单细胞转录组学研究纤维组织异质性:RNA测序制备方法在糖尿病视网膜病变研究中的应用

学术   科学   2024-10-28 07:30   北京  

本文通过ChatGLM/GPT进行辅助对近期Bio-protocol 期刊发表的方案进行解读和概括,若感兴趣请点击“阅读原文”查看详细的实验流程及试材。如果解读中有任何错误或遗漏,敬请指正

2024年10月20日,Bio-protocol 期刊在线发表了美国西北大学(Northwestern University)Amani A. Fawzi团队题为“Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing”的方法文章。

https://doi.org/10.21769/BioProtoc.5096
关键词单细胞RNA测序 单细胞RNA测序数据分析 测序 手术标本 纤维血管膜

单细胞RNA测序(scRNA-Seq)是一种用于分析从单个细胞中提取的RNA的技术,能够揭示每个细胞在特定时间点的基因表达情况。单细胞RNA测序的关键优势在于它能够揭示组织样本中不同细胞类型的特定功能和状态,这在使用传统的批量RNA测序技术时往往是无法实现的

增生性糖尿病视网膜病变(PDR)是糖尿病晚期的严重并发症,主要表现为前视网膜空间内纤维血管膜和瘢痕组织的形成,这些病理变化可能导致视网膜牵拉和脱离,最终引起视力丧失。为了深入了解PDR中纤维血管膜形成的分子机制及其细胞间的相互作用,单细胞RNA测序(scRNA-Seq)技术成为了一个强有力的工具。该技术自2009年首次报道以来,在多个生物医学领域中逐渐成熟,特别是在视网膜生物学中,它不仅帮助构建了从胎儿到成人的视网膜转录组图谱,还揭示了视网膜发育阶段的细胞异质性和病理条件下的细胞特异性基因表达变化。通过scRNA-Seq分析,研究者能够以前所未有的精度揭示病理状态下单个细胞的分子特征,为发现新的治疗靶点和改善治疗策略提供了可能


  • 文章描述了一种基于胶原酶I的消化方法,专门用于处理增生性糖尿病视网膜病变(PDR)患者手术移除的纤维血管组织,以制备单细胞悬浮液,适合特别纤维化的组织。

  • 利用RStudio中的Seurat包进行单细胞RNA测序数据的分析,这一点显示了该研究在数据处理和细胞表达分析方面的高级应用。

  • 通过伪时间分析研究特定细胞类型随时间的轨迹变化,有助于了解细胞状态转换和病理进程。

  • 疾病机制研究
    通过使用单细胞RNA测序技术研究增生性糖尿病视网膜病变(PDR)中的细胞异质性,能够深入理解病变组织中各类细胞的分子特性,为揭示PDR的病理机制提供关键线索。
  • 新疗法开发
    ‍通过分析PDR患者纤维血管膜中的细胞交互作用和表达谱,可以识别潜在的治疗靶点,开发针对特定细胞或信号通路的治疗方法,有助于改善或逆转疾病进程。
  • 个性化医疗
    单细胞分析技术能够提供每个病人组织中的细胞特异性信息,这可能支持个性化医疗策略的制定,比如根据患者特定的细胞组成和功能状态来定制治疗方案。


这个方法的可重复性已经被本文作美国西北大学(Northwestern University)Amani A. Fawzi团队验证过,相关实验数据与结果发表在JCI Insight,DOI:10.1172/jci.insight.172062

温馨提示:积极引用本文不仅是对作者创新技术和科研共享的最佳肯定,也是确保实验可复现性的重要方式。

Scheri, K. C., Tedeschi, T. and Fawzi, A. A. (2024). Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing. Bio-protocol 14(20): e5096. DOI: 10.21769/BioProtoc.5096.

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