随着2024年的落幕，生信人在此向所有新老用户表达我们深深的感激之情。在这一年中，我们共同见证了超过5000阅读量的文章近100篇，更有超过万次阅读的文章十余篇。我们紧跟热点，精心梳理了这份榜单，让我们一起来看看大家喜欢的热点文章都是什么类型的吧！
愿这份榜单能带给您一些启发，也希望您的科研之路能够一帆风顺。最后，文末有福利，敬请期待。
一、肿瘤免疫逃逸的标志
The hallmarks of cancer immune evasion Cancer Cell
2024年10月29日. 分子君. 12732. Cancer Cell
这篇文章提出了一个新的概念框架来对癌症免疫逃避进行分类，表明恶性细胞逃避免疫识别和消除的大多数机制涉及“三个C”：伪装、强制或细胞保护。癌细胞表现出遗传或表观遗传缺陷，同时涉及多个“C”，以实现免疫逃避和加速疾病进展。新的临床相关的策略急需开发以规避它们。新的“三C”概念框架：
（1）伪装（camouflage），隐藏癌细胞免遭免疫识别；
（2）强制（coercion），直接或间接干扰免疫效应细胞，
（3）细胞保护（cytoprotection），保护恶性细胞免受免疫细胞毒性。（Cancer Cell最新万字综述：肿瘤免疫逃逸的标志）
二、肿瘤免疫代谢
Cancer cell metabolism in tumor-targeting immunity
2024年7月24日. 月亮有点圆. 14562. Nat Rev Immunol
越来越多的文献表明，通过靶向癌细胞代谢来实现免疫刺激效应的可能性。尽管存在挑战，癌细胞代谢仍然作为一种有前景的靶点脱颖而出，可以恢复免疫监视。该文综述了恶性肿瘤细胞代谢改变影响先天性和适应性免疫功能的癌细胞内在与外在机制，这些机制加速了疾病的进展。此外，该综述还讨论了如何针对这些改变以增强抗癌免疫用于治疗目的的潜力。（Nature万字综述：癌细胞代谢与抗肿瘤免疫）
三、神经再生
Recovery of walking after paralysis by regenerating characterized neurons to their natural target region
2024年6月28日. 菠菜老师. 14595. Science
神经元轴突再生为导向的研究是目前脊髓损伤（SCI）领域大部分干预手段的最终目的，作者之前的干预手段是用骨桥蛋白、胰岛素样生长因子1和睫状体源性神经营养因子重新激活成熟的下行脊髓固有神经元的生长能力，然后用成纤维细胞生长因子2和表皮生长因子诱导SCI前的生长支持基质；和具有胶质源性神经营养因子的化学吸引的脊髓本体轴突，所述胶质源性神经营养因子通过从生物材料库的空间和时间控制释放递送，在SCI之后依次放置。这样的治疗手段使得损伤头段的神经纤维生长过了损伤区，但这样的治疗效果没有行为学恢复，这是作者这篇研究重要的科学问题。（Science：脊髓损伤后的神经再生重大突破）
四、免疫标志物
Identification of immune-related biomarkers for glaucoma using gene expression profiling
2024年4月28日. SXR. 16170. Front Genet
这篇可以说是在这十篇文章里思路最简单的，但是它的浏览量却不是最低的，小编之所以再次推荐这篇文章是因为它对于科研入门选手来说理解起来更容易，而且很符合我们之前提到的不要再卷生信，要临床、生信、实验相结合的思路。
这篇文章研究结果提出将三个已鉴定的免疫相关基因（IRG）作为青光眼的新型诊断标志物，为该疾病的发病机制和潜在治疗靶点提供了新的见解。这些 IRG 与免疫反应之间的强相关性强调了免疫在青光眼中的复杂作用，表明其诊断和治疗方法发生了转变。（这篇文章绝对发低了）
五、肿瘤转移
Integrated multi-omics profiling to dissect the spatiotemporal evolution of metastatic hepatocellular carcinoma
2024年1月30日. MNR. 17023. Cancer Cell
这次樊嘉院士团队将转移性肿瘤的分析进一步细化，侧重分析比较不同异质性的肝肿瘤原发灶（包括多原发、单原发）各自的肝内、肝外转移相关基因组特征、克隆进化机制、转移的时向特点；并根据显著差异的基因组特征进一步区分亚组，基于单细胞转录组数据，进一步解析差异的免疫特征、分子机制；最终鉴定出可以同时抑制HCC不同类型的转移的靶向药物。
研究团队收集了来自手术切除的HCC患者的肿瘤组织样本，并进行了全外显子组测序（WES）、RNA组测序（RNA-seq）和T细胞受体（TCR）测序。进一步分离了肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）和原代肿瘤细胞（PDOs）进行体外和体内实验。通过整合多组学数据来解析转移性肝细胞癌（HCC）的时空演化过程，并探索了与转移相关的分子机制，为临床治疗提供新的思路和靶点。（樊嘉院士团队50分+巨作！转移性肿瘤这样写就对了！）
