FUSION
前文中我们简单的介绍了TWAS分析原理，并且分享了两款常见的TWAS分析工具
“了解一下TWAS分析”
浮浮无事，公众号：生信课堂TWAS分析的原理和工具
今天给大家分享FUSION做TWAS分析的教程，软件文章发表在Nature Genetic杂志上，地址如下：https://www.nature.com/articles/ng.3506
软件的使用帮助手册可以在这个网站查看：http://gusevlab.org/projects/fusion/
FUSION做TWAS分析
首先需要做一些数据准备工作：
准备vcf格式的变异数据，然后将vcf文件转换成bed格式，这里我们使用plink：
plink --make-bed --vcf filtered_snp.vcf.gz --recode --out plink --double-idfor i in {01..12}; doplink --bfile plink --make-bed --chr chr$i --out plink.chr$idone
trait.txt
然后就可以计算遗传力：
###计算遗传力#计算亲缘关系矩阵gcta --bfile plink --autosome --maf 0.01 --make-grm --out H2 --thread-num 10 --make-grm-gz#去掉有亲缘关系的个体(有可能去掉很多的样本，省略)#/share/work/biosoft/gcta/latest/gcta --grm H2 --grm-cutoff 0.025 --make-grm --out H2_0025#计算SNP遗传力gcta --grm H2 --pheno trait.txt --reml --out H2_PH --thread-num 10
计算位点权重模型（非人物种，人基因组可以使用软件提供的位点权重表达库）：
FUSION做TWAS分析的第一步，计算位点与表型的权重矩阵，shell脚本可以在github上面下载到，根据上文提到的帮助手册中的指导对脚本进行修改即可。
https://github.com/gusevlab/fusion_twas/tree/master/examples
修改好后即可运行代码
#计算位点表达权重模型（需要注意两点，1.需要提前预设一个遗传力值；2.如果使用blup和blssm需要把所有的内容链接过去然后在output文件夹内运行GEUV.compute_weights.sh）nohup sh GEUV.compute_weights.sh > GEUV.compute_weights.sh.o
运行TWAS分析代码：
准备个体水平的GWAS summary statistic数据，第一列为SNP位点id，第二列为ref基因型，第三列为alt基因型，第四列为位点的Z score值，文件有表头：
GWAS结果文件
准备基因位置文件，其中第一列为计算出的基因型权重文件地址，第二列为基因ID，后面分别为基因的染色体、起始、终止位置：
基因位置和权重文件路径
然后就可以做TWAS分析了,需要指定计算的染色体：
##进行TWAS分析Rscript FUSION.assoc_test.R \--sumstats Plant_height_all_snp.sumstats.fusion.txt \--weights ./Plant_height.pos \--weights_dir ./WEIGHTS \--ref_ld_chr ./plink. \--chr chr01 \--out outfile
