贝纳基因ONT超精度测序SAR Q20系列产品——SAR20 ONT超长测序

学术   2024-09-24 17:19   湖北  

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贝纳基因自研的ONT super-long提取试剂盒+完善的提取和建库测序的工艺流程,保证测序读长足够长,目前可实现N50>200K;庞大的GPU集群+Dorado V5的最新Basecall大模型,保证得到正确的序列,实现又长又准的测序。


ONT超长测序在T2T基因组组装过程中起着关键的作用,但是ONT数据准确性不足,需要使用二代数据或HIFI数据进行纠错;目前SAR20 ONT超长测序的实现,将有效提高ONT组装基因组的准确性。


01

实测一:

人类样本,SAR Q20数据碱基质量中位值达到Q28(准确性:99.84%);


不同basecalling模式下Q值的比较


注:原有高精度Hac basecalling质控模型,hac-v4.3.0,单链读取Q20(准确性:99%);hac-v5.0.0,单链读取Q21(准确性:99.2%);超高精度Sup basecalling质控模型,sup-v4.3.0,单链读取Q24(准确性:99.60%);SAR,达到单链读取Q28(准确性:99.84%)。


02

实测二:

植物样本SAR Q20数据碱基质量中位值达到Q20 (准确性:99.00%)


不同basecalling模式下Q值的比较


注:原有高精度Hac basecalling质控模型,hac-v4.3.0,单链读取Q11(准确性:92.06%);hac-v5.0.0,单链读取Q11(准确性:92.06%);超高精度Sup basecalling质控模型,sup-v4.3.0,单链读取Q16(准确性:97.49%);SAR,达到单链读取Q20(准确性:99.00%)。








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武汉贝纳科技有限公司(下称"贝纳基因")成立于2012年,总部位于武汉高农生物园,是一家专注于Nanopore测序、二代测序和生物信息分析技术开发和应用的国家高新技术企业。核心团队拥有多年高通量测序、Nanopore测序和生物信息分析经验,在Nature和Science系列杂志发表多篇学术论文,博士、硕士学历员工占企业员工总数的72%。拥有自主测序平台(国内首批引进Nanopore PromethION平台)和专业的生物信息分析团队。


贝纳基因使用Nanopore平台完成全球第一个大型复杂植物基因组(菊花基因组)的组装和后续分析工作。提出并推动千种本草基因组计划,并构建药用植物基因组数据库,推动药材研究的发展。


贝纳基因使用Nanopore平台完成数千份细菌基因组、宏基因组测序和数据分析;完成数千份全长转录组和Direct转录组测序及分析。提出并推动基于Nanopore测序的万种微生物基因组完成图计划和十万人的Nanopore宏基因组研究计划。


贝纳基因开发了基于Nanopore平台的微生物检测体系,自主开发的数据库涵盖现已正式发表的所有微生物基因组,大型测序仪单机一次运行可以产生7.2T数据,小型便携式测序系统可用于临床检测和野外作业。


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