用,最终导致完全缓解。该研究结果揭示了p53调节肿瘤免疫微环境的潜在机制,并为p53失活相关癌症的免疫疗法提供了一个潜在的靶点。






ACS Nano

Effect of Bioactive Black Phosphorus Nanomaterials on Cancer-Associated Fibroblast Heterogeneity in Pancreatic Cancer

2024年7月

15.8

禾致源10x Genomics Visium

肿瘤与基质的相互作用和肿瘤微环境中的基质异质性是影响胰腺导管腺癌(PDAC)进展、转移和化疗耐药的关键因素。在这项研究中使用了空间转录组学技术分析原发性PDAC和肝转移的PDAC在生物活性BP纳米材料治疗后的基因表达全景图。采用PDAC小鼠模型(LSL-KrasG12D/+LSL-Trp53R172H/+;和Pdx-1-Cre小鼠)。生物信息学和生化分析显示,生物活性BP通过抑制癌症相关成纤维细胞(CAF)的活化来影响肿瘤与基质的相互作用。研究结果显示,生物活性BP通过减少炎性CAF和肌成纤维CAF这两种CAF亚群的数量来减少CAF的异质性。本项研究阐述了生物活性BP对肿瘤-基质相互作用和CAF异质性的影响,并建议生物活性BP作为一种潜在的PDAC治疗手段。






Advanced science

Single-Nucleus Multiomic Analyses Identifies Gene Regulatory Dynamics of Phenotypic Modulation in HumanAneurysmal Aortic Root

2024年3月

17.521

禾致源10x Genomics Visium

主动脉根部动脉瘤是一种可能危及生命的疾病,可能导致主动脉破裂,且常与遗传综合征有关,如马凡综合征(MFS)。虽然对MFS动物模型的研究提供了关于主动脉根部动脉瘤发病机制的重要见解,但对人类主动脉根部组织中转录组和表观基因组特征的理解仍不完全。这一知识空白阻碍了有效靶向治疗的开发。本研究首次对健康和MFS状态下人类主动脉根部组织的单核多组学(基因表达和染色质可及性)及空间转录组测序数据进行了综合分析。识别了人类主动脉根部的细胞类型特异的转录组和顺式调控图谱。描述了作为主要细胞类型的血管平滑肌细胞(VSMCs)在表型调制期间的调控和空间动态。此外,还识别了可能驱动VSMC表型调制的关键调控因子,如FOXN3、TEAD1、BACH2BACH1。体外实验表明,FOXN3通过靶向ACTA2作为维持人类主动脉VSMCs收缩表型的新型关键调控因子。这些发现为人类主动脉根部动脉瘤表型调制期间的调控和空间动态提供了新的见解。





诺禾致源空间多组学服务体系


诺禾致源单细胞空间测序平台


诺禾致源成立至今已13年,作为创立于中国、服务全球科学家的基因科技产品和服务提供者,诺禾致源的测序实验室已遍布世界各地,海外实验室包括美国、英国、新加坡等等。诺禾致源的单细胞空间测序业务也已辐射全球数十个国家,支持全世界科学家发表高分文章297篇,影响因子共4400+,涉及研究领域和项目经验不仅包括医学研究如肿瘤异质性、干细胞分化、组织器官发育、免疫微环境等等,还有其他哺乳动物、家禽、水生动物、经济作物等众多物种的样本处理经验,成功制备样本30000多例;技术平台囊括10x Chromium、10x Visium、10x Xenium、Stereo-seq、BD Rhapsody、Nanostring DSP、MobiNova等多个平台,满足您的多组学研究需求。在未来,诺禾致源将继续秉承“专业、创新、诚信、共赢”的价值观,为您提供更优质的基因科技产品和服务。


诺禾致源科服
国内规模领先的高通量测序公司,高通量测序,生物信息分析,科研服务,临床检测。
 最新文章