一次测序,同时检测4种RNA修饰,贝纳基因SAR20 Direct RNA 测序强势上线

学术   2024-10-30 17:08   湖北  

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贝纳基因SAR20 Direct RNA 测序技术采用自研的RNA提取试剂盒+完善的提取和建库测序的工艺流程,庞大的GPU集群+Dorado V5的最新Basecall大模型,保证测序足够长的同时得到准确的序列信息。该技术利用Nanopore配套软件Dorado的最新模型可以同时超高精度地预测4种类型(包括m6A、m5C、假尿苷(Ψ)和肌苷(I)等)的RNA修饰位点,从而为 RNA 生物学功能的深入研究提供有力支持。


m6A和假尿苷鉴定的准确度(ONT官方数据)


m6A、m5C和肌苷鉴定的准确度(ONT官方数据)


自然界RNA中存在非常多种类型的修饰。近年的研究揭示真核细胞mRNA上的m6A、m5C、m1A和假尿苷(Ψ)、肌苷(I)等修饰具有重要的生物学功能,在转录后调控、RNA稳定性、翻译调控等方面发挥着重要作用。结合抗体捕获、化学突变和限制性酶切等方法的高通量测序技术如MeRIP-Seq、m6ACE-Seq、miCLIP等,已经被广泛用于对mRNA某一种类型修饰位点的鉴定。然而,这些方法在多种修饰类型的同时检测方面存在局限性。此外,传统的机器学习方法在处理复杂的RNA修饰检测任务时,往往需要大量的训练数据和较高的计算成本。



纳米孔RNA直接测序(Direct RNA Sequencing, DRS)能够对带有Poly(A)尾的全长mRNA进行直接测序,mRNA穿过纳米孔时产生的电信号差异可用于推断单条mRNA上每个碱基的类别及其修饰信息。随着模型算法的不断升级,DRS有望实现一次测序,同时识别全部类型的RNA修饰,贝纳基因DRS分析会持续更新Dorado的最新模型算法,确保第一时间为客户提供最精准前沿的分析服务。


贝纳基因使用Direct RNA测序技术可以对天然RNA进行异构体鉴定、对UTR和Poly(A)尾长度进行分析,可对单碱基修饰(m6A、m5C、假尿苷ψ和肌苷I等)进行检测。贝纳基因现已完成3000+样本的Direct RNA测序服务,覆盖人细胞和肿瘤,动植物组织和细胞、真菌、病毒等各类型的样品,并发表多篇高水平文章。









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武汉贝纳科技有限公司(下称"贝纳基因")成立于2012年,总部位于武汉高农生物园,是一家专注于Nanopore测序、二代测序和生物信息分析技术开发和应用的国家高新技术企业。核心团队拥有多年高通量测序、Nanopore测序和生物信息分析经验,在Nature和Science系列杂志发表多篇学术论文,博士、硕士学历员工占企业员工总数的72%。拥有自主测序平台(国内首批引进Nanopore PromethION平台)和专业的生物信息分析团队。


贝纳基因使用Nanopore平台完成全球第一个大型复杂植物基因组(菊花基因组)的组装和后续分析工作。提出并推动千种本草基因组计划,并构建药用植物基因组数据库,推动药材研究的发展。


贝纳基因使用Nanopore平台完成数千份细菌基因组、宏基因组测序和数据分析;完成数千份全长转录组和Direct转录组测序及分析。提出并推动基于Nanopore测序的万种微生物基因组完成图计划和十万人的Nanopore宏基因组研究计划。


贝纳基因开发了基于Nanopore平台的微生物检测体系,自主开发的数据库涵盖现已正式发表的所有微生物基因组,大型测序仪单机一次运行可以产生7.2T数据,小型便携式测序系统可用于临床检测和野外作业。


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