代码复写《Developmental Cell》|利用scRNA-seq对新生儿~成人肝脏发育和成熟的时间分析

文摘   2025-01-06 09:06   江苏  


学习手册

本次教程中,我们复写了题为"Temporal analyses of postnatal liver development and maturation by single-cell transcriptomics"的文章(DOI: 10.1016/j.devcel.2022.01.004)。本研究提供了详细的图谱,通过单细胞分辨率的逐步变化,以说明新生儿肝脏如何发育成主要代谢器官。通过拟时序分析揭示了肝细胞和liver sinusoid endothelial cells (LSEC )在代谢区构建中的渐进和协同发育和功能成熟的过程。主要发现包括:
(1)在 D7 鉴定出一组巨噬细胞,其表现出巨噬细胞和内皮细胞的混合表型。
(2) 分析预测了出生后的肝脏生物钟受 Bhlhe40 (Dec1) 等因素的调节,还推断了几个关键代谢途径适应新生儿生命剧烈环境变化的动态变化。
(3) Dcn+ macrophage (Dcn+ Mac) 和 Treg 细胞之间的 CXCL12-GRK6-CXCR4 信号传导可能促进 Treg 细胞的募集和活性

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本教程复现集锦

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所见即所得

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教程目录

一、文献解读

1.0复现集锦
1.1背景介绍
1.2主要内容
1.3总结讨论

二、准备工作

2.1硬件准备
2.2单细胞基础

三、数据下载、处理和可视化

1.数据下载
2.读取数据(h5数据)
3.Seurat标准流程
4.拆分出肝细胞并按照时间点拆分细胞进行分析
5.Monocle2拟时序分析
6.不同时间点免疫细胞比例
7.细胞通讯分析

四、参考


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