与空军决裂
海尼克的沼泽气体理论也引起了杰拉尔德·福特的注意以及愤怒。福特是来自密歇根州的权势显赫的共和党众议员，后来还当上了总统。作为回应，福特立即要求美国众议院军事委员会调查不明飞行物现象，他认为“美国公众理应得到比空军迄今为止给出的更好的解释”——意思是比海尼克给出的解释更好。众议院少数党领袖的这一要求等同于一道命令，因此不明飞行物听证会在福特提出要求仅一周后就举行了。
1966年4月5日，海尼克第一次在公众面前与空军决裂，他大胆地利用在军事委员会作证的机会这么做了。由于受到“沼泽气体”批评的刺痛，这位天文学家显然是想表明他不是空军或其他任何人的傀儡。在一份未得到“蓝皮书计划”主任昆塔尼拉少校批准的声明中，海尼克告诉在座的国会议员，不明飞行物现象存在一些方面“值得科学关注”，并呼吁成立一个由物理和社会科学家组成的小组，对他所称的“不明飞行物问题”进行认真分析。
海尼克后来解释自己的态度转变时说：
沼泽气体事件对我和空军都造成了极大的反弹。我开始为自己的怀疑态度感到内疚。而且一旦你打开了这样的可能性之门，即所有这些人不可能都弄错了，那么你就会以完全不同的眼光看待其他许多案例。
如我们所见，海尼克的“怀疑态度”实际上只是做给公众看的表象。作为一名长期研究神秘学的人，他对一些离奇的观念持非常开放的态度。例如，他相信存在超越物质层面的存在层面，他甚至还认可所谓的“心灵手术”和“心灵摄影”等案例。但正是媒体对“沼泽气体事件”的强烈反应，才让愤怒又尴尬的海尼克公开表达了他长期以来对不明飞行物的看法。
这对海尼克来说是一次冒险之举，但比起几年前，风险已经没那么大了。从那以后，他的天文学事业在很大程度上陷入了停滞。
成为支持不明飞行物的斗士
1957年，海尼克与空军合作发起了一个基于气球的天文学项目——后来被命名为“星空观察者计划”。该计划是要将配备望远镜的气球送到大气层中会扭曲图像的下层上方的高空。不幸的是，一系列的试射失败促使空军在1963年取消了“星空观察者计划”。这一决定对海尼克来说是毁灭性的，他似乎把自己的职业生涯都押在了这个项目的成功上。在给空军的一份措辞严厉的最终报告中，这位天文学家毫不留情。他写道：
无论如何，在一个项目已经让这么多人投入了这么长时间，而且在成功似乎已经有保障的时候，却将其搁置一旁，这在科学史上只能被列为一种犯罪行为，而且是以一种冷酷、轻率的方式进行的，完全不顾及相关人员的愿望、目标和理想。
海尼克公开成为一名支持不明飞行物的斗士，这在一定程度上是否是他下意识地想要报复空军取消“星空观察者计划”的一种尝试呢？
正如海尼克在国会作证时所建议的那样，空军很快资助了一项对不明飞行物的科学研究，科罗拉多大学的著名物理学家爱德华·U·康登被选中来领导这项研究。经过三年充满争议的研究，康登委员会在1969年得出结论：
进一步对不明飞行物进行广泛研究，可能无法指望借此推动科学的发展。
不出所料，海尼克对该委员会的报告不屑一顾，称其为“浪费时间”，但空军还是继续推进，在当年晚些时候关闭了“蓝皮书计划”。这位教授现在只能独自进行不明飞行物的调查了。
巨大的代价与UFO目击分类的诞生
1966年时，海尼克选择了他所能找到的最大“传声筒”来宣告自己作为不明飞行物拥护者的新事业：他给颇具声望且读者众多的《科学》杂志寄去了一封重磅信函，在信中他辩称不明飞行物值得进行科学研究。
