数据介绍：
来自谷歌翻译：
对癌症的免疫反应变化很大，特别是与错配修复缺陷（MMRd）的结直肠癌肿瘤相比，错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群，以及 204 个基因表达程序的相关概要。对这些程序的检查揭示了广泛的转录和空间重编程，这是 MMRd 和 MMRp 肿瘤的特征。
数据GEO地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE178341
数据下载：
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数据分析：
这次的数据是 h5 格式的也可以直接读入：
Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r --h5 GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit.h5 --project CRC_GSE178341 \--nUMI.min 500 \--nUMI.max 200000 \--nGene.min 250 \--mito.gene.pattern "^MT.*-" \--percent_mito 50 \--log10GenesPerUMI 0.7 \-o 01.qc -p GSE178341 --metadata metadata.T.tsv.gzRscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/GSE178341.afterQC.rds \-p GSE178341 --resolution 0.5 -d 30 -o 02.cluster \--high.variable.genes 2000
