2022年11月，我们这套课程的宣传口号是“学会生物信息，做课题组首席技术官（CTO）”。当时设想有学生能够系统学习完本课程，浑身技能，就可以负责自己实验室服务器的维护工作，帮着搭建生物信息分析平台，开通账号，安装软件，下载数据库，日常维护。没想到陆续有人告诉我自己真成为了“CTO”，不知道是否该为他高兴。能者多劳，能力越大，责任也越大，但对自己来说也是更多的成长。
活动介绍
4500元= 329集加密视频 + 6个月上机操作+文字讲义+PPT+案例代码+微信答疑群
1、课程包含五个专题，分别是宏基因组，RNAseq和单细胞，基因组数据分析，R语言和python数据分析和生物信息编程；
2、提供本地版加密视频，加密视频仅在一台设备上播放，支持windows系统和苹果电脑 ，视频有效期至2028年12月31日；
3、包括6个月上机操作，上机操作为一个云服务器账号，登录之后可以将视频中全部案例亲自上手操作一遍；
4、包含课程配套30万字讲义，大量PPT，10000+案例代码；
5、加入微信答疑群；
6、可开具发票，具体发票请添加下面微信。
7、新增《python生物信息编程课程》，之前购买过的用户可以直接下载观看。
如何购买
1、渠道一：
添加下面微信，转账付款，发送下载地址，进行课程解锁，获取账号，开发票等事宜。
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2、渠道二：
淘宝付款购买：复制下面地址到浏览器中或者使用手机淘宝扫描二维码，付款完添加上面微信。
淘宝链接：https://item.taobao.com/item.htm?spm=a21dvs.23580594.0.0.6ffb645ea5q4SL&ft=t&id=619716421433
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课程目录：
专题名 | 课程名 | 课程目录 | |
专题一： 宏基因组数据分析 | 课程1： 生物信息基础 | 1-课程介绍 2-生物信息入门 3-熟悉Linux 4-登录服务器 5-传输文件 6-命令行操作 7-目录结构 8-文件操作 9-查看文件 10-截取文件 | 12-文件编辑 13-脚本 14-权限管理 15-进程管理 16-生物软件安装 17-生物软件简介 18-虚拟环境 19-数据库下载 20-批量下载数据 21-测序数据下载 |
课程2： 二代宏基因组 | 22-宏基因组简介 23-宏基因组建库测序 24-建库 25-测序 26-fastq文件处理 27-数据质控 28-数据过滤 29-循环操作 29-物种分类原理 | 30-利用kraken2物种分类 验 31-kraken2结果处理 32-批量生成脚本 33-解决软件报错 34-批量质控过滤 35-二代测序病原微生物鉴定 36-krakentools 37-megan可视化结果 38-利用stamp进行统计检 | |
课程3： 三代纳米孔宏基因组 | 39-纳米孔测序简介 40-纳米孔测序原理 41-basecalling 42-利用guppy进行碱基识别 43-纳米孔测序数据质控过滤 44-纳米孔测序在宏基因组中应用 | 45-centrifuge建立索引 46-三代宏基因组物种分类 47-物种分类结果可视化 48-新冠病毒鉴定 49-aws数据下载 50-临床病原微生物检测 51-批量鉴定 | |
课程4： 宏基因组拼接 | 52-宏基因组模拟数据拼接 53-拼接结果评估 54-宏基因组真实数据拼接 55-不同拼接软件结果比较 56-三代宏基因组拼接 57-纳米孔拼接结果优化 | 58-最新Q20纳米孔宏基因组拼接 59-cd-hit去冗余 60-宏基因组功能注释 61-salmon定量 62-metawrap配置 63-metawrap案例 | |
课程5： 16S数据分析 | 64-扩增子测序简介 65-OTU还是ASV？ 66-alpha和beta多样性 67-16S分析环境搭建 68-metadata 69-探索16S序列 70-qiime2简介 | 71-qiime2导入数据 72-qiime2实战 73-多样性分析 74-物种分类鉴定及可视化 75-不同组间丰度差异比较 76-16S功能分析 | |
