天成未来 | 大麦/青稞泛基因组外显子测序芯片

学术   2024-12-16 00:29   上海  

随着大麦泛基因组工作的公开发表,大麦进入了功能基因时代。为了更好的帮助科研工作进行大麦/青稞的功能基因组学及遗传学研究,我们在小麦、燕麦、烟草、林木等植物外显子开发的成功经验上,推出了大麦/青稞泛基因组外显子测序芯片


图1 早期文献报道大麦外显子捕获测序工具



大麦泛基因组外显子芯片使用发表在Nature及其他杂志的20个大麦/青稞基因组外显子区域进行设计,能够同时对大麦及青稞的外显子区域进行高质量捕获测序分析。


图2 大麦泛基因组芯片设计的部分基因组来源


相比于重测序,外显子捕获芯片通过特异性结合DNA中基因区域的序列(UTR+CDS+部分intron),仅对外显子区域的序列进行测序,从而大大减少测序数据的需求,降低数据分析及存储的成本。


外显子芯片的应用


1

突变体库测序

突变库是加速作物基础研究的重要工具之一,是作物新基因与重要基因克隆的重要途径,同时诱变也是作物种质资源创新的主要方法。

在水稻、玉米等基因组较小的物种中通常使用重测序的方式进行大规模的检测。而对于复杂的麦类基因组,外显子捕获测序是大规模突变库测序的最优选择。

天成未来是国内应用外显子捕获技术在作物突变体库检测中成果最丰富的企业,利用外显子测序技术完成了多个复杂基因组作物的突变库测序。


图3 基于外显子测序的四倍体及六倍体小麦突变库


图4 天成未来合作文章-小麦Jing411突变库


图5 天成未来合作文章-小麦KN9204突变库


2

大规模自然群体分析

利用外显子测序进行大规模自然群体分析是一项经济高效的手段,外显子捕获测序能够提供几乎全部基因的变异情况及单倍型信息。同时避免对大量的重复序列及基因间区测序,减少了大量的数据获取及分析成本。在GWAS分析中,外显子捕获测序能够提供高密度的遗传变异位点,保障关联分析的效果不打折扣。


图6 利用芯片发表论文参考-自然群体


3

双亲群体定位分析

图7 利用芯片发表论文参考-定位分析

QTL-mapping

利用外显子捕获测序进行群体QTL分析可获得超高密度的遗传图谱,保证基因区域的差异不遗漏。


BSA-mapping

使用BSA混池方法进行功能基因的定位已经成为作物功能基因研究的重要方法。BSA分析中,往往需要对混池进行深度的测序,30X~50X大麦基因组覆盖需要130G~220G的数据量,使用外显子捕获测序仅需10G数据量即可获得30X~50X的覆盖效果。


惊喜活动

使用外显子芯片进行突变库测序

赠送  突变体数据库开发


使用外显子芯片进行自然群体测序

赠送  GWAS及群体遗传分析


使用外显子芯片进行双亲群体测序

赠送  QTL分析或BSA分析


芯片价格

1

TCGTS-Uni-Barley-20K

中低密度芯片  60元起

2

TCGTS-Uni-Barley-100K

高密度芯片    150元起


服务流程

图8 芯片检测流程示意图

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