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这篇研究,作者充分利用了孟德尔随机化(MR)成功研究了肠道菌群、细胞因子与五种痴呆症的因果联系,综合应用了MiBioGen联盟、FinnGen联盟以及IEU Open GWAS数据库等多种数据库为课题提供有利数据支持。
其一,该研究顺利实现了大规模 GWAS 数据的应用分析。数据本就应为实验服务,而如何让数据听从安排,从看似杂乱无章的数据中探寻规律,这成为了本文的一大突出亮点,着实值得我们深入学习。
其二,文章极具创新性地利用孟德尔随机化进行了双向分析,为理解肠道微生物群与痴呆之间复杂的相互作用提供了更为全面的视角。Ps:看到这么优秀的上分思路,除了学习借鉴,关键就是要复现实践,方法再好会用才行,感兴趣的朋友找甄博助力复现发文吧~多个数据库汇总数据分析,最怕的就是硬件不给力,甄博的服务器欢迎大家试用,相信你还会回来~
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题目:肠道菌群,循环细胞因子和痴呆:一项孟德尔随机研究
杂志:Journal of Neuroinflammation
影响因子:IF=9.3
发表时间:2024年1月
研究背景
痴呆是一种以认知和记忆障碍为特征的综合征,肠道微生物群和细胞因子可能影响痴呆的发展,但它们之间的因果关系以及细胞因子是否为中介因素尚不清楚。孟德尔随机化(MR)是一种遗传流行病学方法,可用于评估暴露与结果之间的因果效应。
数据来源
① 肠道微生物组的遗传数据来自MiBioGen联盟的GWAS汇总数据,包含211个肠道微生物群分类单元。
② 细胞因子的遗传数据来自先前的GWAS,包括41种细胞因子。
③ 五种痴呆症(阿尔茨海默病 AD、额颞叶痴呆 FTD、路易体痴呆 DLB、血管性痴呆 VD、帕金森病痴呆 PDD)的GWAS汇总数据分别来自FinnGen联盟和IEU Open GWAS数据库。
研究思路
研究结果
1.工具变量选择
分别识别出与210个肠道微生物群相关的2774个SNPs和与41种细胞因子相关的451个SNPs。
2.肠道微生物群和细胞因子对多种痴呆类型的因果影响
阿尔茨海默病(AD):6个肠道微生物群和2种细胞因子与AD相关,其中3个肠道微生物群增加AD风险,3个降低风险;MIF和FGFBasic增加AD发病率。
额颞叶痴呆(FTD):8个肠道微生物群和2种细胞因子与FTD相关,其中7个肠道微生物群增加FTD风险,1个降低风险;TNF-α增加FTD发病率。
路易体痴呆(DLB):9个肠道微生物群和1种细胞因子与DLB相关,其中4个肠道微生物群增加DLB风险,5个降低风险;MIF是DLB的保护因子。
血管性痴呆(VD):6个肠道微生物群和1种细胞因子与VD相关,其中4个肠道微生物群增加VD风险,2个降低风险;FGFBasic与VD相关。
帕金森病痴呆(PDD):9个肠道微生物群和3种细胞因子与PDD相关,其中2个肠道微生物群增加PDD风险,7个降低风险;PDGFbb对PDD有保护作用,MIG是PDD的风险因素。
肠道微生物群与五种痴呆亚型之间因果关系的孟德尔随机化结果
细胞因子与五种痴呆亚型因果关系的孟德尔随机化结果
3.敏感性分析
MR - Egger 回归截距法和 MRPRESSO 分析表明遗传多效性未偏倚结果,Cochran’s Q 检验显示无显著异质性,留一法分析证明 MR 分析可靠。
AD 敏感性分析的孟德尔随机化结果
4.痴呆对肠道微生物群和细胞因子的双向因果效应
DLB 对 Lachnospira 和 Bacillales 有因果效应,VD 对 Veillonella 和 FGFBasic 有因果效应,PDD 对 Erysipelotrichia 有因果效应。
AD 痴呆对肠道微生物群和细胞因子的双向因果效应分析结果
5.中介分析
肠道菌群和细胞因子对痴呆均有因果效应,但与痴呆相关的肠道菌群和细胞因子之间无因果效应,表明细胞因子在肠道菌群与痴呆的通路中不是中介因素。
中介分析结果
文章小结
①肠道菌群和细胞因子与五种痴呆症存在因果关联,其中有 20 个正因果效应和 16 个负因果效应。
②细胞因子与痴呆之间有 5 个正相关和 4 个负因果效应。
③发现 4 个肠道菌群与痴呆之间的双向因果效应和 1 个细胞因子与痴呆之间的双向因果效应。
④细胞因子在肠道菌群到痴呆的通路中似乎不是中介因素。
研究拓展
l除了已研究的几种常见痴呆症类型,可进一步探索其他罕见痴呆症类型与肠道菌群和细胞因子的关系。
l目前研究主要基于已有的肠道菌群分类单元进行分析,未来可进一步探索肠道菌群的功能基因、代谢产物以及它们与宿主细胞之间的相互作用。
l细胞因子在免疫系统和神经系统的交互中扮演重要角色。可以进一步研究不同细胞因子之间的协同或拮抗作用,以及它们在不同阶段(如痴呆症的早期、中期和晚期)的动态变化。
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