《科学》杂志的编辑们很不情愿地发表了这封信，不过是在这位天文学家将信的内容透露给《芝加哥太阳时报》之后。海尼克随后还为《星期六晚邮报》、《纽约客》甚至《花花公子》等全国性刊物撰写有关不明飞行物的文章，并且在电视和广播节目中频繁露面。“媒体人雇艾伦就跟雇吉他手似的，”雅克·瓦莱在他的日记中写道，“他哪儿有聚光灯就往哪儿冲，要是聚光灯挪了地儿，他也跟着挪。”
海尼克的名声给他带来了巨大的代价：他失去了科学界同行们的尊重。“他同事们对他的态度已经转变到了轻蔑的程度，这让他很痛苦，”瓦莱在1968年记录道，“在天文学家群体中，他已经不再被当回事儿了。”
海尼克决心要向同事们证明他们是错的，于是开始着手写一本书，他声称这本书会以科学的方法来研究不明飞行物。1972年出版的《不明飞行物体验：一项科学探究》以一种冷静、就事论事的方式论证了不明飞行物现象的真实性。这本书最为值得注意的地方在于它对某些不明飞行物报告进行了分类，分为第一类接触（目击）、第二类接触（伴有物理效应的目击）和第三类接触（目击到不明飞行物中的乘员）。
对海尼克来说不幸的是，《不明飞行物体验》这本书进一步损害了他的学术地位。据瓦莱的一位天文学家朋友所言，海尼克的这本书“在（西北大学）教员中引发了对立情绪，使他成了一个有争议的人物。尽管《科学》杂志给出了较为公正的评价，但很多教授都觉得学校的声誉受到了玷污”。事实上，1982年，西北大学文理学院的院长在代表教员同事们向一位大学管理人员明确表态时说：“我们过去、现在以及将来都不会为海尼克的不明飞行物相关事务感到骄傲。很多人都认为他所做的这些和研究毫无关系。”
不明飞行物研究中心的成立
海尼克或许真的想恢复自己的科学地位，但他在20世纪70年代的行为显然没起到什么好作用。这位戴着眼镜、留着山羊胡的天文学家在那个时代的电视观众眼中是个熟面孔，他在从《迪克·卡维特秀》到《探索未知》等各类节目中高谈阔论“不明飞行物问题”。
1973年末，他认可了密西西比州帕斯卡古拉两名造船厂工人有关外星人绑架的说法，称这两人有过“一次非常真实的经历”。他还加入了由《国家询问报》组建的一个不明飞行物专题小组：该小组将悬赏5万美元给“第一个向小组证明不明飞行物来自外太空且并非自然现象的人”。在这十年接近尾声的时候，海尼克甚至还在史蒂文·斯皮尔伯格的《第三类接触》中客串了8秒钟。他在利润丰厚的大学巡回讲座中也是个受欢迎的人物。后来他还向一位朋友吹嘘说：“我每次讲座挣的钱都比我在西北大学的月工资还多。”
海尼克在西北大学的校外活动并没有让他得到西北大学管理层的好感。1973年秋天，在一波据称的不明飞行物目击事件之后，这位天文学家成立了不明飞行物研究中心，旨在作为不明飞行物报告的信息交换中心。他希望这个中心能设在西北大学校园内，但学校管理人员坚决拒绝了这一想法。校方管理人员坚持认为西北大学和这个不明飞行物中心之间不能有任何关联；海尼克甚至都不被允许使用他在西北大学的邮箱地址来处理任何与该中心相关的信件。
最终，这位教授愤愤不平地发了一系列愤怒的信件。他在其中一封信中愤怒地写道：
坦率地说，我很尴尬地不得不说，学校太保守了，竟然看不到这里面在科学和宣传方面的潜力。而且，我个人很反感那种暗示，即认为这个课题完全是无稽之谈，任何与之相关的人都是疯子（我就直说了！）”
退休后的研究
1978年从西北大学退休后，海尼克把大量时间都投入到了不明飞行物研究中心上。尽管他作为筹款人有不错的业绩——他曾为西北大学的林德海默天文研究中心从私人捐赠者那里筹到过资金——但他还是很难让自己的不明飞行物中心有稳固的财务基础：那些富有的潜在捐助者们经常用提供资金支持的承诺来吊他的胃口，但最后却让他失望。
最终在1978年，海尼克收拾好他的研究文件，把他的不明飞行物中心迁到了亚利桑那州的斯科茨代尔，是被一个有钱的英国人用金钱承诺以及可以使用其“相当豪华”的房子给吸引过去的。可这位天文学家再次注定要失望了：据雅克·瓦莱所言，这个特定的赞助人“只是想在自己的随从中留几个科学家来推广他自己关于（不明飞行物）现象的个人理论”。
海尼克与瓦莱（右）
当被问及自己关于不明飞行物本质的理论时，海尼克常常含糊其词。尽管他在1977年的《第三类接触》中客串了一把，但到那时他已经摒弃了不明飞行物是由外星人驾驶的“螺母螺栓”式宇宙飞船的观点。他的神秘学研究已经将他引向了一个截然不同的方向。
早在1976年，他就推测不明飞行物可能是“由另一个世界的居民使其在我们这个世界具象化的观测设备”。后来他又提出了这一理论的一个变体：不明飞行物是由“某个平行现实中的超维度智能”所创造的“心灵投影”。在和不明飞行物研究者杰罗姆·克拉克交谈时，海尼克说得更具体了。据称这位天文学家告诉克拉克，他相信“元素精灵”——也就是自然精灵——是不明飞行物现象背后的原因。
要质疑克拉克这一惊人说法的真实性很容易，但当人们意识到海尼克深受奥地利神秘主义者鲁道夫·施泰纳的影响时，就会觉得这说法也有一定道理。施泰纳认为，硬科学仅仅为人类提供了“大量的通俗信息”。而另一方面，通过运用无感官思维，开明的个体能够“揭开面纱”，发现科学所揭示的物质世界背后隐藏的东西。在施泰纳看来，元素精灵——空气、大地、水和以太的精灵——栖息在这个感官无法触及的隐秘领域。如果海尼克确实相信不明飞行物是自然精灵，他可能已经将它们具体认定为这最后一类元素精灵——也就是以太的“高等元素精灵”。施泰纳声称：“天空中存在的不仅仅是物质层面的太阳，而且随着太阳的温暖和光芒，以太精灵会流淌到地球上。”海尼克是否怀疑不明飞行物就是施泰纳所说的流淌到地球上的“以太精灵”呢？
神秘主义的信仰
对于那些极少数知晓海尼克对神秘学痴迷的人来说，他1975年在《天文学展望》杂志上发表的关于约翰内斯·开普勒——这位17世纪伟大的天文学家——的文章有着额外的意义。在这篇令人大开眼界的单页文章中，海尼克辩称，科学史学家们将开普勒从事占星术的行为仅仅视为他为了维持生计而做的事情是错误的。“开普勒的占星术和天文学都源自并在很大程度上体现了他深邃的神秘主义观念，”海尼克写道。
他接着断言，现代天文学，凭借其诸如类星体、脉冲星和黑洞等奇异概念，为形而上学者提供了“一个广阔的施展空间”。据海尼克所说，存在着一种“微弱的联系”，将当今天文学的形而上学思考与开普勒的形而上学观念联系起来，这两种思想体系都是“物理科学当前所涉及领域未触及到的基本问题的宝库”。海尼克显然把开普勒视为志同道合的人，在这篇文章中，他不仅在捍卫开普勒的信仰，也是在捍卫自己的信仰。
“我从来没有停止过思考这一切之外必定存在的东西，”海尼克有一次在科罗拉多州对瓦莱说道，同时他大幅度地朝着落基山脉和大平原做着手势。对这位教授来说，不明飞行物代表着“彼岸”，是科学无法触及的地方。海尼克成为天文学家是为了探寻科学的极限，他想要，甚至可能需要去相信不明飞行物的存在。这是一种一厢情愿的想法。
1986年4月27日，海尼克因脑肿瘤在亚利桑那州斯科茨代尔的纪念医院去世。当时哈雷彗星正在完成其历经七十六年的太阳系之旅后再次回归。就像马克·吐温一样，约瑟夫·艾伦·海尼克伴随着这颗伟大的彗星来到人世，又伴随着它离开了人世。
