基因组序列对生物学至关重要,一个基因组的组装质量极大影响下游分析。四十年来,组装一直是生物信息学的核心问题。在2015年之前,基因组通常最多只能组装成几个兆碱基的片段,但随着长读长测序技术的进步,现在许多生物的染色体组装已接近完整,也称为端粒到端粒组装。
T2T组装是什么
T2T组装发文情况
近年来,T2T基因组组装发文数量也逐渐增加,小编在pubmed简单检索一下T2T基因组的相关文章,近五年发表数量逐年增加,2024年刚刚过去的5月中已有41篇发表记录,如下截图。
课程更新内容
1. 染色体水平基因组的挂载方法:
除了同源挂载之外,新增了基于Hi-C数据的挂载方法,展示了常见挂载问题及解决方式,确保基因组组装的高质量。
基于Hi-C数据对染色体进行挂载
2. 基因组注释:
基于自己组装的基因组,重复序列、非编码区域以及基因结构的注释,强调了注释时对组装的检查,并通过注释结果的评估确保准确性。
全网最完善重复序列与基因结构注释流程
课程目录
《T2T基因组组装和注释》视频课程,旨在让学员可以自主完成端粒到端粒的基因组组装及注释的相关分析。本课程基于docker镜像进行相关分析,课程主要内容包括:基因组调研图Survey、二代/三代测序原理、基因组组装原理、多种基因组组装软件的分析实操、基于HIC数据的染色体挂载、基因组注释等分析。
课程目录如下: