硕士看了流泪，导师看了沉默！本科生一作0实验发5分+纯生信！代谢重编程+机器学习很好复现，硕士做了也直接毕业了！

文摘 2024-11-07 19:01 山东

小薇师姐今天看到一篇本科生一作发的纯生信文章，这分数还不低，有5.6分。嘴硬的小薇师姐表示这莫不是水刊吧，要么这期刊是不是中科院预警的？小薇师姐嘴上酸溜溜的，于是先查了下这本期刊：Journal of Chemical Information and Modeling。发现这本期刊是没有中科院预警记录的，并且属于中科院二区，WOS一区。

不过它在大类上被中科院划分为化学二区，小类上属于化学，综合二区，Top期刊。所以生物医学也能投，确实取了个巧，差异化竞争了属于是，大家也可借鉴这个投稿思路。

好的，酸溜溜的小薇师姐心理平衡了一点点，虽然小孩哥本科就发了5.6分的二区Top，但是在投稿上用了点技巧哈（技巧不错，码住了）。不过再怎么着能发5.6分光凭投稿技巧也不够啊，肯定有两把刷子，下面就和小薇师姐一起说道说道这篇文章吧！

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题目：预测卵巢癌预后、免疫治疗反应和候选药物的代谢相关基因预后指数

杂志：Journal of Chemical Information and Modeling

影响因子：IF=5.6

发表时间：2024年1月

首先，咱们先看下这篇文章的选题：开发和验证一个基于代谢相关基因的预后指数，用于预测卵巢癌的预后、免疫治疗反应和可能的候选药物。

这个选题比较常规，预后模型这做的人可太多啦，选择的肿瘤也是卵巢癌这个卷王方向，不小众。亮点是在基因集上创新了，用到了“代谢重编程”这个国自然热点。可见选题蹭研究热点是非常重要的一环，可以达到事半功倍的效果（选题把握不准，可以找小薇师姐。咱么可以做方案评估和方案设计）。

其次，咱们看下本文的技术路线：

这个图做的挺好看的，就是有点商务风，如果再简洁一些就更好了。从技术路线上我们可以概括出本研究的分析思路：

1.鉴定与卵巢癌肿瘤分期相关的共表达代谢模块：

①利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与卵巢癌肿瘤分期相关的代谢基因共表达模块。

②结合来自KEGG、Reactome、BRENDA、Human-GEM等多个数据库的代谢相关基因（MRGs）。

③通过模块特征基因与临床特征的相关性分析，找出与肿瘤分期相关的模块。

2.构建并验证代谢相关基因预后指数（MRGPI）：

①通过单变量Cox回归分析筛选与生存相关的MRGs。

②使用逐步Cox回归分析确定独立预后生物标志物，并构建MRGPI模型。

③计算每个患者的MRGPI得分，并将患者分为高MRGPI和低MRGPI两组。

④使用Kaplan-Meier分析和ROC曲线下面积（AUC）来验证MRGPI的预后价值。

3.表征MRGPI亚组之间的多维特征差异：

①分析MRGPI不同亚组的分子特征，包括代谢途径、信号传导、免疫调节等。

②利用基因组变异分析工具（如maftools）描述高/低MRGPI亚组中的突变特征。

③评估不同MRGPI亚组的免疫表型，包括免疫细胞浸润水平和癌症免疫循环活性。

4.识别不同MRGPI亚组患者的个性化治疗策略：

①通过药物敏感性数据分析，识别对高MRGPI患者可能有效的候选药物。

②使用药物反应数据和机器学习模型（如ridge regression）评估候选药物的敏感性。

③通过分子对接方法（如LibDock）分析候选药物与代谢相关蛋白的相互作用。

④利用药物的药代动力学和安全性（ADMET属性）评估候选药物的临床潜力。

⑤探索MRGPI亚组对免疫检查点阻断治疗（如抗PD-1治疗）的反应。

（可以看到用到的生信方法还是很丰富的，这些方法小薇师姐这里也是都可以做的，想做完整分析或者部分分析的朋友可以直接联系小薇师姐）。

别忘了顺便看下数据来源，这关系到成本问题！

从四个不同的数据库（KEGG、Reactome、BRENDA和Human-GEM）中下载并整合了3936个与代谢相关的基因；从TCGA和GEO（GSE26712和GSE9891）获取了卵巢癌患者的数据。

可以的，数据都是公开获取的，成本低。（想用公共数据或者结合自测数据，或者自测数据个性化重分析，船长这里都是可以满足的！）

最后看下结果做的怎么样？

1.OC共表达的代谢模块显示与肿瘤分期相关的特征

图2鉴定与肿瘤分期相关的共表达代谢基因模块

2.代谢相关基因预后指数按特定预后特征划分患者群体

图3MRGPI模型的构建与评价

3.MRGPI亚群的异常分子特征和基因组变异

图4MRGPI模型的验证

4.低MRGPI组表现出高水平的免疫细胞浸润

图5MRGPI亚群的分子和突变特征

5.低MRGPI患者从抗PD-1免疫治疗中受益

图6MRGPI亚群的肿瘤免疫微环境

图7MRGPI亚组对免疫治疗的敏感性

6.针对高MRGPI人群的候选药物

图8高MRGPI患者潜在治疗药物的鉴定

小结

这篇纯生信内容做的很丰富，图也都做的很漂亮，没有特别板，一看就加入了个人审美哈。本科生发这样一篇纯生信小薇师姐那是羡慕啊，这5.6分硕士拿来毕业都妥妥的啦。分析虽多，复现起来还是不难的。但是自己设计的时候还是不能照搬的，每个方案都肯定有个性化的地方嘛。最后小薇师姐照例欢迎大家来咨询方案设计和个性化分析，服务器租赁服务也十分给力哦，还有海量生信课程，主打一个你要什么咱就有什么！

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