1 (Nat Aging) 空间转录组学和蛋白质组学揭示新冠病毒感染的全脑改变
3 (Nat Comm) 基于动态网络标志物的多组学分析预测肺腺癌器官特异性转移
4 (Nat Comm) 胶质瘤蛋白质组学新分型揭示核苷酸代谢新靶点
5 (Nat Comm) 基于蛋白质基因组学的非小细胞肺癌分子亚型鉴定
6 (Nat Comm) 宫颈癌的蛋白质基因组学分析揭示治疗和生物学新见解
7 (Alzheimers Dement) 阿尔茨海默病脑区蛋白质组学的种族差异研究
1.（Nat Aging，IF：17）空间转录组学和蛋白质组学揭示新冠病毒感染的全脑改变
11月14日，加州大学洛杉矶分校大卫格芬医学院的研究团队在 Nature Aging 发表研究，通过对42例新冠患者及匹配对照组的多脑区样本进行空间转录组学、RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了新冠病毒感染对脑部的广泛分子影响。
结果表明，在无直接活跃病毒感染的情况下，大脑多区域表现出抗病毒反应；深层兴奋性神经元（第5、6层）在线粒体和突触功能通路上显著下调，同时胶质细胞炎症反应增强。这些变化在转录组和蛋白组中一致，且与帕金森病、阿尔茨海默病等神经退行性疾病显著重叠。
研究指出，观察到的分子异常可能由全身免疫反应和脑血管屏障功能紊乱驱动，而非直接病毒感染，提示线粒体功能和炎症反应为潜在治疗靶点。通过多组学技术和全面分析，该研究揭示了严重急性/亚急性新冠感染对大脑的系统性影响，为理解新冠相关神经病变及其潜在干预策略提供了重要依据。
实验设计
https://www.nature.com/articles/s43587-024-00730-z
2.（Nucleic Acids Res，IF：16.6）scProAtlas：人类组织中的多重单细胞空间蛋白质组学成像图谱
11月11日，得克萨斯大学休斯顿健康科学中心和西安电子科技大学的研究团队合作在 Nucleic Acids Research 发表研究，构建了一个名为scProAtlas的知识库。
scProAtlas集成了8种空间蛋白质组学成像技术数据，覆盖15种人类组织、945个区域、共计17,468,394个细胞，旨在以单细胞分辨率全面解析组织内的空间结构和功能关系。
通过多模块功能（如邻域分析、邻域网络、空间基因识别等），scProAtlas系统地提供从局部区域到分子水平的多尺度功能注释，揭示细胞类型的空间分布、区域间的通信关系及空间基因表达模式。
scProAtlas的多模态整合结合scRNA-seq数据，扩展至基因层面分析，为研究组织异质性及空间功能提供了一种创新性工具，并为未来基于空间蛋白质组学的大规模预测模型训练奠定了基础。
3.（Nat Comm，IF：14.7）基于动态网络标志物的多组学分析预测肺腺癌器官特异性转移
11月14日，同济大学附属上海市肺科医院和中科院生物化学与细胞生物学研究所的研究团队共同在 Nature Communications 发表研究。
通过动态网络生物标记（DNB）算法结合多组学数据（包括两组四种主要肺腺癌转移类型的患者单细胞RNA测序和血清蛋白质组学数据），研究人员成功识别了肺癌转移前状态的关键基因及其血清分泌蛋白标志物（如SAA1在骨转移中的预测作用），并构建了一个基于神经网络的预测模型，准确预测转移状态及特定转移器官，验证其高精度。
研究发现癌细胞在伪时间序列中存在中间阶段，在该阶段尚未表现器官趋向性转移，标志物表达已显著改变，为转移早期诊断提供了可靠工具，显著提升了液体活检的临床可行性和预测能力。
研究流程
4.（Nat Comm，IF：14.7）胶质瘤蛋白质组学新分型揭示核苷酸代谢新靶点
11月19日，复旦大学附属华山医院毛颖/花玮/杨辉教授团队在 Nature Communications 上发表了胶质瘤蛋白质组学研究。
研究人员对188名胶质瘤患者的343例肿瘤样本（包括154例生物学重复样本）和53例正常脑组织样本进行了基于DIA/SWATH技术的定量蛋白质组学分析，全面探讨了胶质瘤的蛋白质组学特征。
研究首次从蛋白质层面揭示了脑胶质瘤的两个全新亚型——免疫亚型（S-Im）和代谢-神经亚型（S-Mn）：S-Mn亚型富集代谢酶和神经递质受体蛋白，涉及突触信号通路，表现出较好的临床预后；S-Im亚型上调免疫和炎症相关蛋白，如PD-1信号和死亡受体通路相关蛋白，与较差的临床预后相关。
https://www.nature.com/articles/s41467-024-54352-5
5.（Nat Comm，IF: 14.7）基于蛋白质基因组学的非小细胞肺癌分子亚型鉴定
对免疫微环境的全面特征分析显示，各分子亚型之间的免疫细胞组成和新抗原负荷存在差异，这可用于预测不同的预后结果。免疫学亚型表现为富集的 “热肿瘤”（hot tumor）状态，并对辅助治疗具有更高的疗效。
6.（Nat Comm，IF: 14.7）宫颈癌的蛋白质基因组学分析揭示治疗和生物学新见解
11月22日，中科院生物化学与细胞生物学研究所、中国医学科学院北京协和医学院、中科院上海营养与健康研究所、中国科学院大学等单位的研究团队在 Nature Communications 共同发表研究。通过对139例中国宫颈癌患者的肿瘤样本进行综合蛋白质基因组学（proteogenomic）分析，研究揭示了HPV感染相关的多组学变化全景。
研究发现，EP300促进了FOSL2-K222的乙酰化，从而加速了宫颈癌细胞的恶性增殖。通过蛋白质组分层分析，研究人员确定了三个患者亚组，它们在预后、遗传改变、免疫浸润以及翻译后修饰调控方面具有不同特征。
此外，PRKCB被鉴定为与宫颈癌患者放疗反应相关的潜在生物标志物，其高表达显著改善预后。该研究不仅补充了宫颈癌多组学数据的空白，还为个性化治疗和新型疗法的开发提供了理论依据。
https://www.nature.com/articles/s41467-024-53830-0
7.（Alzheimers Dement，IF: 13）阿尔茨海默病脑区蛋白质组学的种族差异研究
11月13日，埃默里大学医学院的研究团队在 Alzheimer’s & Dementia 发表了阿尔茨海默症（AD）的蛋白质组学研究。
研究人员通过对998例AD患者脑组织样本的深层蛋白质组学分析（覆盖约10,000种蛋白），分析了不同种族（非洲裔273例、拉丁裔229例、非西班牙裔白人434例）AD核心病理的种族差异。
结果显示，AD核心蛋白（如淀粉样前体蛋白APP和Tau蛋白）在种族间丰度一致，Aβ40和Aβ42等特定淀粉样蛋白亦无显著种族差异，表明AD核心病理机制在不同种族间普遍一致。同时，少量蛋白（如CXCL16和RGN在非洲裔中更高）表现出种族特异性变化，可能受遗传背景及社会健康决定因素影响。
研究为跨种族的AD生物标志物和治疗策略开发提供了重要数据支持，并强调了整合多组学与环境因素研究的必要性。
实验流程
https://alz-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/alz.14360
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