专题二： RNAseq | 课程6：生物信息入门 | 1-登录服务器 2-传输文件 3-基本命令 4-文件操作 5-文件操作2 6-选项参数 7-数据流 8-文件打包压缩 | 9-编写脚本 10-权限管理 11-安装bioconda 12-安装生物软件 13-虚拟环境 14-FTP数据下载 15-SRA测序数据库简介 16-SRA数据下载 |
课程7：R语言入门 | 17-R语言简介 18-rstudio介绍 19-R包管理 19-碱基识别 20-bioconductor项目介绍 21-R使用 22-R读取文件 | 23-R写入文件 24-R数据结构 25-向量 26-矩阵和数据框 27-数据处理 28-数据探索 | |
课程8：RNAseq | 29-RNAseq简介 30-RNAseq原理 31-RNAseq建库测序 32-star建立索引 33-数据处理 34-生成表达矩阵 35-DESeq2读入文件 | 36-DESeq2数据探索 37-差异表达基因计算 38-差异表达基因分析练习 39-利用edgeR分析RNAseq 40-基因功能注释 41-非模式生物功能注释以及GSEA分析 | |
课程9： 单细胞 | 42-单细胞测序概述 43-单细胞测序原理 44-单细胞分析环境搭建 45-准备数据 46-cellranger结果解读 47-LoupeBrowser可视化单细胞数据 48-Seurat读取数据 49-Seurat分析单细胞数据 50-寻找marker基因及细胞鉴定 | 51-Seurat练习 52-CellMarker注释 53-SingleR自动化细胞注释 54-单细胞分类注释练习 55-monocle3读取数据 56-利用monocle3分析单细胞数据 57-拟时分析 58-空间转录组 59-购买云服务器 60-生物信息分析平台搭建 | |
专题三： 基因组数据分析 | 课程10： 生物信息基础 | 1-课程介绍以及登录服务器 2-传输文件以及网络测试 3-目录结构 4-文件操作 5-查看文件 6-文件打包压缩 | 7-文件编辑 8-运行脚本 9-bioconda安装 10-bioconda管理软件 11-虚拟环境 12-配置nature文章环境 |
课程11： 二代基因组拼接 | 20-fastq文件简介 21-数据质控 22-数据过滤 23-基因组拼接简介 24-基因组拼接原理 25-kmer估计基因组大小 | 26-拼接基因组 27-拼接结果评估 28-quast评估 29-busco评估 30-常见问题 31-基因组拼接探索 | |
课程12： 三代基因组拼接 | 32-pacbio测序原理 33-pacbio数据处理 34-pacbio拼接 35-进程管理 36-纳米孔测序原理 37-纳米孔建库测序 38-basecalling | 39-纳米孔测序数据处理 40-纠错原理 41-pilon纠错 42-racon纠错 43-tablet结果可视化 44-pacbioHifi拼接 45-纳米孔Q20试剂拼接 | |
课程13： 基因组分析 | 46-原核生物基因预测 47-真核生物基因预测 48-基因功能注释 49-查看结果以及在线注释 50-rRNA分析 51-tRNA分析 | 52-重复序列分析 53-RepeatMasker查找重复序列 54-blast比对 55-氨基酸blast比对 | |
课程14： 人基因组变异检测 | 56-人基因组变异检测 57-突变类型 58-人基因组分析环境搭建 59-Apptainer安装软件 60-参考序列以及数据库下载 61-瓶中基因组计划 62-变异检测原理 | 63-sam格式文件处理 64-比对结果统计 65-利用DeepVariant检测snp 66-vcf文件处理 67-纳米孔测序SV检测 68-igv可视化突变数据 | |
专题四： R语言 | 课程15： R语言入门 | 1-R语言简介 2-R分析环境搭建 3-R基本操作 4-R函数 5-R自定义环境 6-R包管理 7-bioconductor包管理 8-读写文件 | 9-读写excel以及R文件 10-数据结构 11-向量索引 12-矩阵 13-绘制热图 14-数据框 15-因子列表以及缺失数据 |