六、肠道微生物
Gut microbiota carcinogen metabolism causes distal tissue tumours
2024年9月8日. TY. 18535. Nature
肠道微生物，也被称为肠道菌群，这同样是个众口难调的话题，在不同人群中有着不同看法。Nature这篇文章的发表希望能加深我们对肠道微生物的理解。
接触环境污染物和人类微生物组组成是肿瘤发展的重要易感因素。与药物分子类似，污染物通常在体内被代谢，这可以改变它们的致癌潜力，并通过改变毒代动力学影响组织分布。尽管最近的研究表明，与人类相关的微生物可以化学转化广泛的外源性物质，并影响产生的代谢物的轮廓和组织暴露，但微生物生物转化对化学物质诱导的肿瘤发展的影响仍然不清楚。该文章展示了肠道微生物群的耗竭影响亚硝胺的毒代动力学，总的来说，这些结果表明，肠道微生物群的致癌物质代谢可能是化学物质诱导的致癌作用的一个贡献因素，这可能为针对微生物组以改善易感风险评估和癌症预防开辟途径。（《Nature》中肠道菌群研究的正确打开方式）
七、PD-1治疗
Recovery of walking after paralysis by regenerating characterized neurons to their natural target region
2024年11月6日. 月亮有点圆. 20499. nature medicine
王峰教授因为该研究获得2024年科学探索奖，该研究表明，对于微卫星稳定/错配修复功能完整（MSS/pMMR）型转移性结直肠癌（mCRC）患者，三药方案西达本胺+信迪利单抗+贝伐珠单抗进行三线及以上治疗，18周PFS率达64.0%，ORR达44.0%，中位PFS达7.3个月，被认为是MSS/pMMR晚期CRC患者极具前景的治疗选择。（颜值与才华并存，上帝到底给她关上了哪扇窗？）
八、孟德尔随机化
Effects of diabetes mellitus and glycemic traits on cardiovascular morpho-functional phenotypes
2024年1月19日. 稚离. 24235. Cardiovasc Diabetol
虽然今年饱受争议，但不可否认孟德尔依旧很火。孟德尔随机化（MR）是一种利用全基因组关联研究（GWAS）分析中发现的遗传变异作为工具变量的方法，它有助于克服传统观察性研究中固有的偏差，如残余混杂、误分类和反向因果关系，从而揭示暴露因素与结果之间的因果联系。明确这些因果关系对于评估和管理血糖稳态受损的糖尿病患者的心血管风险至关重要，为早期发现、风险分层、非药物和药物治疗以及整体干预策略的进步铺平道路。该文章提供了糖尿病和血糖特征与心脏和主动脉结构和功能重塑之间存在因果关系的证据，强调了强化降糖治疗对于心血管疾病一级预防的重要性。（还有没有人能管管孟德尔随机）
九、神经免疫
Cancer hallmarks intersect with neuroscience in the tumor microenvironment
2024年9月12日. WH. 28469. Cancer Cell
高开疯走，神经免疫热度不减！该文章提出神经元以及神经轴突样特征可以作为肿瘤微环境的标记物，自分泌和旁分泌在癌细胞中异常激活的神经元调节回路也可能会为独特的激活标记，有助于识别癌症发生机制。同时，文中作者也提到了肿瘤领域研究的前沿热点神经系统和癌症之间的交叉。（去年才出的review，今年就有顶刊了——神经免疫）
十、预后标志物
Machine learning reveals diverse cell death patterns in lung adenocarcinoma prognosis and therapy
2024年4月7日. peter. 40123. NPJ Precis Oncol
这篇文章任务量超级感人，几乎用到了全网的数据，纯靠技术硬碰硬。文章整合了13种PCD模式、BulkRNA、单细胞RNA转录组学数据和来自TCGA-LUAD和临床数据，开发并验证了预测模型。利用机器学习算法鉴定了与LUAD中PCD相关的十个关键差异表达基因，然后，根据关键基因对上述队列进行了程序性细胞死亡指数（PCDI）分析，并将该指数与相关临床特征相结合，绘制出预后列线图。此外，还对PCDI与LUAD的免疫特征之间进行相关性分析和药物敏感性分析。然后还通过体外实验验证了关键基因的表达情况。总之，证明了PCDI有潜力作为一种预后标志物，并有助于为LUAD患者提供个性化治疗。（这个科研方向已经不适合临床医生）
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