核苷酸多样性（nucleotide diversity），记为π，是分子遗传学中一个重要的概念，可以作为一个群体遗传的重要指标去衡量种群的遗传多样度水平，也可以用在单个基因的多序列比对之中找到受选择的区域。
在这里，就群体水平和基因水平给大家演示如何进行核苷酸多样性的计算。
01
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群体水平π的计算
软件：vcftools
命令：
vcftools --gzvcf clean.vcf.gz --window-pi 100000 --window-pi-step 10000 --keep wild_popid.txt --out pi.wild
3.结果文件及可视化
结果文件：结果文件一共5列，分别对应着染色体ID、起始位置、终止位置、变异数目、π值
如果需要计算该群体整体π值，可以用以下命令：
# awk简单求平均：awk 'NR>1 { sum+=$NF} END { print sum/NR}' pi.wild.windowed.pi# 0.000792588
可视化：可以采用ggplot2进行绘图展示
02
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多序列比对的π值计算
1. windows软件：DnaSP
1.准备文件：序列比对结果（以fas结尾）
2.运行软件：DnaSP
3. 结果可视化：结果导出到excel中可以进行绘图
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