健康的人体内有益菌（后被称为益生菌）与有害菌之间相互依存、相互制约，微生态系统处于动态平衡状态，但当人体遭遇外界环境的各种变化，菌群的平衡状态被打破时，有益菌数量减少，有害菌数量增加，人体的各种病症就会接踵而来。
肠道是人体最大的微生态系统，共有500多种菌群生活其中，掌管着人体70%以上的免疫功能。所以，当益生菌能够主动维持好这个平衡，人体就会免受很多种疾病的困扰，因此益生菌被誉为未来的“疫苗”。
现代人在饮食中摄入的益生菌的数量越来越少。现代的许多食品和包装越来越多地使用人工合成的原材料，而且在食品中添加防腐剂、增稠剂、香精、香料等人工合成的添加剂，人们过多食用这些加工食品，极不利于体内益生菌群的生存与增殖。
当今社会提倡晚婚晚育，很多大龄女性生育更多地选择剖腹产，而且大多缺乏足够的母乳哺喂婴儿，不得不采用配方奶品代替母乳喂养婴儿。这种情况常会导致人体内益生菌群水平低下的先天性不足。
现代人的工作生活紧张、压力增大，益生菌对人体的压力状况极为敏感。因为压力增大会改变人体内的荷尔蒙平衡，导致人体内的益生菌群数量减少。
现代人过多地使用口服类固醇药物和用于哮喘的类固醇药物等，如波尼松（一种肾上腺皮质激素），这些都会减低人体内益生菌群的数量和影响正常的人体机能。
现代人的饮食结构不够合理。饮食中大量的精细碳水化合物和糖类会促进有害菌和酵母的生长且抑制有益细菌的繁殖。膳食中过多的肉类和过少的蔬菜水果会削弱益生菌的活性。
抗生素的普及和滥用给人体会带来诸多的副作用。抗生素类药物在杀死体内有害菌的同时，也会杀死体内的有益菌；频繁使用抗酸和其它酸性减少药物，这会降低人体整个胃肠道的酸性，不利于益生菌的生存。
随着经济全球化和市场国际化，现代人到全国各地或世界各地出差、旅行变得更加频繁。而各地的环境和饮食中微生物菌群的种类和数量都有所不同，因此，初到异地的人容易出现体内微生物菌群失调症（指正常菌群与宿主之间的相对平衡遭到破坏，正常菌群紊乱、失调的一系列症状）和益生菌群减少的情况，这使他们表现为腹泻和水土不服等症状。
因此，专家们指出，要维护人体健康，现代人要面对这些种种不利因素，更需要经常性额外补充益生菌。在日常生活中，多吃新鲜水果蔬菜，经常食用富含益生菌的食品，如酸奶、乳酪、泡菜等发酵食品，是补充益生菌最经济有效的途径。
益生菌与消化道健康----腹泻
腹泻是肠道菌群紊乱引起排泄异常的一个极端症状。严重的腹泻会可引起脱水和身体电解质紊乱，长期慢性腹泻会导致贫血、维生素缺乏、营养不良、抵抗力下降。
益生菌可迅速缓解腹泻，产酸，创造出一个不利于有害病毒和细菌存在的环境；抑制病原微生物的生长；肠粘膜形成紧密的微生物膜，阻挡致病菌入侵。
益生菌与消化道健康----便秘
在肠道内停留的时间过长，会导致多种有害毒素被吸收，出现皮肤粗糙、面色枯黄、毛发枯干、精神萎靡、肥胖等现象，会诱发170余种疾病，甚至诱发结肠癌和直肠癌。
便秘的发生与结肠的PH值有关。益生菌通过降低结肠的PH值使之偏于酸性，降低有害菌数量，调节肠道的正常蠕动，从而改善便秘。那种认为多喝水、多吃纤维食品就可以解决便秘的想法是很片面的。解决便秘的根本方法是解决肠道菌群紊乱的问题。
益生菌与消化道健康——进食不佳、挑食、厌食、积食、口臭
当人体内益生菌数目下降时，腐败菌可能会在上消化道内大量繁殖，导致食欲不佳、挑食、厌食，甚至出现口臭。所以，大概牙龈和牙齿保持健康时，口臭一定源于消化道。
有些人觉得发生以上问题时，中药调理师首选的方案，其实不然，俗话说“是药三分毒”，任何药物都要慎用。益生菌，尤其是双歧杆菌和嗜酸乳杆菌，可改善机体、脾、胃功能，增进食欲，帮助消化吸收。对人体既有保护作用，又有营养作用，被誉为未来的“疫苗”，人体必需靠自身的力量抵御疾病的发生，其次才求助于药物，所以，益生菌解决消化问题值得大力推广，尤其是儿童群体中。
