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2024年10月16日，曹雪涛院士联合华大生命科学研究院汪建、刘龙奇、中国医学科学院秦川以及昌平实验室任仙文等在 Cell Discovery 期刊同期发表了两篇研究论文。第一篇论文题为：Single-cell spatiotemporal analysis of the lungs reveals Slamf9+ macrophages involved in viral clearance and inflammation resolution肺部感染后，肺部如何达到免疫稳态尚不完全清楚。
在这项研究中，研究团队分析了感染新冠病毒（SARS-CoV-2）的叙利亚仓鼠模型在从重症肺炎中自然恢复2周期间肺部的时空变化。研究团队发现SARS-CoV-2感染了多种细胞类型，并在早期引起大量细胞死亡，包括肺泡巨噬细胞。
研究团队发现了一组单核细胞来源的Slamf9+巨噬细胞，该细胞在SARS-CoV-2感染后诱导产生，并且能够抵抗SARS-CoV-2引起的损伤。Slamf9+巨噬细胞包含SARS-CoV-2，招募并与Isg12+ Cst7+中性粒细胞相互作用清除病毒。病毒清除后，Slamf9+巨噬细胞分化为Trem2+和Fbp1+巨噬细胞，促进后期炎症消退，最终补充肺泡巨噬细胞。
这些发现在SARS-CoV-2感染的hACE2小鼠模型中得到了验证，并在公开的人类尸检单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中得到了证实，这表明了Slamf9+巨噬细胞及其与中性粒细胞的协作在损伤后组织修复和炎症消退中的潜在作用。
第二篇论文题为：Single-cell spatiotemporal analysis reveals alveolar dendritic cell–T cell immunity hubs defending against pulmonary infection
肺部免疫细胞是如何在空间和时间上协调一致，以有效地监控、响应和解决已激活状态下的感染和炎症的，这一过程仍有待详细阐明。在这项研究中，研究团队将免疫绘图（immunocartography）应用于SARS-CoV-2感染的叙利亚仓鼠模型，这是一种通过去卷积和共定位分析将空间和单细胞RNA测序（scRNA-seq）整合在一起的高分辨率技术。研究团队生成了一份全面的肺部感染过程的转录组图谱，涵盖了从生理状态到感染初始、重症肺炎直至自然恢复的整个过程，分辨率达到器官级和单细胞级，共包含5个时间点的142965个细胞和来自25只仓鼠的45个肺叶。
整合分析发现，肺泡树突状细胞-T细胞免疫枢纽（Ccr7+ Ido1+树突状细胞、Cd160+ Cd8+T细胞和Tnfrsf4+ Cd4+T细胞在生理上共定位），在SARS-CoV-2感染期间迅速扩增，在Slamf9+巨噬细胞的帮助下清除SARS-CoV-2，并在病毒清除后恢复到生理水平。
研究团队在正常和感染SARS-CoV-2的hACE2小鼠模型以及公开可用的人类单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中验证了这些细胞亚群的存在，表明这些发现在肺部免疫方面具有广泛的相关性。
1. https://www.nature.com/articles/s41421-024-00734-42. https://www.nature.com/articles/s41421-024-00733-5
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