肠道菌群，后天形成的功能“器官”，一个陪伴我们一生的微生物群体，生长在我们肠胃里，肉眼不可见的肠道微生物正在悄悄地影响着每个人的生活。
肠道菌群在抵抗病原入侵、建立机体免疫、营养物质消化吸收、机体生长代谢、免疫抗肿瘤等一系列病理生理过程中发挥着非常重要的作用，能和肠道上皮细胞、其他器官及整个机体相互作用。肠道组织中存在大量免疫细胞和许多免疫因子，在肠道黏膜免疫中起着重要的作用。
根据细菌生存需氧程度的不同可分为需氧菌、兼性厌氧菌和厌氧菌，肠道菌群以厌氧菌为主。机体与肠道菌群间存在着错综复杂的关系，两者共同进化，且肠道菌群是机体必不可少的一部分。健康的机体中，肠道菌群与机体通过相互依存和制约来维持动态平衡。
新生儿出生后，在短时间内细菌迅速定植在肠道，并随生长发育菌群发生演变，2岁后机体内达到微生态平衡。在这个过程中生产方式、喂养模式、抗生素使用等多种因素都对肠道菌群的结构有影响 。当机体的内环境或肠道内外环境发生变化时，肠道菌群与机体间的平衡被打破，导致肠道菌群失调，可能导致多种疾病的发生。许多研究表明免疫相关疾病如过敏、呼吸系统、糖尿病、肥胖及癌症等都与肠道菌群失衡有关。
黏膜免疫系统独立存在于全身免疫系统之外，是抵抗病原微生物从黏膜入侵机体的主要屏障，也是机体免疫系统的重要组成部分之一。
肠道免疫系统又称为黏膜免疫系统，主要由肠上皮细胞、固有层淋巴细胞、肠上皮内淋巴细胞、派氏结等组织构成。
临床研究显示， 95％以上感染皆发生于黏膜，或者病原微生物从黏膜侵入机体。为预防黏膜途径感染发生，人体因此演化出一套非常复杂而严密的防御系统——黏膜免疫系统 。
它是机体抵抗病原入侵感染的第一道防线。
它依靠的是人体的防御长城（紧密排列的上皮细胞） 和上面的驻防部队（上皮内淋巴细胞，M细胞等免疫细胞）。
肠道黏膜上皮细胞可以分泌大量黏液，在这些上皮细胞的表面形成一层黏液层，可以阻止微生物附着于上皮细胞。
免疫系统和肠道菌群的动态平衡对健康至关重要。二者之间需要保持稳定的共生和互惠关系，肠道菌群具有促进肠黏膜免疫系统生长与发育和调控肠黏膜屏障与免疫功能的双重作用。
黏膜免疫系统，是机体免疫系统的一个极其重要的组成部分，可以这样说，黏膜免疫系统是人体直接防御外敌的边防部队，而我们通常更加了解的免疫系统则是镇压内部叛乱分子和坏人的公安武警，二者构成了人体免疫系统的整体。
补充益生菌
益生菌能维持或增强细胞骨架蛋白和紧密连接蛋白的磷酸化，增强了肠上皮细胞间的紧密连接，降低肠道黏膜的通透性，从而阻止了大肠杆菌对肠上皮细胞的侵袭。
强化和加固肠黏膜屏障
益生菌可刺激肠道上皮细胞表达黏蛋白，促进黏液分泌，形成黏膜和微生物之间的保护层，强化和加固肠黏膜的屏障功能。通过分泌细菌素和上调防御素能有效抑制致病菌的生长，与致病菌竞争肠道黏液层内和上皮细胞上的物理生长空间、营养物质以及竞争细胞表面受体，能抑制致病菌的黏附和定植。另外，益生菌能维持肠道菌群的动态平衡，竞争抑制致病菌，产生抗菌化合物，增强肠道防御及免疫调节功能;还可通过分泌抗菌物质，如醋酸和乳酸，抑制病原菌的生长和繁殖。
激发免疫保护机制
益生菌能促进机体免疫系统的发育和成熟，增强体液免疫和细胞免疫，提高巨噬细胞的吞噬活性及补体功能。益生菌能在肠黏膜表面与免疫细胞相互作用，调节其免疫活性和促炎细胞因子的分泌。有关研究发现，在摄入含嗜酸乳杆菌、双歧杆菌的益生菌制剂后，能改善了机体的免疫机能。
抑制肠黏膜上皮细胞的凋亡
正常肠黏膜上皮细胞的凋亡与增殖保持一个动态的平衡，当炎症反应发生时会导致细胞凋亡的增加，从而导致肠黏膜屏障的损伤。益生菌能提高上皮细胞在炎症环境环境中的存活率，抑制肠黏膜上皮细胞的凋亡，并维持细胞的稳态。
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