硕士看了流泪，导师看了沉默！本科生一作0实验发5分+纯生信！代谢重编程+机器学习很好复现，硕士做了也直接毕业了！

文摘 2024-10-27 19:00 山东

小薇师姐今天看到一篇本科生一作发的纯生信文章，这分数还不低，有5.6分。嘴硬的小薇师姐表示这莫不是水刊吧，要么这期刊是不是中科院预警的？小薇师姐嘴上酸溜溜的，于是先查了下这本期刊：Journal of Chemical Information and Modeling。发现这本期刊是没有中科院预警记录的，并且属于中科院二区，WOS一区。

不过它在大类上被中科院划分为化学二区，小类上属于化学，综合二区，Top期刊。所以生物医学也能投，确实取了个巧，差异化竞争了属于是，大家也可借鉴这个投稿思路。

好的，酸溜溜的小薇师姐心理平衡了一点点，虽然小孩哥本科就发了5.6分的二区Top，但是在投稿上用了点技巧哈（技巧不错，码住了）。不过再怎么着能发5.6分光凭投稿技巧也不够啊，肯定有两把刷子，下面就和小薇师姐一起说道说道这篇文章吧！

定制生信分析

云服务器租赁

加微信备注99领取使用

题目：预测卵巢癌预后、免疫治疗反应和候选药物的代谢相关基因预后指数

杂志：Journal of Chemical Information and Modeling

影响因子：IF=5.6

发表时间：2024年1月

首先，咱们先看下这篇文章的选题：开发和验证一个基于代谢相关基因的预后指数，用于预测卵巢癌的预后、免疫治疗反应和可能的候选药物。

这个选题比较常规，预后模型这做的人可太多啦，选择的肿瘤也是卵巢癌这个卷王方向，不小众。亮点是在基因集上创新了，用到了“代谢重编程”这个国自然热点。可见选题蹭研究热点是非常重要的一环，可以达到事半功倍的效果（选题把握不准，可以找小薇师姐。咱么可以做方案评估和方案设计）。

其次，咱们看下本文的技术路线：

这个图做的挺好看的，就是有点商务风，如果再简洁一些就更好了。从技术路线上我们可以概括出本研究的分析思路：

1.鉴定与卵巢癌肿瘤分期相关的共表达代谢模块：

①利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别与卵巢癌肿瘤分期相关的代谢基因共表达模块。

②结合来自KEGG、Reactome、BRENDA、Human-GEM等多个数据库的代谢相关基因（MRGs）。

③通过模块特征基因与临床特征的相关性分析，找出与肿瘤分期相关的模块。

2.构建并验证代谢相关基因预后指数（MRGPI）：

①通过单变量Cox回归分析筛选与生存相关的MRGs。

②使用逐步Cox回归分析确定独立预后生物标志物，并构建MRGPI模型。

③计算每个患者的MRGPI得分，并将患者分为高MRGPI和低MRGPI两组。

④使用Kaplan-Meier分析和ROC曲线下面积（AUC）来验证MRGPI的预后价值。

3.表征MRGPI亚组之间的多维特征差异：

①分析MRGPI不同亚组的分子特征，包括代谢途径、信号传导、免疫调节等。

②利用基因组变异分析工具（如maftools）描述高/低MRGPI亚组中的突变特征。

③评估不同MRGPI亚组的免疫表型，包括免疫细胞浸润水平和癌症免疫循环活性。

4.识别不同MRGPI亚组患者的个性化治疗策略：

①通过药物敏感性数据分析，识别对高MRGPI患者可能有效的候选药物。

②使用药物反应数据和机器学习模型（如ridge regression）评估候选药物的敏感性。

③通过分子对接方法（如LibDock）分析候选药物与代谢相关蛋白的相互作用。

④利用药物的药代动力学和安全性（ADMET属性）评估候选药物的临床潜力。

⑤探索MRGPI亚组对免疫检查点阻断治疗（如抗PD-1治疗）的反应。

（可以看到用到的生信方法还是很丰富的，这些方法小薇师姐这里也是都可以做的，想做完整分析或者部分分析的朋友可以直接联系小薇师姐）。

别忘了顺便看下数据来源，这关系到成本问题！

从四个不同的数据库（KEGG、Reactome、BRENDA和Human-GEM）中下载并整合了3936个与代谢相关的基因；从TCGA和GEO（GSE26712和GSE9891）获取了卵巢癌患者的数据。

