进化树（Phylogenetic Tree）是一种用来表示生物之间进化关系的树状图。在进化树中，每个分支点（节点）代表一个共同祖先，而每个末端的分支（叶节点）代表现存或已灭绝的物种。给进化树标定化石时间，即在进化树上标注时间点，为进化树提供了一个时间框架，便于超度量树的构建。
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化石时间哪里找？
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树文件的nwk文本格式
通常我们看到的进化树可能就是分枝图形式的，其实也可以储存为特定格式的文本文件。最常见的是nwk格式的树文件，他采用一些括号、逗号、冒号等等和一些枝的名字来记录树的信息。不同的枝之间用逗号“,”分隔；枝长紧跟在枝后面，采用冒号“:”分隔；同一cloud采用括号“()”组成整体。
这样一层一层嵌套下去就可以形成一个很大的进化树。
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如何把化石时间加入到树文件当中？
原进化树：
(Oryza_sativa,((Nelumbo_nucifera,(Aquilegia_coerulea,Papaver_somniferum)),((Vitis_vinifera,(Theobroma_cacao,Arabidopsis_thaliana)),(Beta_vulgaris,(Helianthus_annuus,(Coffea_arabica,Solanum_lycopersicum))))));
标定后进化树：
(Oryza_sativa,((Nelumbo_nucifera,(Aquilegia_coerulea,Papaver_somniferum)),((Vitis_vinifera,(Theobroma_cacao,Arabidopsis_thaliana))'>1.13<1.21',(Beta_vulgaris,(Helianthus_annuus,(Coffea_arabica,Solanum_lycopersicum))))));
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