《Nature Communications》| scRNA-seq揭示头颈癌早期转移过程中潜在的免疫逃避机制

文摘   2025-01-06 09:06   江苏  


学习手册

本次教程中,我们复写了题为"Single cell analysis in head and neck cancer reveals potential immune evasion mechanisms during early metastasis"的文章(https://doi.org/10.1038/s41467-023-37379-y)。
本文研究了头颈鳞状细胞癌(HNSCC)的早期淋巴结转移过程中的潜在免疫逃逸机制。通过单细胞RNA测序(scRNAseq)和单细胞T细胞受体测序(scTCRseq),作者分析了肿瘤细胞CD8+ T细胞在转移过程中不同状态的进化轨迹。研究目标是鉴定具有转移潜能的肿瘤细胞亚群以及关键的可治疗的脆弱点,同时探讨肿瘤相关T细胞的功能衰竭机制及其免疫调节途径。主要发现包括:
(1)鉴定出一个具有前转移特性的肿瘤细胞亚群,其依赖于AXL和AURK信号通路,抑制这些通路可以显著降低肿瘤侵袭能力;
(2)通过分析CD8+ T细胞轨迹(拟时序分析| 3.monocle2实操:完整版),发现功能衰竭是由SOX4调控的,并通过外部数据验证了这一机制;
(3)进一步研究表明,中枢信号途径,如Midkine(MDK),在肿瘤和免疫细胞之间的交互中发挥重要的免疫抑制作用。
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本教程复现集锦



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所见即所得

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教程目录

一、文献解读

1.0复现集锦

1.1背景介绍

1.2主要内容

1.3总结讨论

二、准备工作

2.1硬件准备

2.2单细胞基础

三、数据下载、处理和可视化

1.读取数据

2.数据整理、信息整理

3.UMAP降维

4.细胞Marker小提琴图

5.分组细胞比例堆叠图

四、拟时序分析

  1. EMT评分

  2. 分化轨迹

  3. CytoTRACE

  4. CD8+ T细胞亚群

  5. Sligshot

五、参考


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