可以的，数据都是公开获取的，成本低。（想用公共数据或者结合自测数据，或者自测数据个性化重分析，船长这里都是可以满足的！）

最后看下结果做的怎么样？

1.OC共表达的代谢模块显示与肿瘤分期相关的特征

图2鉴定与肿瘤分期相关的共表达代谢基因模块

2.代谢相关基因预后指数按特定预后特征划分患者群体

图3MRGPI模型的构建与评价

3.MRGPI亚群的异常分子特征和基因组变异

图4MRGPI模型的验证

4.低MRGPI组表现出高水平的免疫细胞浸润

图5MRGPI亚群的分子和突变特征

5.低MRGPI患者从抗PD-1免疫治疗中受益

图6MRGPI亚群的肿瘤免疫微环境

图7MRGPI亚组对免疫治疗的敏感性

6.针对高MRGPI人群的候选药物

图8高MRGPI患者潜在治疗药物的鉴定

小结

这篇纯生信内容做的很丰富，图也都做的很漂亮，没有特别板，一看就加入了个人审美哈。本科生发这样一篇纯生信小薇师姐那是羡慕啊，这5.6分硕士拿来毕业都妥妥的啦。分析虽多，复现起来还是不难的。但是自己设计的时候还是不能照搬的，每个方案都肯定有个性化的地方嘛。最后小薇师姐照例欢迎大家来咨询方案设计和个性化分析，服务器租赁服务也十分给力哦，还有海量生信课程，主打一个你要什么咱就有什么！

小薇公众号持续为大家带来最新医学思路，更多创新性分析思路点击往期推荐。想复现这种思路或者定制更多创新性思路欢迎直接call小薇师姐，竭诚为您的科研助力！

扫码

咨询

小薇

生信分析

服务器租赁

山东大学放大招，给细胞衰老再添猛料！自噬+细胞衰老+CRISPR这搭配太绝了，真是让人眼前一亮，审稿人都夸绝了！！

你的“细胞衰老”课题卷进国自然了吗？没中的看过来！安徽医科大学研究团队：单基因结合细胞衰老，抓住科研新风口，经典思路也不愁发文！

最快一个月接收！这本Cell子刊都谁在发啊？看苏州大学团队“巨噬细胞+乳酸化+单细胞测序”怎么上一区TOP桌的！

发现“分享”和“赞”了吗，戳我看看吧

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzk0NjMzMDcxOA==&mid=2247510593&idx=2&sn=639b15893f5c1c23727b9c6110f26d68

