通常我们基于基因型数据进行群体分析或者是定位分析，这些分析涉及的软件很多，他们的输入文件格式不尽相同，我们常常需要在多种格式之间进行转换。
主要涉及的格式有：vcf、hapmap、plink，其中plink涉及的文件类型较多，分类见下图。
01
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文件格式介绍
plink的数据格式有两套，每套各自的前缀名称相同，一套后缀为.bed、.bin和.fam，另一套后缀为.map和.ped。
02
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如何进行文件转化
1. vcf <-> hapmap：tassel软件
run_pipeline.pl -Xms10g -Xmx100g -vcf in.vcf.gz -sortPositions -export out.hmp.txt -exportType HapmapDiploidrun_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile hmp.txt -outputFile test.sort.hmp.txt -fileType Hapmaprun_pipeline.pl -Xmx100g -fork1 -h test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF
2. vcf <-> plink ：plink软件
# 有bed/bim/fam文件的时候转换，得到out_vcf.vcf# 如果是ped和fam转换，把-bfile换成-file# plink 1.9plink --bfile input --recode vcf-iid --out out_vcf# plink 2.0plink --bfile input --export vcf --out out_vcf# vcf转plink的bed/bim/famplink --vcf out_vcf.vcf --make-bed --out out# vcf转plink的ped/mapplink --vcf out_vcf.vcf --recode --out out --double-id
3. plink <-> hapmap：tassel软件
# hapmap转plink# 还没有找到直接转的方法，目前通过先转成vcf再通过vcf转换方法# 转vcf得到sort.vcfrun_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile hmp.txt -outputFile sort.hmp.txt -fileType Hapmaprun_pipeline.pl -Xmx100g -fork1 -h sort.hmp.txt -export -exportType VCF# 转plink的bed/bim/famplink --vcf out.vcf --make-bed --out out# plink转hapmap# 注意plink读入方式：-plink -ped input.ped -map input.maprun_pipeline.pl -Xms10g -Xmx100g -plink -ped input.ped -map input.map -sortPositions -export out.hmp.txt -exportType HapmapDiploid
4. plink <-> plink
plink --file test --recode --out test1plink --file test --make-bed --out test2
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