课程16： 数据处理以及统计检验 | 16-数据转换 17-随机抽样 18-排序筛选 19-数据探索 20-独立性检验 21-t检验 22-相关性检验 | 23-tidyverse 24-获取免费在线R环境 25-整洁数据 26-dplyr处理数据 27-字符串处理 28-线性回归 29-回归诊断 | |
课程17： R语言绘图 | 30-R绘图基础 31-绘图参数 32-绘图结果编辑 33-散点图 34-克利夫兰点图 35-火山图 36-折线图 37-直方图 38-饼图以及条形图 39-箱线图及小提琴图 | 40-韦恩图及绘图布局 41-ggplot2绘图 42-ggplot2绘制散点图 43-ggplot2直方图与条形图 44-ggplot2饼图箱线图 45-自定义主题 46-ggplot2扩展 47-文字云图 48-曼哈顿图桑基图以及圈图 49-地图 | |
课程18： R数据分析 | 50-方差分析 51-主成分与因子分析 52-聚类分析 | 53-分类分析 54-购物篮分析 | |
课程19： R高级技能 | 55-循环 56-判断 57-自定义函数 58-命令行选项参数 59-quarto编写文档 | 60-markdown代码 61-shiny动态报告 62-shiny案例 63-R包开发 | |
专题五： python数据分析 | 课程20：python数据分析 | 1-python数据分析简介 2-安装Anaconda3 3-安装配置vscode 4-使用ipython 5-使用jupyter 6-python模块管理 7-python模块使用 8-读取文件 9-写文件 10-numpy数据结构 11-Seris数据结构 12-数据框 | 13-数据索引 14-修改以及排序 15-筛序以及抽样 16-数据透视表 17-长宽数据转换以及缺失值 18-独立性检验 19-t检验 20-相关性检验 21-python绘图 22-机器学习 23-Quarto撰写文档 |
| 课程21：python生物信息编程 | 1-python编程简介 2-python编程环境搭建 3-pytcharm运行python 4-python代码风格 5-变量和循环 6-while循环及案例 7-判断 8 -循环加判断练习 9-文件操作 | 10-读取压缩文件以及写文件 11-读写文件案例以及选项参数 12-选项参数 13-模块管理 14-自己编写模块 15-字符串处理 16-列表 17-元组和集合 18-字典 19-面向对象编程 20-正则表达式 21-生物信息编程 22-biopython | |
| 课程22：python机器学习 | 1-python机器学习简介 2-机器学习环境搭建 3-远程开发环境配置 4-读入数据 5-数据处理 6-划分数据 7-特征工程 8-分类数据编码 9-文本数据编码 | ||
配套材料 | 配套材料 | 课程文字讲义，案例代码脚本，课程PPT，配套阅读材料 | |
上机操作云服务器 | 配置大小 | 共享云服务器，256线程，1T内存，1T磁盘，完成视频中全部案例操作 | |
上机操作
常见问题：
1、上机操作服务器是什么？
2、课程是否适合零基础？
课程是《基因学苑VIP课程第2季》全部内容，额外加python数据分析专题，相当于43天培训的全部内容。里面包含了生物信息基础，Linux，生物软件管理，R，python，二三代测序原理等基础内容，还包括RNAseq，单细胞，宏基因组，16S，人基因组变异检测等应用内容。适合零基础从头开始学习。
3、是否能只购买课程一部分？
本课程为打包销售，不单独售卖。
4、想在多台设备播放怎么办？
课程为本地加密版本，只能在一台电脑设备上播放，windows系统和苹果系统均可，不支持手机端播放，也不支持录屏。因为视频内容很大且里面有很多操作演示，不适合手机端播放。默认只支持一台设备，如果想多台设备播放，每台加1000元。
5、课程可以看多久？
课程有效期到2028年12月31日。
6、如何进行解锁？
视频需要使用专用播放器进行播放，下载播放器，导入任何一个视频，将下图1所示的机器码发给我即可进行解锁，然后将解锁码填入图中2部分即可，一次解锁即可观看全部内容。
7、是否可以开发票
本教程提供发票，发票为电子发票，具体信息可添加上面微信进行咨询。