A科研显微镜

科研显微镜是一个专业的学习平台，为广大科研用户提供免费文章写作技巧、科研绘图以及生物信息、meta分析、基金申请等资料，同时提供相应的科研服务，共同学习进步！

毕业小白谁投谁中的“专属潜力股”：JCR和中科院分区双双晋升，IF 3分，收录Case Report！1审仅需2周~

一种新型神经保护策略的诞生！上交殷善开/时海波：GABAergic中间神经元对神经毒性更易感，“保护机制”思路适合临床人细品！

这本医学TOP刊狠狠爱住了！沾边就收！含金量高！南方医科大学团队：线粒体+自噬双热点，想做单基因的幸福了！快来围观！

生信大神都在用的生信服务器，好东西值得试试，双十一入手超划算！

中医药人的福利刊！网络药理学+分子对接+蛋白组学，6.8分轻松拿捏！福建医科大学团队赢麻了！

生信的风终于吹到了“中药方剂”！青岛大学褚现明团队高质量发文套路：代谢组+网药+分子对接，一区SCI到手！复现性强，直接冲！

什么期刊如此“神速”？最快一月给出审稿意见，2周就能发表，国人发文竟超四分之一，还没版面费！

一站式解决中医药科研：1区神刊+发文思路推荐！不信，看中国医科大学团队新作：网药+分子对接+湿实验，轻松到手！

Nature又一子刊崛起了！生信友好！国外这团队单细胞联手空间转录组，拿下9分+一区SCI！思路打开，你也可以！

这本综合期刊让你的文章“有如神助”：年文章量大，国人发文超9成，生物医学方向都可一试！

IF 45.5，不愧是顶刊Cell!樊荣教授团队开发新技术，结合单细胞测序，这篇简直是空间转录组天花板！

3个月发文27+？“铁死亡”发文新赛道！中国药科等团队，联合磷酸化+SUMO化修饰上车Mol Cancer！干湿结合YYDS！

一步一步教你安装 Jupyter Notebook，让Python更简单

双一区Top，创刊以来影响因子急速攀升，IF高达40+，国人发文中稿率高，强推！

Nat Commun新鲜好文！澳门大学等6个研究团队力作！单细胞+多组学联用Buff拉满，勇闯m6A研究新赛道！速速上车！

硕士看了流泪，导师看了沉默！本科生一作0实验发5分+纯生信！代谢重编程+机器学习很好复现，硕士做了也直接毕业了！

山东中医药大学到底有谁在啊？！本科生2个月发IF 12.5 SCI，居然只做了MR！复现性很强，值得一看！

中医药发文太卷咋办？暨大刘志平团队来教你：经典“搭子”网络药理学+分子对接，联合转录组发文12+！想复现的快上车！

老用户看过来，服务器租赁续费大优惠在此！

这可是“水刊之王”Nature Communications啊！中南大学团队挖掘UKB数据库，对25万人衰老代谢组学大揭秘

IF 20.1的文章怎么发？国外这团队有话说！多组学联合代谢重编程等多个国自然热点，直取Cancer Commun！快去复现！

别人是双料博士，我是双料牛马！

IF 16.6/Q1！一个新开发数据库，实现轻松在线孟德尔随机化分析！这泼天的富贵也是轮到重庆医科大了！

单细胞发文没有新花样？这篇14分+中性粒细胞新作别错过！东南大学邱海波团队“干湿结合”思路天花板！值得细品！

从实验室逃跑的师弟：如何租天狼云服务器开启生信之路

你们追着问的0实验“中医药”王炸思路来了！“网络药理学+转录组学+代谢组学+微生物组学”实力出圈，你做你也中！

实验不够？生信来凑！同济大学何志颖团队：GEO数据库+动物实验拿下细胞衰老11+SCI！审稿人看了都说好！

此时不用更待何时？NHANES数据库发布的最新数据，你开始挖了吗？

保证你没见过！网药的“反向研究”！再搭乘中医药热点，含金量拉满，斩获一区6分+！拿捏审稿人的软肋~

IF=15.8！“乳酸化修饰”再攀高峰！南方医科大的这篇“单细胞+组蛋白乳酸化+糖酵解”研究新思路，都踩在点子上了！

为什么别人的孟德尔随机化一发一个10分+，而你复现了高分却屡投屡拒？连最关键的一步都不清楚，还做什么MR分析

Science！首个真正晚发型阿尔茨海默病模型诞生！逆天只需一招！神经元重编程推动医学进步新高度！多疾病可复现，一片蓝海！

IF：27.7！无需测序！GEO数据库果然是上分神器！国外团队“干湿结合”发文有妙招，经费不足的快看过来！

又被坑了，生信后续怎么做啊

2个月接收！临床公共数据也太好用了吧！浙大学者：多数据库+炎症新指标，想要高效，这个方法可参考！

IF：14.3！乳酸化再创佳绩！山东两大研究团队强强联手：转录组+代谢重编程+分子对接，这篇“干湿结合”的思路你值得拥有！

诺贝尔物理学奖推动人工智能飞跃式发展！9种机器学习拿下Lancet子刊，这泼天的富贵也是轮到东南大学了！

IF:21.8!周荣斌/江维/王夏琼团队发现关键信号感应受体！介导神经炎症、脑卒中等疾病！Get好思路，一口气发十篇！

还得是咱中医药！温州医科大学团队自噬+细胞焦亡双热点，结合网络药理学+分子对接+多组学三联动，2个月拿下一区SCI！

从实验室逃跑的师弟：如何租天狼云服务器开启生信之路

IF 31.7/ 子刊，饮食习惯并不是造成痛风的主要原因！青岛大学团队权威研究：遗传才是痛风的罪魁祸首！

顶刊中的“水刊”？国人霸榜！中山大学彭延文团队有自己的“三折叠”：糖酵解+干细胞+代谢重编程，4个月拿下11分+SCI！

我滴乖乖！各种方向咱都有、各式分析咱都行！生信分析+实验设计，课题设计+国自然写作，还有什么是你不会的？

25天接受的0实验“网络药理学”长啥样？四川大学华西医院：网药+机器学习+分子对接，用它快准狠！

Nature Communications到底是谁在发啊？北京协和医院高树庚团队：单细胞+T细胞再创佳绩！这操作不得不服！

独享拼团来袭！服务器性能升级，价格更优

羡慕了！不用做实验，照样发高分！中南大学湘雅医院雷光华团队玩转MR，3表2图斩获1区7.6分！纯生信发文的思路你拿捏了嘛？！

最快一个月接收！这本Cell子刊都谁在发啊？看苏州大学团队“巨噬细胞+乳酸化+单细胞测序”怎么上一区TOP桌的！

硕士看了流泪，导师看了沉默！本科生一作0实验发5分+纯生信！代谢重编程+机器学习很好复现，硕士做了也直接毕业了！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉

​硕士看了流泪，导师看了沉默！本科生一作0实验发5分+纯生信！代谢重编程+机器学习很好复现，硕士做了也直接毕业了！

硕士看了流泪，导师看了沉默！本科生一作0实验发5分+纯生信！代谢重编程+机器学习很好复现，硕士做了也直接毕业了！